PDB-4wcz: Crystal structure of a putative enoyl-CoA hydratase/isomerase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wcz

タイトル

Crystal structure of a putative enoyl-CoA hydratase/isomerase from Novosphingobium aromaticivorans

要素

Enoyl-CoA hydratase/isomerase

キーワード

ISOMERASE / enoyl-CoA hydratase/isomerase / structural genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC

機能・相同性

機能・相同性情報

isoprenoid catabolic process / isomerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Tkaczuk, K.L. / Cooper, D.R. / Chapman, H.C. / Niedzialkowska, E. / Cymborowski, M.T. / Hillerich, B.S. / Stead, M. / Ahmed, M. / Hammonds, J. / Bonanno, J. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a putative enoyl-CoA hydratase/isomerase from Novosphingobium aromaticivorans
著者: Tkaczuk, K.L. / Cooper, D.R. / Chapman, H.C. / Niedzialkowska, E. / Cymborowski, M.T. / Hillerich, B.S. / Stead, M. / Ahmed, M. / Hammonds, J. / Bonanno, J. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, ...

履歴

登録	2014年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月31日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2022年4月13日	Group: Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / refine_hist Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.6	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wcz.cif.gz	567.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wcz.ent.gz	469.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wcz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/4wcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/4wcz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5ve2-2 5ve2-4 3myb-d 5dtw-2 2vx2-2 5ve2-3 6ldz-1 5du6-d 3kqf-2 3hin-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-028014

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

C: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

D: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

E: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

F: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

177 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

C: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

E: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

F: Enoyl-CoA hydratase/isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.636, 128.469, 84.467
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.360, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The biological unit is a trimer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A,B,C and chains D,E,F)

#1: タンパク質	Enoyl-CoA hydratase/isomerase 分子量: 29567.635 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア) 株: DSM 12444 / 遺伝子: Saro_3457 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: A4XEF6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.02 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 ul of mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the Hampton Index HT #65 (F5) (0.1 M Ammonium acetate, 0. ...詳細: 0.2 ul of mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the Hampton Index HT #65 (F5) (0.1 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS_TRIS pH 5.5, 17% (w/v) Polyethylene glycol 10,000) and equilibrated against 1.25 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). Before crystallization protein was incubated with 1/50 v/v of 2 mg/ml chymotrypsin solution at 289 K for 3 hours.

結晶

マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.02 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 ul of mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the Hampton Index HT #65 (F5) (0.1 M Ammonium acetate, 0. ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97936 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月14日

放射

モノクロメーター: Si [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97936 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 138544 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.104 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.114 / Χ²: 1.895 / Net I/av σ(I): 18.06 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 654357

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
1.82-1.85	3.6	6515	0.49	0.598	0.745	93.8
1.85-1.89	3.9	6738	0.573	0.5	0.772	97.7	0.883
1.89-1.92	4.1	6935	0.662	0.424	0.806	99.5	0.77	0.883
1.92-1.96	4.5	6896	0.767	0.344	0.847	100	0.655	0.742
1.96-2	4.9	6978	0.821	0.291	0.888	100	0.579	0.649
2-2.05	4.9	6943	0.871	0.236	0.919	100	0.472	0.529
2.05-2.1	4.9	6932	0.904	0.194	0.976	100	0.388	0.434
2.1-2.16	4.9	6947	0.931	0.157	1.009	100	0.314	0.352
2.16-2.22	4.9	6934	0.949	0.134	1.066	100	0.269	0.301
2.22-2.29	4.9	6974	0.963	0.114	1.208	100	0.229	0.257
2.29-2.37	4.9	6918	0.973	0.097	1.246	100	0.194	0.217
2.37-2.47	4.9	6960	0.981	0.078	1.317	100	0.157	0.175
2.47-2.58	4.9	6963	0.983	0.072	1.478	100	0.145	0.162
2.58-2.72	4.9	6981	0.987	0.062	1.603	100	0.124	0.139
2.72-2.89	4.9	6912	0.991	0.052	1.881	100	0.104	0.117
2.89-3.11	4.9	7005	0.993	0.043	2.18	100	0.086	0.096
3.11-3.43	4.9	6965	0.996	0.034	2.741	100	0.068	0.076
3.43-3.92	4.9	6976	0.997	0.028	3.42	100	0.056	0.062
3.92-4.94	4.8	7015	0.997	0.024	4.033	100	0.048	0.054
4.94-50	4.6	7057	0.995	0.031	8.134	99.4	0.06	0.068

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.82→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / WR_factor R_free: 0.1795 / WR_factor R_work: 0.1535 / FOM work R set: 0.8581 / SU B: 5.82 / SU ML: 0.089 / SU R Cruickshank DPI: 0.1231 / SU R_free: 0.1111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.111
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1926	6926	5 %	RANDOM
R_work	0.1672	131310	-	-
obs	0.1685	138432	99.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.17 Å² / B_iso mean: 26.527 Å² / B_iso min: 12.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.26 Å²	-0 Å²	0.09 Å²
2-	-	-0.6 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.82→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11180	0	0	1491	12671
B_iso mean	-	-	-	36.98	-
残基数	-	-	-	-	1495

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	11342
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	11109
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.008	1.979	15328
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.713	3	25330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.015	5	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.921	22.921	517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.17	15	1763
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.405	15	126
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	13187
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2659
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.74	2.162	5974
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.74	2.162	5973
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.253	3.237	7457

LS精密化シェル

解像度: 1.82→1.867 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	469	-
R_work	0.312	8864	-
all	-	9333	-
obs	-	-	90.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1747	0.0142	0.2191	0.2094	-0.0036	0.4087	0.001	0.0418	-0.027	0.0086	0.01	-0.0334	0.0012	0.0781	-0.0111	0.0184	0.0041	0.0024	0.0229	-0.0076	0.0159	60.485	25.163	-4.539
2	0.1577	0.0138	-0.1535	0.1905	0.0702	0.4551	0.006	0.0478	-0.0136	-0.0104	-0.028	0.0315	0.0077	-0.0613	0.0221	0.0122	-0.0014	0.0068	0.0229	-0.0154	0.0178	28.543	25.519	-7.43
3	0.4425	-0.0105	-0.0427	0.1216	0.0198	0.0667	-0.0141	-0.0391	-0.0026	0.0669	-0.0085	0.0159	0.0261	0.0052	0.0226	0.0513	-0.0051	0.0115	0.0046	0.0003	0.0091	42.093	25.559	21.686
4	0.1496	-0.0368	0.0302	0.3658	-0.0627	0.42	0.0074	0.0057	-0.0046	0.0709	-0.008	0.0043	-0.0376	-0.0423	0.0005	0.0324	0.0043	0.0101	0.006	0.002	0.0086	23.52	56.648	53.95
5	0.4325	0.0532	-0.1955	0.2988	0.0932	0.3397	0.0008	-0.0591	-0.0222	0.0736	-0.0132	-0.1585	0.0127	0.0598	0.0124	0.02	-0.0047	-0.0446	0.0148	0.0177	0.1048	55.338	57.719	56.093
6	0.4207	0.0413	0.0919	0.3968	0.0404	0.1133	0.0077	0.0567	-0.0164	-0.0824	-0.016	-0.0754	-0.0181	0.0102	0.0082	0.04	0.0078	0.0285	0.015	0.0086	0.0347	41.05	58.944	27.436

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 249
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 249
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 249
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 249
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 249
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	0 - 249

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)