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- PDB-4ohu: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis InhA in complex w... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ohu | ||||||
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Title | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis InhA in complex with inhibitor PT92 | ||||||
![]() | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / catalysis / inhibition / slow-onset inhibition / induced-fit / conformational change / simulation / binding pathway / binding energy / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process ...enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process / response to antibiotic / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, H.J. / Pan, P. / Lai, C.T. / Liu, N. / Yu, W. / Garcia-Diaz, M. / Simmerling, C. / Tonge, P.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: A Structural and Energetic Model for the Slow-Onset Inhibition of the Mycobacterium tuberculosis Enoyl-ACP Reductase InhA. Authors: Li, H.J. / Lai, C.T. / Pan, P. / Yu, W. / Liu, N. / Bommineni, G.R. / Garcia-Diaz, M. / Simmerling, C. / Tonge, P.J. #1: ![]() Title: Time-dependent diaryl ether inhibitors of InhA: SAR studies of enzyme inhibition, antibacterial activity, and in vivo efficacy Authors: Pan, P. / Knudson, S. / Bommineni, G.R. / Li, H.J. / Lai, C.T. / Liu, N. / Garcia-Diaz, M. / Simmerling, C. / Patil, S.S. / Slayden, R.A. / Tonge, P.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 342.5 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 43.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 59.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4oxkC ![]() 4oxnC ![]() 4oxyC ![]() 4oyrC ![]() 2x23S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 30726.131 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P0A5Y6, UniProt: P9WGR1*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) #2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Chemical | ChemComp-2TK / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.4 Details: 100 mM Bis-tris, 200 mM NaCl, 14% PEG 3350, 4% DMSO, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Mar 5, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 139879 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 15.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 1.134 / Net I/σ(I): 15.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2X23 Resolution: 1.598→28.634 Å / FOM work R set: 0.9006 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / Phase error: 16.73 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.11 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.66 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 49.38 Å2 / Biso mean: 18.04 Å2 / Biso min: 6.58 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.598→28.634 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 11.491 Å / Origin y: 2.454 Å / Origin z: 59.468 Å
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Refinement TLS group |
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