PDB-3tr3: Structure of a bolA protein homologue from Coxiella burnetii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tr3

タイトル

Structure of a bolA protein homologue from Coxiella burnetii

要素

BolA

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Cellular processes / stress-induced

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.456 Å

データ登録者

Cheung, J. / Franklin, M.C. / Rudolph, M. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.

履歴

登録	2011年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月20日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tr3.cif.gz	80 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tr3.ent.gz	60.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tr3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/3tr3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/3tr3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tq8C 3tq9C 3tqaC 3tqbC 3tqcC 3tqdC 3tqeC 3tqfC 3tqgC 3tqhC 3tqiC 3tqjC 3tqlC 3tqmC 3tqnC 3tqoC 3tqpC 3tqqC 3tqrC 3tqsC 3tqtC 3tquC 3tqwC 3tqxC 3tqyC 3tqzC 3tr0C 3tr1C 3tr2C 3tr4C 3tr5C 3tr6C 3tr7C 3tr8C 3tr9C 3trbC 3trcC 3trdC 3treC 3trfC 3trgC 3trhC 3triC 3tthC 3ty2C 3uwcC 4f3qC 4f3rC 4nbqC 4ng4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2y4v-d 6fq1-1 1v9h-d 6pwg-1 6xh0-d 6ie7-1 1cku-d 6ie4-2 6gx6-d 4pnr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BolA

B: BolA

ヘテロ分子

18.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: BolA

ヘテロ分子

B: BolA

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
18.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.245, 66.245, 118.009
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-104- HOH

#1: タンパク質	BolA 分子量: 9261.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA493 / 遺伝子: bolA, CBU_0582 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83DW0
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.52 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES pH 6.5 1.8M ammonium sulphate 0.010M cobalt chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X4C		1	0.979
回転陽極			RIGAKU MICROMAX-007 HF	2	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MAR CCD 165 mm	1	CCD	2011年7月29日
RIGAKU SATURN 944	2	CCD	2011年7月14日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	VARIMAX HF	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	1.5418	1

Reflection

冗長度: 4.3 % / Av σ(I) over netI: 19.03 / 数: 35908 / R_merge(I) obs: 0.063 / Χ²: 1.27 / D res high: 2.7 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 8436 / % possible obs: 98.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
7.3	30	99.8	1	0.036	1.838	4.2
5.8	7.3	99.8	1	0.059	1.764	4.5
5.07	5.8	99.8	1	0.054	1.436	4.7
4.61	5.07	99.8	1	0.046	1.448	4.7
4.28	4.61	100	1	0.046	1.638	4.7
4.03	4.28	100	1	0.047	1.357	4.8
3.83	4.03	100	1	0.052	1.213	4.8
3.66	3.83	100	1	0.054	1.196	4.7
3.52	3.66	100	1	0.057	1.162	4.7
3.4	3.52	100	1	0.071	1.142	4.8
3.29	3.4	100	1	0.083	1.11	4.7
3.2	3.29	100	1	0.115	1.204	4.8
3.12	3.2	100	1	0.109	1.047	4.8
3.04	3.12	100	1	0.139	1.01	4.8
2.97	3.04	100	1	0.154	1.025	4.4
2.91	2.97	99	1	0.148	1.079	3.6
2.85	2.91	98	1	0.173	0.998	3
2.8	2.85	95.5	1	0.194	0.996	2.7
2.75	2.8	88.7	1	0.235	1.204	2.6
2.7	2.75	84.1	1	0.256	0.985	2.3

