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万見
- PDB-3gaf: 2.2A Crystal Structure of 7-Alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gaf
タイトル2.2A Crystal Structure of 7-Alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase from Brucella Melitensis
要素7-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / BRUCELLA / MELITENSIS / HYDROXYSTEROID / DEHYDROGENASE / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / cholate 7-alpha-dehydrogenase (NAD+) activity / monocarboxylic acid metabolic process / lipid metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis (マルタ熱菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.2A Crystal Structure of 7-Alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase from Brucella Melitensis
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
履歴
登録2009年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
B: 7-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
C: 7-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
D: 7-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
E: 7-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
F: 7-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
G: 7-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
H: 7-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,7138
ポリマ－210,7138
非ポリマー00
水6,612367
1
A: 7-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
F: 7-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
G: 7-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
H: 7-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,3564
ポリマ－105,3564
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12160 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area33490 Å2
手法PISA
2
B: 7-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
C: 7-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
D: 7-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
E: 7-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,3564
ポリマ－105,3564
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12050 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area33410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.320, 134.777, 105.269
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
7-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE


分子量: 26339.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis (マルタ熱菌)
株: BIOVAR ABORTUS 2308 / 遺伝子: BMEI0406 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8YIN7, 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.54 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4
詳細: 20% PEG 1500, 0.1M MIB buffer/salt, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日 / 詳細: MULTI-LAYER OPTICS MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 99242 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 25.188
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
2.2-2.283.20.58993.4
2.28-2.373.60.47798.2
2.37-2.4840.38199.9
2.48-2.614.20.301100
2.61-2.774.30.221100
2.77-2.994.30.147100
2.99-3.294.30.103100
3.29-3.764.30.067100
3.76-4.744.20.055100
4.74-504.20.03399.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 34.97 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å48.87 Å
Translation2.5 Å48.87 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AHI

1ahi


解像度: 2.2→48.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 6.517 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24425 4955 5 %RANDOM
Rwork0.19623 ---
obs0.19862 94203 99.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.168 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0.03 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13764 0 0 367 14131
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02213990
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3351.94619008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.92951941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.53624.447506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.368152022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1391568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.22226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.26294
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.29615
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2587
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.2210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1170.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7361.59878
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.234215094
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7634613
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7754.53914
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 298 -
Rwork0.283 6459 -
obs--92.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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