PDB-6ldz: Crystal structure of Rv0222 from Mycobacterium tuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ldz

タイトル

Crystal structure of Rv0222 from Mycobacterium tuberculosis

要素

Probable enoyl-CoA hydratase EchA1 (Enoyl hydrase) (Unsaturated acyl-CoA hydratase) (Crotonase)

キーワード

LYASE / hydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Li, J. / Ran, Y.J. / Wang, L. / Wu, J.H. / Ge, B.X. / Rao, Z.H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Host-mediated ubiquitination of a mycobacterial protein suppresses immunity.
著者: Wang, L. / Wu, J. / Li, J. / Yang, H. / Tang, T. / Liang, H. / Zuo, M. / Wang, J. / Liu, H. / Liu, F. / Chen, J. / Liu, Z. / Wang, Y. / Peng, C. / Wu, X. / Zheng, R. / Huang, X. / Ran, Y. / Rao, Z. / Ge, B.

履歴

登録	2019年11月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ldz.cif.gz	109 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ldz.ent.gz	82.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ldz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ldz_validation.pdf.gz	423.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ldz_full_validation.pdf.gz	426.2 KB	表示
XML形式データ	6ldz_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	6ldz_validation.cif.gz	14.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/6ldz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/6ldz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qxiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3trr-1 3kqf-2 4nek-2 5ve2-1 4wcz-1 5ve2-2 4q1g-d 4jfc-1 5duc-d 3trr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable enoyl-CoA hydratase EchA1 (Enoyl hydrase) (Unsaturated acyl-CoA hydratase) (Crotonase)

27.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable enoyl-CoA hydratase EchA1 (Enoyl hydrase) (Unsaturated acyl-CoA hydratase) (Crotonase)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
82.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.626, 120.626, 120.626
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

#1: タンパク質	Probable enoyl-CoA hydratase EchA1 (Enoyl hydrase) (Unsaturated acyl-CoA hydratase) (Crotonase) 分子量: 27452.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: echA1, Rv0222 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P96404
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Probable enoyl-CoA hydratase EchA1 (Enoyl hydrase) (Unsaturated acyl-CoA hydratase) (Crotonase)

分子量: 27452.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: echA1, Rv0222 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P96404

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 3.5 M Sodium formate, pH7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97854 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97854 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→85.295 Å / Num. obs: 11608 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.098 / R_sym value: 0.096 / Net I/av σ(I): 7.7 / Net I/σ(I): 28.1 / Num. measured all: 231881

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.4-2.53	20	0.65	1.2	34160	1708	0.148	0.667	0.65	5.5	100
2.53-2.68	19.9	0.457	1.7	31304	1573	0.104	0.469	0.457	7.7	100
2.68-2.87	20.8	0.339	2.3	30689	1474	0.076	0.348	0.339	10.2	100
2.87-3.1	19.8	0.229	3.4	27611	1392	0.052	0.235	0.229	14.7	100
3.1-3.39	20.1	0.139	5.4	25709	1281	0.032	0.143	0.139	23.1	100
3.39-3.79	20.4	0.086	8.6	23853	1167	0.019	0.088	0.086	38	100
3.79-4.38	19.3	0.051	14.2	20061	1039	0.012	0.053	0.051	57.6	100
4.38-5.37	20.5	0.042	17	18022	881	0.01	0.043	0.042	65.8	100
5.37-7.59	19.1	0.04	18	13211	692	0.009	0.041	0.04	59.3	100
7.59-42.648	18.1	0.023	30.3	7261	401	0.005	0.024	0.023	89.9	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3qxi

3qxi

解像度: 2.4→42.648 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.63

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2287	560	4.82 %
R_work	0.1765	-	-
obs	0.1792	11607	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.24 Å² / B_iso mean: 44.6722 Å² / B_iso min: 21.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→42.648 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1839	0	0	55	1894
B_iso mean	-	-	-	43.83	-
残基数	-	-	-	-	251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1866
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.792	2532
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	298
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	335
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.447	1135

