PDB-3lyl: Structure of 3-oxoacyl-acylcarrier protein reductase, FabG from F...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lyl

タイトル

Structure of 3-oxoacyl-acylcarrier protein reductase, FabG from Francisella tularensis

要素

3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alpha and beta protein / NAD(P)-binding Rossmann fold / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

機能・相同性

機能・相同性情報

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / NAD binding / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Gordon, E. / Hasseman, J. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of 3-oxoacyl-acylcarrier protein reductase, FabG from Francisella tularensis
著者: Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Gordon, E. / Hasseman, J. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2010年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lyl.cif.gz	211.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lyl.ent.gz	171 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lyl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/3lyl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/3lyl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3vzp-d 2pnf-1 1dfh-1 6rx5-d 6gdp-d 4bnl-1 3gaf-1 6d9y-1 5vrn-8 5jdc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP00334

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (5) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

B: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

C: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

D: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

108 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.766, 86.941, 77.522
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 98.316, 90.0
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase 分子量: 26901.064 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア) 株: SCHU S4 / 遺伝子: fabG, FTT1375, FTT_1375 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL 参照: UniProt: Q5NF68, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 773 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.69 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% PEG MME 5000, 5% Tacsimate, 10mM MgCl2, 100mM Bis-Tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月31日 / 詳細: beryllium lens

放射

モノクロメーター: C(111) diamond laue monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.3 % / 数: 291227 / R_merge(I) obs: 0.126 / Χ²: 1.03 / D res high: 1.95 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 68455 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.2	50	99.7	1	0.087	0.992	4.2
3.33	4.2	100	1	0.092	1.005	4.3
2.91	3.33	100	1	0.103	1.009	4.3
2.65	2.91	100	1	0.126	1.044	4.3
2.46	2.65	100	1	0.156	1.01	4.3
2.31	2.46	100	1	0.196	1.038	4.3
2.2	2.31	100	1	0.229	1.07	4.3
2.1	2.2	100	1	0.308	1.039	4.3
2.02	2.1	100	1	0.398	1.055	4.2
1.95	2.02	99.8	1	0.54	1.003	3.9

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 68530 / Num. obs: 68455 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1.6 / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 9.98

反射シェル

解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique all: 6798 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.6_289	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
BLU-MAX		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→37.82 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	1904	2.9 %	RANDOM
R_work	0.199	-	-	-
obs	0.201	65589	95.4 %	-
all	-	68752	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.865 Å² / k_sol: 0.321 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 158.4 Å² / B_iso mean: 26.5 Å² / B_iso min: 0.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.154 Å²	-0 Å²	1.036 Å²
2-	-	-2.51 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.519 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→37.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7336	0	0	804	8140

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7433
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.065	10010
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1156
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1292
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.157	2724

