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- PDB-4bii: How nature bridges the gap: Crystallographic elucidation of pyrid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bii
タイトルHow nature bridges the gap: Crystallographic elucidation of pyridomycin binding to InhA
要素ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / ACP ENOYL REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NAD(P)H] activity / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process ...enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NAD(P)H] activity / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Pyridomycin / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Read, J.A. / Gingell, H.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Pyridomycin Bridges the Nadh and Substrate Binding Pockets of the Enoyl Reductase Inha
著者: Hartkoorn, R. / Pojer, F. / Read, J.A. / Gingell, H. / Neres, J. / Horlacher, O. / Altmann, K.H. / Cole, S.
履歴
登録2013年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]
B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]
C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]
D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,83110
ポリマ－114,2194
非ポリマー3,6126
水7,386410
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17400 Å2
ΔGint-120.8 kcal/mol
Surface area31930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.852, 110.285, 67.519
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH] / ENOYL-ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE / NADH-DEPENDENT ENOYL-ACP REDUCTASE


分子量: 28554.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR
参照: UniProt: P0A5Y6, UniProt: P9WGR1*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PYW / Pyridomycin


分子量: 540.565 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H32N4O8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.21 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→110 Å / Num. obs: 113532 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(I): 1.95 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 24.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 44.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→28.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9411 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9261 / SU R Cruickshank DPI: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.195 / SU Rfree Blow DPI: 0.151 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.154
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 3014 5.02 %RANDOM
Rwork0.1778 ---
obs0.1792 60060 87.79 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1472 Å20 Å2-0.9964 Å2
2---4.9658 Å20 Å2
3---1.8186 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.232 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→28.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7439 0 249 410 8098
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017932HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0610842HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2606SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes149HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1258HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7932HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.37
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.23
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1085SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies5HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9715SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2913 67 3.68 %
Rwork0.2929 1752 -
all0.2928 1819 -
obs--87.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7906-0.15750.22210.6857-0.02960.8075-0.0224-0.07990.11770.1205-0.00060.0405-0.1706-0.21620.023-0.02270.05460.0214-0.0137-0.0065-0.05630.028713.447228.6245
20.8191-0.33670.00550.64920.10951.02240.01180.0636-0.20130.0011-0.0158-0.07860.23630.00060.004-0.03050.0004-0.001-0.1083-0.01290.055523.5331-19.296411.9973
30.8461-0.24310.10830.70540.12830.8090.04260.2421-0.0345-0.1407-0.0283-0.02-0.0784-0.1448-0.0143-0.04540.02450.00210.03250.0115-0.08735.42012.5454-1.5211
40.6817-0.02370.19350.55690.00320.80770.0128-0.0442-0.01070.1269-0.0255-0.2008-0.06910.10660.0127-0.0507-0.0166-0.0539-0.06490.00440.012629.68593.165634.84
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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