PDB-3trg: Structure of an acylphosphatase from Coxiella burnetii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3trg

タイトル

Structure of an acylphosphatase from Coxiella burnetii

要素

Acylphosphatase

キーワード

HYDROLASE / Fatty acid and phospholipid metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

acylphosphatase / acylphosphatase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.601 Å

データ登録者

Cheung, J. / Franklin, M.C. / Rudolph, M. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.

履歴

登録	2011年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3trg.cif.gz	52.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3trg.ent.gz	40.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3trg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3trg_validation.pdf.gz	421.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3trg_full_validation.pdf.gz	421.6 KB	表示
XML形式データ	3trg_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	3trg_validation.cif.gz	11 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/3trg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/3trg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tq8C 3tq9C 3tqaC 3tqbC 3tqcC 3tqdC 3tqeC 3tqfC 3tqgC 3tqhC 3tqiC 3tqjC 3tqlC 3tqmC 3tqnC 3tqoC 3tqpC 3tqqC 3tqrC 3tqsC 3tqtC 3tquC 3tqwC 3tqxC 3tqyC 3tqzC 3tr0C 3tr1C 3tr2C 3tr3C 3tr4C 3tr5C 3tr6C 3tr7C 3tr8C 3tr9C 3trbC 3trcC 3trdC 3treC 3trfC 3trhC 3triC 3tthC 3ty2C 3uwcC 4f3qC 4f3rC 4nbqC 4ng4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yxm-d 2jwd-d 1xed-4 4zka-2 6dbd-3 4ggz-1 4ggr-d 4ggz-3 1g1c-2 4oj3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acylphosphatase

ヘテロ分子

11.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.710, 69.710, 40.059
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-141- HOH

#1: タンパク質	Acylphosphatase / Acylphosphate phosphohydrolase 分子量: 11287.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA493 / 遺伝子: acyP, CBU_1995 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83AB0, acylphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.59 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M tri-sodium citrate pH 5.6 0.2M ammonium acetate 30% PEG 4000, sitting drop, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月23日

放射

モノクロメーター: VARIMAX HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 14803 / Num. obs: 14789 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.048 / Χ²: 1.058 / Net I/σ(I): 14.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.6-1.63	3.5	0.441	726	1.162	1	99.9
1.63-1.66	3.6	0.381	748	1.307	1	100
1.66-1.69	3.7	0.354	708	1.117	1	99.7
1.69-1.72	3.8	0.315	740	1.053	1	99.9
1.72-1.76	3.9	0.27	731	1.028	1	100
1.76-1.8	4.1	0.233	730	1.006	1	100
1.8-1.85	4.2	0.212	740	1.515	1	100
1.85-1.9	4.4	0.176	748	1.064	1	100
1.9-1.95	4.5	0.134	725	0.967	1	99.9
1.95-2.02	4.6	0.101	742	0.886	1	100
2.02-2.09	4.7	0.086	722	0.876	1	100
2.09-2.17	5.1	0.084	747	1.097	1	100
2.17-2.27	5.8	0.074	744	1.213	1	100
2.27-2.39	6	0.066	733	1.109	1	100
2.39-2.54	6.2	0.058	740	1.023	1	100
2.54-2.74	6.7	0.052	738	1.001	1	100
2.74-3.01	7.4	0.04	747	0.914	1	100
3.01-3.45	9.2	0.03	752	0.839	1	100
3.45-4.34	9.7	0.027	747	0.996	1	100
4.34-30	8.4	0.031	781	1.307	1	99.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.601→26.295 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.14 / FOM work R set: 0.8876 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1889	747	5.06 %	RANDOM
R_work	0.1715	-	-	-
all	0.1723	15529	-	-
obs	0.1723	14767	99.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 55.179 Å² / k_sol: 0.382 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 46.15 Å² / B_iso mean: 15.2615 Å² / B_iso min: 5.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.382 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.382 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.764 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.601→26.295 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	767	0	5	169	941

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	802
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.87	1086
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	120
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	140
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.702	295

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.6006-1.7242	0.3023	145	0.2573	2771	2916
1.7242-1.8976	0.2056	172	0.1769	2774	2946
1.8976-2.1721	0.1872	140	0.1591	2793	2933
2.1721-2.7362	0.1912	149	0.1647	2803	2952
2.7362-26.2985	0.1604	141	0.1627	2879	3020

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2866	0.0228	-0.0856	0.3138	-0.3117	0.3606	0.0171	-0.0688	-0.0088	0.0966	-0.0159	0.0035	-0.1307	0.0614	-0.0022	0.0757	0.0017	0.0051	0.0757	-0.0019	0.059	25.0684	12.4674	-7.1371
2	0.1485	-0.1162	0.0101	0.1297	-0.0217	0.083	0.0181	0.032	-0.0198	-0.0233	-0.001	0.0119	-0.0285	-0.0497	-0.0172	0.0663	0.0217	-0.001	0.0904	0.0028	0.08	13.4466	20.7405	-16.7491
3	0.2683	0.3078	-0.2888	0.6654	-0.7877	1.2855	0.0037	0.0342	0.0131	0.0185	0.0354	0.0037	-0.0607	-0.1037	-0.0419	0.0812	-0.0037	0.0138	0.0733	0.0062	0.0655	19.5654	19.831	-10.5075
4	0.2451	-0.1395	0.0381	0.1022	0.0002	0.2266	0.0066	0.0444	-0.0773	-0.0129	-0.0048	0.0148	0.0205	0.0296	-0.0039	0.0644	-0.001	-0.0067	0.0794	-0.0022	0.0773	21.3807	13.6111	-16.9011
5	0.7212	-0.5158	0.3154	0.395	-0.2184	0.1432	-0.1001	-0.1272	0.0384	0.0732	0.0648	-0.0201	-0.087	-0.0769	0.0285	0.1068	0.0259	-0.001	0.0991	-0.0052	0.0738	22.7416	22.5906	-5.6098

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 18:35)	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 36:51)	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 52:60)	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 61:101)	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 102:112)	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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