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.95-2.019	0.343	155	0.247	5571	5726	5572	84
2.019-2.1	0.312	175	0.223	6050	6225	6051	91
2.1-2.196	0.251	208	0.214	6203	6411	6203	94
2.196-2.312	0.274	176	0.206	6378	6554	6378	96
2.312-2.456	0.293	193	0.208	6382	6575	6382	96
2.456-2.646	0.261	194	0.196	6519	6713	6519	98
2.646-2.912	0.257	196	0.193	6532	6728	6533	98
2.912-3.333	0.228	198	0.199	6623	6821	6628	99
3.333-4.199	0.216	197	0.177	6663	6860	6664	100
4.199-37.827	0.198	213	0.192	6764	6976	6774	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.002	-0.047	0.0217	0.0047	-0.0082	0.0055	-0.0526	0.1209	0.1772	-0.0456	0.178	0.0292	0.0295	-0.0102	-0	-0.0626	0.0786	-0.1282	-0.0526	0.1736	-0.1143	-29.8984	12.9141	-55.3091
2	0.0061	0.0007	-0.0176	-0.0027	0.0034	0.0065	-0.0586	0.0451	0.1227	-0.023	0.0817	-0.0047	0.0063	-0.0714	0	-0.213	-0.1659	-0.1558	-0.0784	-0.078	-0.0581	-21.4275	7.6645	-47.9085
3	0.0015	-0.0029	0.0027	0.0005	0.0014	-0.0011	-0.0755	-0.0226	0.0214	-0.0044	0.0303	-0.0395	0.0384	-0.0227	-0	0.0363	-0.014	0.0061	0.0299	-0.0086	0.0982	-14.3715	0.267	-50.1432
4	-0.005	-0.0076	-0.0061	-0.0013	0.0016	-0.0019	0.0014	-0.1154	0.0198	0.0633	0.0149	0.0231	-0.0168	0.0184	0	-0.1562	0.2385	0.1999	-0.1323	-0.1065	-0.2878	-31.6938	8.2599	-11.0997
5	0.0086	-0.0133	-0.0083	0.0004	0.0073	0.0115	-0.0411	0.0308	0.0362	0.0299	0.0728	-0.0088	0.0177	-0.0687	-0	0.0568	0.0164	-0.0101	0.06	-0.0168	0.0574	-27.1411	8.0684	-29.0585
6	0.0013	-0.0117	0.0116	0.0051	-0.0003	-0.0037	-0.1355	0.0402	-0.0013	0.0271	-0.029	-0.0142	0.0058	-0.0215	0	-0.0457	0.1139	0.0665	-0.132	-0.0815	-0.003	-21.1486	-7.0612	-23.6692
7	0.0045	-0.0054	-0.0002	0.0071	0.0124	0.0058	-0.0206	0.0236	-0.0183	-0.038	0.0013	0.0042	0.0319	0.0358	0	0.0687	-0.0123	0.0322	0.0742	-0.0304	0.0781	5.4597	-11.2071	-62.37
8	-0.0076	-0.0142	0.001	-0.0042	-0.0047	0.0049	-0.2165	0.1341	-0.0189	-0.0315	0.0886	0.05	-0.1299	0.1601	-0	-0.063	0.0943	0.1342	-0.1119	-0.1774	-0.2038	1.9106	-8.4659	-44.223
9	0.0045	0.0129	0.0128	0.0035	-0.0048	0.0051	-0.0595	0.0166	-0.0749	0.0327	0.0165	-0.0632	0.0436	0.0972	-0	0.0708	-0.0014	0.0256	0.0632	-0.0025	0.0878	-12.8445	-12.1682	-50.0804
10	-0.0011	-0.0089	0.0119	-0.0005	-0.0031	0.0037	-0.0067	-0.0654	0.0109	0.0736	0.0111	-0.0045	0.0476	-0.04	0	-0.1507	0.2938	-0.2336	-0.0547	0.0765	-0.0511	7.0905	-10.2435	-10.5658
11	0.0077	-0.0039	0.0112	0.006	-0.0006	0.0136	-0.0395	0.0117	-0.0033	0.0589	0.0965	-0.0187	-0.0172	0.0676	0	0.0632	0.025	-0.0153	0.0643	0.005	0.0595	2.6541	-9.5873	-28.7307
12	0.0001	-0.0071	-0.0054	0.0007	0.0005	0.0023	-0.1259	0.0283	0.0565	-0.0125	0.0406	-0.0141	0.0123	0.0433	0	-0.0735	0.1052	-0.0401	-0.0481	0.0168	0.0355	-5.3619	2.7005	-22.5013

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 0:115)	A	0 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 116:222)	A	116 - 222
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 223:308)	A	223 - 308
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 0:91)	B	0 - 91
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 92:181)	B	92 - 181
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 182:308)	B	182 - 308
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain C and resid 0:91)	C	0 - 91
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain C and resid 92:186)	C	92 - 186
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 187:308)	C	187 - 308
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain D and resid 0:81)	D	0 - 81
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain D and resid 82:174)	D	82 - 174
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 175:308)	D	175 - 308

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関連情報:EMDBヘッダ

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