PDB-3tqo: Structure of the cysteinyl-tRNA synthetase (cysS) from Coxiella b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tqo

タイトル

Structure of the cysteinyl-tRNA synthetase (cysS) from Coxiella burnetii.

要素

Cysteinyl-tRNA synthetase

キーワード

LIGASE / Protein synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-tRNA ligase / cysteine-tRNA ligase activity / cysteinyl-tRNA aminoacylation / zinc ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Rudolph, M. / Cheung, J. / Franklin, M.C. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.

履歴

登録	2011年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2015年10月21日	Group: Database references
改定 1.3	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.4	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tqo.cif.gz	170.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tqo.ent.gz	141.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tqo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tq8C 3tq9C 3tqaC 3tqbC 3tqcC 3tqdC 3tqeC 3tqfC 3tqgC 3tqhC 3tqiC 3tqjC 3tqlC 3tqmC 3tqnC 3tqpC 3tqqC 3tqrC 3tqsC 3tqtC 3tquC 3tqwC 3tqxC 3tqyC 3tqzC 3tr0C 3tr1C 3tr2C 3tr3C 3tr4C 3tr5C 3tr6C 3tr7C 3tr8C 3tr9C 3trbC 3trcC 3trdC 3treC 3trfC 3trgC 3trhC 3triC 3tthC 3ty2C 3uwcC 4f3qC 4f3rC 4nbqC 4ng4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1li5-1 4z9d-5 3cml-d 3bql-d 5cu7-1 4fdu-2 2yl5-1 5lx6-d 5cu7-2 4on0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cysteinyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

53.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.632, 97.632, 108.138
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Cysteinyl-tRNA synthetase / Cysteine--tRNA ligase / CysRS 分子量: 53771.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA493 / 遺伝子: cysS, CBU_1487 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83BL7, cysteine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: シッティングドロップ法詳細: 2 M Ammonium sulfate, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月3日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→100 Å / Num. all: 24032 / Num. obs: 23840 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Χ²: 1.344 / Net I/σ(I): 15.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.34	6.6	0.238	1166	0.712	1	99.8
2.34-2.38	6.6	0.188	1181	0.736	1	100
2.38-2.43	6.6	0.167	1185	0.75	1	99.9
2.43-2.48	6.5	0.16	1175	0.793	1	99.9
2.48-2.53	6.6	0.152	1155	0.845	1	100
2.53-2.59	6.5	0.132	1182	1.138	1	99.9
2.59-2.66	6.5	0.123	1206	1.367	1	100
2.66-2.73	6.5	0.129	1172	1.794	1	99.6
2.73-2.81	6.5	0.098	1181	1.248	1	99.8
2.81-2.9	6.5	0.092	1169	1.46	1	99.5
2.9-3	6.5	0.082	1184	1.659	1	99.7
3-3.12	6.5	0.078	1183	1.444	1	99.3
3.12-3.26	6.4	0.071	1201	1.576	1	99.3
3.26-3.44	6.4	0.069	1172	1.81	1	99.2
3.44-3.65	6	0.069	1202	1.618	1	98.4
3.65-3.93	5.7	0.068	1165	1.477	1	96.8
3.93-4.33	10.8	0.068	1199	1.701	1	98.6
4.33-4.96	11.5	0.064	1222	1.425	1	99.1
4.96-6.24	11.4	0.068	1235	1.47	1	99
6.24-100	9.4	0.054	1305	1.4	1	95.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→36.233 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8233 / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2598	1221	5.13 %	Random
R_work	0.2084	-	-	-
all	0.211	25012	-	-
obs	0.211	23791	99.14 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.062 Å² / k_sol: 0.368 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 183.3 Å² / B_iso mean: 37.0129 Å² / B_iso min: 4.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.8841 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.8841 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-7.7683 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.233 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3159	0	1	150	3310

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3233
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.724	4354
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	456
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	563
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.309	1225

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.3871	0.2788	130	0.2082	2461	2591	99
2.3871-2.4957	0.2616	125	0.2098	2481	2606	100
2.4957-2.6273	0.2862	142	0.2093	2478	2620	100
2.6273-2.7918	0.2888	153	0.2061	2488	2641	100
2.7918-3.0073	0.2981	126	0.2165	2483	2609	100
3.0073-3.3097	0.2736	147	0.2183	2496	2643	99
3.3097-3.7882	0.2567	139	0.2316	2473	2612	98
3.7882-4.7711	0.2114	133	0.1747	2525	2658	98
4.7711-36.2378	0.2669	126	0.2165	2685	2811	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2685	0.3074	-0.1312	0.9983	0.0129	1.0526	0.0761	0.0403	-0.1037	0.0187	-0.0583	-0.1246	0.0575	0.1657	-0.0429	0.0499	0.025	-0.0178	0.1579	-0.0805	0.0963	10.6022	23.2007	-21.3138
2	0.9576	0.7098	0.2913	1.2317	-0.0812	1.5315	0.11	-0.2728	0.0302	0.1785	-0.1061	0.2383	-0.1167	-0.0204	0.0001	0.1606	0.0418	0.0456	0.2321	-0.066	0.1949	2.2317	31.1496	-6.953
3	0.3467	0.1985	-0.0093	0.6696	-0.0532	0.7317	0.086	0.0731	0.0393	0.0433	-0.0416	0.1767	-0.0343	-0.1425	-0.028	0.0683	0.0163	0.0067	0.1898	-0.0647	0.1668	2.5565	29.3953	-11.9982
4	1.3267	0.0918	0.0844	0.7082	0.1853	0.1807	-0.0248	0.6012	-0.1014	-0.1634	0.1728	-0.0763	0.0365	0.0629	-0.1113	0.1857	0.0291	-0.0458	0.3324	-0.1	0.1402	6.6875	23.8527	-38.7868
5	0.1458	0.267	-0.3417	0.5551	0.1658	1.7122	-0.0076	-0.0273	0.0156	-0.255	0.0067	-0.065	-0.0701	0.7218	-0.0266	0.1812	0.0962	0.0106	0.5278	-0.0903	0.1367	27.9726	23.7817	-42.9842

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid -1:103)	A	-1 - 103
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 104:176)	A	104 - 176
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 177:268)	A	177 - 268
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 269:316)	A	269 - 316
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 317:404)	A	317 - 404

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関連情報:EMDBヘッダ

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