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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3trr
タイトルCrystal structure of a probable enoyl-CoA hydratase/isomerase from Mycobacterium abscessus
要素Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
キーワードISOMERASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-CoA hydratase activity / isomerase activity
類似検索 - 分子機能
Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium abscessus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2011年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
B: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
C: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
D: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
E: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
F: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,26311
ポリマ－159,8496
非ポリマー4145
水8,917495
1
A: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
B: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
C: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1416
ポリマ－79,9243
非ポリマー2163
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9040 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area28680 Å2
手法PISA
2
D: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
E: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
F: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1235
ポリマ－79,9243
非ポリマー1982
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8550 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area27520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.427, 82.738, 157.163
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase


分子量: 26641.469 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア)
株: ATCC 19977 / 遺伝子: MAB_4588c / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1ML12
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: INTERNAL TRACKING NUMBER219728. MORPHEUS SCREEN A5. 0.1M SODIUM HEPES; MOPS (ACID), 0.06M MGCL2/CACL2, 30% W/V PEGMME 550/ PEG 20,000, CRYO 20% ETHYLENE GLYCOL MYABA.01530.F.A1 PW30398 27. ...詳細: INTERNAL TRACKING NUMBER219728. MORPHEUS SCREEN A5. 0.1M SODIUM HEPES; MOPS (ACID), 0.06M MGCL2/CACL2, 30% W/V PEGMME 550/ PEG 20,000, CRYO 20% ETHYLENE GLYCOL MYABA.01530.F.A1 PW30398 27.53MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月15日
放射モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→46.56 Å / Num. obs: 95231 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 37.761 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 14.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QXI

3qxi


解像度: 2.09→46.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 8.84 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 4760 5 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all0.193 ---
obs0.193 95189 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.55 Å20 Å2-0.03 Å2
2---2.68 Å20 Å2
3---2.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→46.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10804 0 27 495 11326
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01911024
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027183
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3431.97615007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.047317588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.82251515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.90924.594431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.258151656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9591576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21782
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02112736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022152
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 341 -
Rwork0.216 5899 -
obs--89.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68450.30130.06931.1201-0.14860.5984-0.002-0.1164-0.02220.07060.0169-0.03550.18620.0455-0.01490.11870.0027-0.020.06580.02180.018913.7211-0.9683-51.8302
20.51220.19880.29761.36650.01850.92270.1129-0.0543-0.02070.1034-0.09370.18560.0206-0.1634-0.01920.0299-0.00860.00920.09910.00040.17-10.870211.9718-69.4395
30.7042-0.06510.32031.2052-0.23860.61250.0023-0.01840.13960.0151-0.0215-0.1366-0.01940.06680.01920.0178-0.01520.00010.03280.00530.073516.698428.6314-65.0707
40.49310.0655-0.06621.2175-0.37851.34440.03470.03860.0446-0.0430.01650.2981-0.035-0.2904-0.05120.020.0012-0.04070.1810.00630.1455-20.111140.3888-9.1485
51.32450.4828-0.56910.5567-0.06970.7781-0.05620.0257-0.1364-0.09340.0477-0.09090.13130.04410.00860.11250.0075-0.02350.0933-0.00660.03416.940424.0888-15.4406
60.67430.05830.04371.2790.05220.89080.03090.08050.0902-0.20280.0765-0.0648-0.1164-0.0096-0.10730.1349-0.0160.01940.0880.02820.03554.65355.4828-23.6167
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 252
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 252
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 252
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 252
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 252
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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