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
2.4001-2.6416	0.2859	136	0.198	2737
2.6416-3.0237	0.2481	137	0.1931	2737
3.0237-3.8092	0.2655	121	0.174	2759
3.8092-42.648	0.1997	166	0.1677	2814

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6734	-0.2359	-0.2783	0.5025	0.724	0.9915	0.151	-0.5011	0.1491	0.3404	0.0692	-0.3269	-0.2656	-0.0051	-0.0024	0.2741	-0.1009	-0.0305	0.4141	0.029	0.3634	49.9998	101.9407	114.6483
2	1.7079	0.2575	0.4913	0.618	-0.7942	2.6266	0.0543	-0.4545	-0.0663	0.2385	-0.225	0.0484	-0.2005	0.1024	-0.001	0.4069	-0.0717	-0.0011	0.412	0.0197	0.3306	43.0058	97.2618	117.8623
3	0.8499	0.7066	0.7233	0.588	0.3744	1.0295	0.0089	-0.2476	0.2231	1.5199	0.1681	0.3697	-0.702	-0.3871	-0.0034	0.625	-0.0909	0.0913	0.5781	0.0271	0.5496	33.6916	92.5239	127.5158
4	1.5402	1.1811	0.8935	0.901	0.5591	1.4655	0.062	-0.2368	0.0402	0.288	-0.2047	-0.0181	-0.1399	-0.2371	-0.0019	0.3086	-0.0183	0.0204	0.3191	0.0223	0.2423	36.775	96.9901	110.8203
5	0.4013	-0.0535	-0.3422	0.3065	-0.076	0.2246	0.3737	0.0628	0.1329	-0.2264	-0.2616	-0.0117	-0.2024	-0.092	0.0004	0.3118	-0.011	-0.0018	0.3241	0.0524	0.2864	29.8281	86.8717	111.6305
6	0.4517	0.2514	0.0416	0.2407	-0.3292	1.1267	-0.4055	0.1021	0.1163	-0.1519	0.5552	-0.0879	0.0748	-0.3543	0	0.3416	-0.0331	-0.0806	0.349	0.0717	0.2929	23.732	89.7887	103.7861
7	0.4239	0.0634	0.3248	0.3655	0.4159	0.6105	0.1489	-0.0427	-0.4473	-0.3061	-0.0928	-0.0316	0.1698	0.2356	0.003	0.3431	-0.048	0.004	0.3654	-0.0114	0.3219	32.7679	85.3402	100.2782
8	0.2916	-0.4718	0.6852	1.174	-0.7606	1.5192	-0.0501	0.0088	-0.027	-0.0057	-0.0697	-0.095	-0.0739	0.0346	-0.0001	0.286	-0.0437	0.0196	0.3327	0.0418	0.335	41.199	104.1549	102.0585
9	0.1803	0.0869	-0.0903	0.4286	-0.5397	0.4633	0.0102	0.0539	0.1284	0.3621	0.1286	0.5386	-0.1467	-0.5325	0.0114	0.5608	0.0415	-0.0187	0.603	0.0184	0.5358	24.1059	117.5522	102.6143
10	0.3003	0.7919	-0.0709	2.3776	-0.0256	2.0462	0.1185	-0.5573	0.1988	0.3372	-0.1078	-0.5761	-0.1182	1.0156	-0.0121	0.3824	-0.0024	-0.074	0.3782	0.0381	0.4962	47.0361	123.502	96.8247

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 27 )	A	12 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 74 )	A	28 - 74
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 75 through 90 )	A	75 - 90
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 91 through 127 )	A	91 - 127
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 128 through 150 )	A	128 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 151 through 165 )	A	151 - 165
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 166 through 178 )	A	166 - 178
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 179 through 218 )	A	179 - 218
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 219 through 239 )	A	219 - 239
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 240 through 262 )	A	240 - 262

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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