PDB-3trf: Structure of a shikimate kinase (aroK) from Coxiella burnetii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3trf

タイトル

Structure of a shikimate kinase (aroK) from Coxiella burnetii

要素

Shikimate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Amino acid biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

shikimate kinase / shikimate kinase activity / shikimate metabolic process / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Cheung, J. / Franklin, M. / Rudolph, M. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.

履歴

登録	2011年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3trf.cif.gz	150.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3trf.ent.gz	120.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3trf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/3trf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/3trf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tq8C 3tq9C 3tqaC 3tqbC 3tqcC 3tqdC 3tqeC 3tqfC 3tqgC 3tqhC 3tqiC 3tqjC 3tqlC 3tqmC 3tqnC 3tqoC 3tqpC 3tqqC 3tqrC 3tqsC 3tqtC 3tquC 3tqwC 3tqxC 3tqyC 3tqzC 3tr0C 3tr1C 3tr2C 3tr3C 3tr4C 3tr5C 3tr6C 3tr7C 3tr8C 3tr9C 3trbC 3trcC 3trdC 3treC 3trgC 3trhC 3triC 3tthC 3ty2C 3uwcC 4f3qC 4f3rC 4nbqC 4ng4C 1kagS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3dne-d 6y8c-d 2cpk-d 2gfc-d 2uw0-d 4ie9-d 4yxr-d 1xh4-d 3agm-d 3nx8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Shikimate kinase

B: Shikimate kinase

ヘテロ分子

42.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Shikimate kinase

ヘテロ分子

A: Shikimate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Shikimate kinase

ヘテロ分子

B: Shikimate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.429, 98.429, 157.071
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-62- ARG

#1: タンパク質	Shikimate kinase / SK 分子量: 21157.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA493 / 遺伝子: aroK, CBU_1892 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83AJ3, shikimate kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M potassium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月28日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 20758 / Num. obs: 20447 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 10.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.34	8.5	0.39	1	92.6
2.34-2.38	9.9	0.368	1	94.4
2.38-2.43	10.7	0.318	1	98.3
2.43-2.48	12.2	0.323	1	99.9
2.48-2.53	13.4	0.264	1	100
2.53-2.59	13.8	0.211	1	100
2.59-2.66	14.3	0.211	1	100
2.66-2.73	14.4	0.176	1	100
2.73-2.81	14.2	0.15	1	100
2.81-2.9	14.2	0.123	1	100
2.9-3	14.4	0.115	1	100
3-3.12	14.2	0.093	1	100
3.12-3.26	14.2	0.075	1	100
3.26-3.44	14.2	0.065	1	100
3.44-3.65	14	0.058	1	100
3.65-3.93	14	0.051	1	99.9
3.93-4.33	13.9	0.048	1	99.8
4.33-4.95	13.5	0.045	1	99.6
4.95-6.24	13.4	0.045	1	99.6
6.24-50	11.5	0.042	1	87.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KAG

1kag

解像度: 2.6→41.703 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.8 / SU ML: 0.41 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2702	728	5.09 %
R_work	0.2055	-	-
obs	0.2087	14293	98.89 %
all	-	15189	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 57.6 Å² / k_sol: 0.347 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.447 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.447 Å²	0 Å²
3-	-	-	12.894 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→41.703 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2681	0	10	84	2775

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2727
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.702	3662
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.915	1078
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	420
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	470

