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万見
- PDB-4oyr: Competition of the small inhibitor PT91 with large fatty acyl sub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oyr
タイトルCompetition of the small inhibitor PT91 with large fatty acyl substrate of the Mycobacterium tuberculosis enoyl-ACP reductase InhA by induced substrate-binding loop refolding
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Bacterial fatty acid biosynthesis / enzyme-inhibitor complex / substrate-binding loop refolding / induced-fit / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NAD(P)H] activity / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process ...enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NAD(P)H] activity / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(2-chloranylphenoxy)-5-hexyl-phenol / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2995 Å
データ登録者Li, H.J. / Pan, P. / Lai, C.T. / Liu, N. / Garcia-Diaz, M. / Simmerling, C. / Tonge, P.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102864 米国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)P41RR012408 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: A Structural and Energetic Model for the Slow-Onset Inhibition of the Mycobacterium tuberculosis Enoyl-ACP Reductase InhA.
著者: Li, H.J. / Lai, C.T. / Pan, P. / Yu, W. / Liu, N. / Bommineni, G.R. / Garcia-Diaz, M. / Simmerling, C. / Tonge, P.J.
履歴
登録2014年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_keywords / struct_site
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text / _struct_site.details
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,77712
ポリマ－122,9054
非ポリマー3,8738
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18350 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area31390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.842, 90.653, 164.436
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / NADH-dependent enoyl-ACP reductase / NADH-dependent enoyl-ACP reductase


分子量: 30726.131 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: MT1531,MTCY277.05,Rv1484,inhA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: P0A5Y6, UniProt: P9WGR1*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-1US / 2-(2-chloranylphenoxy)-5-hexyl-phenol


分子量: 304.811 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H21ClO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 100 mM ADA, 200 mM ammonium acetate, 16% PEG 4000, 6% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2995→50 Å / Num. obs: 45551 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 36.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.147 / Net I/av σ(I): 20.87 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 189983
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.2995-2.343.50.35221651.12486.5
2.34-2.383.90.30322401.12390.8
2.38-2.434.20.31422671.15491.1
2.43-2.484.40.28822711.15591.4
2.48-2.534.40.28423051.19191.9
2.53-2.594.30.23322751.17190.7
2.59-2.664.40.19522761.25591.1
2.66-2.734.30.17322341.23589.9
2.73-2.814.20.15822401.27190.2
2.81-2.94.20.12522481.2989.6
2.9-34.20.10722221.17388.2
3-3.124.20.09922241.18188.2
3.12-3.264.20.07722201.12888.3
3.26-3.4440.06622331.0988.6
3.44-3.6540.05622011.16587.3
3.65-3.9340.04922071.11286.4
3.93-4.333.90.04321911.04286.6
4.33-4.9540.0422720.96588.2
4.95-6.244.20.03725601.17297.9
6.24-504.70.02827000.95498.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å43.7 Å
Translation3 Å43.7 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
CNS精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2X23

2x23


解像度: 2.2995→43.697 Å / FOM work R set: 0.7725 / SU ML: 0.71 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 2282 5.03 %
Rwork0.1941 43119 -
obs0.1967 45401 89.83 %
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.378 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 103 Å2 / Biso mean: 45.43 Å2 / Biso min: 16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.4432 Å2-0 Å2-0 Å2
2---10.9631 Å2-0 Å2
3----7.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2995→43.697 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7490 0 254 111 7855
Biso mean--44.9 37.63 -
残基数----1056
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078014
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12310918
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071207
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051376
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9432952
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2995-2.34940.32191410.24112528266985
2.3494-2.40410.29191390.2072674281391
2.4041-2.46420.29651370.20732692282992
2.4642-2.53080.32451280.20762737286592
2.5308-2.60530.28831380.20442688282691
2.6053-2.68940.27481590.20362671283091
2.6894-2.78550.27921440.22522661280590
2.7855-2.8970.28661350.21452656279190
2.897-3.02880.27481540.21122615276988
3.0288-3.18840.29311350.21342641277688
3.1884-3.38810.27591230.19112637276088
3.3881-3.64960.2651390.20352634277388
3.6496-4.01670.22141450.18222616276187
4.0167-4.59730.18971350.16172610274586
4.5973-5.790.21061570.17972890304794
5.79-43.70470.20851730.19283169334299
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.7427 Å / Origin y: 2.5004 Å / Origin z: 21.1845 Å
111213212223313233
T0.2252 Å20.0766 Å2-0.1129 Å2-0.1301 Å2-0.0287 Å2--0.1376 Å2
L0.299 °20.0637 °20.0744 °2-1.3426 °20.3837 °2--0.7352 °2
S-0.0168 Å °0.0379 Å °0.0804 Å °-0.2577 Å °-0.1037 Å °0.1995 Å °-0.2512 Å °-0.1814 Å °0.0889 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 269
2X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 269
3X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 269
4X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 269
5X-RAY DIFFRACTION1allA301 - 302
6X-RAY DIFFRACTION1allB301 - 302
7X-RAY DIFFRACTION1allC301 - 302
8X-RAY DIFFRACTION1allD301 - 302
9X-RAY DIFFRACTION1allA401 - 444
10X-RAY DIFFRACTION1allB401 - 431
11X-RAY DIFFRACTION1allC401 - 428
12X-RAY DIFFRACTION1allD401 - 408

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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