反射

解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 11441 / Num. obs: 11190 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Χ²: 1.208 / Net I/σ(I): 9.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.45-2.49	2.5	0.402	473	0.781	1,2	88.2
2.49-2.54	3	0.41	533	0.807	1,2	94.5
2.54-2.59	3.4	0.343	513	0.971	1,2	95.5
2.59-2.64	3.9	0.361	572	0.822	1,2	97.1
2.64-2.7	4.3	0.364	540	1.148	1,2	99.1
2.7-2.76	5	0.325	572	0.815	1,2	99.5
2.76-2.83	5.5	0.282	538	0.892	1,2	99.4
2.83-2.9	5.8	0.267	564	0.908	1,2	99.5
2.9-2.99	6	0.22	578	0.871	1,2	99.5
2.99-3.09	6.1	0.208	546	0.923	1,2	99.5
3.09-3.2	6	0.165	564	0.948	1,2	98.9
3.2-3.32	6.3	0.138	567	0.962	1,2	99.5
3.32-3.48	6.1	0.1	569	1.111	1,2	99
3.48-3.66	6.1	0.081	576	1.153	1,2	99.5
3.66-3.89	6.2	0.066	560	1.327	1,2	98.6
3.89-4.19	6	0.059	566	1.385	1,2	98.6
4.19-4.61	6.1	0.049	568	1.505	1,2	98.3
4.61-5.28	6	0.05	581	1.427	1,2	98.5
5.28-6.65	6	0.058	595	1.72	1,2	97.5
6.65-50	5.5	0.046	615	2.66	1,2	94.8

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.456→41.132 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.68 / FOM work R set: 0.8563 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2198	537	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1864	-	-	-
all	0.1881	11973	-	-
obs	0.1881	11183	97.88 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.442 Å² / k_sol: 0.348 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 271.57 Å² / B_iso mean: 45.1491 Å² / B_iso min: 22.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.8379 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	7.8379 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-15.6759 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.456→41.132 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1258	0	2	77	1337

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	1286
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.364	1745
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	196
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	225
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.847	458

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4559-2.703	0.3176	115	0.2616	2508	2623	95
2.703-3.094	0.2533	157	0.2003	2650	2807	99
3.094-3.8976	0.2164	131	0.1768	2697	2828	99
3.8976-41.1381	0.1885	134	0.1701	2791	2925	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5121	-0.8706	0.3294	0.7628	-0.3601	1.0443	-0.0933	-0.1366	0.9775	-0.2025	-0.2664	-0.0615	-0.7934	-0.0843	0.0967	0.5394	0.0329	-0.0449	0.2895	-0.0607	0.3373	37.8174	-11.322	-1.004
2	0.28	0.2274	-0.0943	0.3122	-0.245	0.2831	0.0659	-0.024	0.0802	0.1409	-0.1495	0.3615	0.0077	-0.506	-0.0657	0.3565	0.2413	-0.1164	0.5776	-0.0917	0.393	29.4153	-14.2615	2.5516
3	0.0788	0.2542	0.045	0.7525	0.1263	0.6625	-0.132	-0.0803	0.0749	0.0258	0.0312	-0.0588	-0.1429	-0.3029	0.0392	0.3134	0.0876	-0.0109	0.499	-0.0356	0.3045	28.4593	-18.4447	-5.2919
4	0.3986	0.0306	-0.3261	0.1777	-0.0708	0.3193	-0.1389	0.1766	-0.3167	0.0423	-0.0311	-0.186	-0.1693	0.1612	0.0754	-0.0202	-0.0689	0.0747	0.6558	-0.0602	0.2355	34.6114	-19.9054	-5.4097
5	0.0859	-0.0534	0.0485	0.0786	0.0425	0.1568	0.0688	-0.374	0.1352	0.165	-0.0811	0.0726	0.0127	-0.218	0.0197	0.5912	-0.0847	0.2026	1.0709	-0.227	0.4551	19.3006	-20.1794	8.22
6	0.1618	0.1127	0.1688	0.1712	0.1357	0.1822	-0.1251	-0.0703	-0.0862	-0.0347	-0.1648	0.0011	0.019	0.153	0.1005	0.3464	0.1706	0.001	0.4736	0.0494	0.194	45.4944	-33.9598	6.6137
7	0.749	-0.0219	-0.2843	0.3839	0.4866	0.7772	-0.0646	-0.0968	-0.1299	0.0222	0.1045	0.1213	0.1033	0.0408	-0.0062	0.3576	0.0576	0.0074	0.2693	-0.0039	0.2431	40.922	-20.6385	16.7283

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:14)	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 15:25)	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 26:59)	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 60:71)	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 72:78)	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq -1:3)	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 4:79)	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)