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.8007	0.3593	159	0.2801	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8007-3.0825	0.3483	147	0.2626	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0825-3.5284	0.2934	162	0.2055	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5284-4.4446	0.2436	126	0.1826	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4446-41.7081	0.2248	134	0.1909	2799	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1352	0.0137	0.0602	0.3055	-0.1597	0.1238	-0.1688	-0.1402	-0.1648	0.1361	-0.0108	0.2633	-0.1662	0.0105	-0.0007	0.3982	0.1076	0.1589	0.3394	0.1028	0.4593	31.2729	25.6721	-1.8384
2	0.0392	0.0152	0.0347	0.0245	0.0309	0.3336	-0.1519	-0.0023	-0.018	0.1333	-0.1745	0.1871	-0.0206	-0.0589	0.1796	0.4433	0.0817	0.0171	0.3744	0.0221	0.7237	29.8637	23.4373	-14.6665
3	0.2249	-0.222	0.0728	0.5106	0.0185	0.1119	-0.0366	0.1161	-0.121	-0.0122	0.0342	0.4177	-0.0313	-0.0675	-0.1622	0.3646	0.1571	-0.1358	0.2206	-0.0013	0.4483	30.9226	33.4116	-20.6843
4	0.192	-0.0319	0.101	0.0099	-0.0182	0.33	-0.166	-0.0854	0.0284	0.0193	-0.0295	0.3073	-0.1045	-0.1871	-0.1504	0.3315	0.2059	0.2015	0.2769	0.0115	0.6786	26.0691	34.3163	-6.3267
5	0.2744	-0.1094	0.0224	0.3992	-0.0255	0.0041	-0.0462	-0.143	0.1057	-0.0154	-0.1032	-0.1419	-0.0762	0.0178	0.0225	0.2862	0.1053	-0.061	0.2639	0.0813	0.2688	51.0137	26.243	-6.6183
6	0.4617	-0.2617	0.105	0.1509	-0.0148	0.7843	-0.3413	-0.3292	0.0745	0.3159	0.1211	-0.115	-0.1894	0.2207	-0.0457	0.5201	0.165	-0.0106	0.2579	-0.0215	0.2959	37.2615	33.7549	1.4253
7	0.1395	0.009	-0.0941	0.0645	0.0335	0.0956	-0.1433	-0.0582	0.0677	0.1434	-0.1092	-0.1567	-0.0312	0.0973	-0.1732	0.4403	0.127	-0.1677	0.3082	-0.0331	0.2567	29.7273	67.673	-1.7852
8	0.2695	-0.1304	-0.3115	0.3681	0.4152	0.6285	-0.0443	0.0714	-0.0603	0.114	-0.0921	-0.1002	-0.0879	-0.1096	0.0363	0.4669	0.1595	0.0919	0.3965	0.0061	0.308	29.475	67.0183	-17.1354
9	0.2369	-0.0015	-0.1048	0.28	0.0736	0.5089	-0.1816	0.2229	-0.1638	-0.1725	-0.1885	-0.2998	0.0817	-0.0942	-0.7238	0.2135	0.3789	0.0986	0.07	-0.305	0.3103	31.296	59.9524	-17.3273
10	0.2139	-0.0958	-0.0028	0.3939	-0.1084	0.209	-0.1377	-0.107	-0.146	0.3754	0.0391	-0.1146	0.1084	-0.0782	-0.1087	0.3843	0.1386	0.0028	0.2049	0.0384	0.2669	27.1046	56.9195	-4.7589
11	0.3601	-0.169	0.0104	0.1579	-0.1478	0.2594	0.0835	-0.0374	-0.2067	-0.2103	-0.0926	0.1876	0.1317	0.0374	0.0268	0.5121	0.0721	0.0841	0.2877	-0.0895	0.4376	7.1717	69.0566	-9.8609
12	0.0113	-0.0462	-0.0245	0.3821	0.0679	0.0714	-0.1416	-0.0306	-0.0902	0.1445	-0.0645	0.2898	0.1154	-0.0767	-0.211	0.5724	0.1445	0.2927	0.1441	0.117	0.6687	18.0635	50.517	-5.538
13	-0.0001	0.0053	-0.0013	0.0797	0.0022	-0.0003	-0.0149	-0.1321	0.1	0.2154	0.0794	0.0285	-0.2313	-0.2841	-0.001	0.9759	0.2501	-0.1537	0.5664	0.0166	0.2557	27.2691	65.3481	7.752

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 5:29)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 30:47)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 48:73)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 74:105)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 106:128)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 129:174)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 6:32)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 33:47)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 48:82)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 83:116)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 117:128)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 129:149)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 150:173)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)