[日本語] English
万見
- PDB-3tcr: Crystal structure of a molybdopterin biosynthesis protein from My... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tcr
タイトルCrystal structure of a molybdopterin biosynthesis protein from Mycobacterium abscessus
要素Molybdopterin biosynthesis protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / MPT / pyranopterin-dithiolate / Molybdenum cofactor / cofactor biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / MoaB/Mog-like domain / Molybdenum Cofactor Biosythetic Enzyme; Chain A / MoaB/Mog domain / MoaB/Mog-like domain superfamily / Probable molybdopterin binding domain / Probable molybdopterin binding domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Molybdopterin biosynthesis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium abscessus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2011年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Molybdopterin biosynthesis protein
B: Molybdopterin biosynthesis protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5102
ポリマ－40,5102
非ポリマー00
水3,261181
1
A: Molybdopterin biosynthesis protein

A: Molybdopterin biosynthesis protein

A: Molybdopterin biosynthesis protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7653
ポリマ－60,7653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation19_545-z,-x-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation46_445-y-1/2,z-1/2,-x1
Buried area3430 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
2
B: Molybdopterin biosynthesis protein

B: Molybdopterin biosynthesis protein

B: Molybdopterin biosynthesis protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7653
ポリマ－60,7653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area3450 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18790 Å2
手法PISA
3
A: Molybdopterin biosynthesis protein
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,05812
ポリマ－243,05812
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation16_545x,-y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation19_545-z,-x-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation21_545y,z-1/2,x+1/21
crystal symmetry operation27_455-x-1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation29_455z-1/2,x,y+1/21
crystal symmetry operation36_455-y-1/2,-z,x+1/21
crystal symmetry operation38_445-x-1/2,-y-1/2,z1
crystal symmetry operation42_445z-1/2,-x-1/2,-y1
crystal symmetry operation46_445-y-1/2,z-1/2,-x1
Buried area24350 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area64350 Å2
手法PISA
4
B: Molybdopterin biosynthesis protein
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,05812
ポリマ－243,05812
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
Buried area24410 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area64540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.445, 173.445, 173.445
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-191-

HOH

21A-217-

HOH

31A-278-

HOH

41B-180-

HOH

51B-195-

HOH

61B-216-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Molybdopterin biosynthesis protein


分子量: 20254.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア)
株: ATCC 19977 / DSM 44196 / 遺伝子: MAB_1079 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1MK77
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MyabA.00778.a.A1 PS00955 at 78 mg/mL Tris pH 7.5 against JCSG+ condition C12 10% PEG 1000 and 10% PEG 8000 with 25% ethylene glycol as cryo-protection reagent, crystal tracking ID 219940c12, ...詳細: MyabA.00778.a.A1 PS00955 at 78 mg/mL Tris pH 7.5 against JCSG+ condition C12 10% PEG 1000 and 10% PEG 8000 with 25% ethylene glycol as cryo-protection reagent, crystal tracking ID 219940c12, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 19650 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Χ2: 1.067 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2
2.28-2.358.60.4355.216311.028
2.35-2.428.60.40616061.077
2.42-2.518.60.35416321.084
2.51-2.618.70.2816211.112
2.61-2.738.60.26516251.003
2.73-2.878.70.216171.076
2.87-3.058.70.17216361.093
3.05-3.298.70.13416401.048
3.29-3.628.60.12716271.029
3.62-4.148.40.12216481.126
4.14-5.228.40.07116561.036
5.22-508.50.04717111.085

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å43.36 Å
Translation3 Å43.36 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RFQ

3rfq


解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.199 / WRfactor Rwork: 0.1701 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8782 / SU B: 7.785 / SU ML: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.2147 / SU Rfree: 0.1711 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2007 989 5.1 %RANDOM
Rwork0.1726 ---
obs0.174 19309 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.95 Å2 / Biso mean: 25.8503 Å2 / Biso min: 11.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2210 0 0 181 2391
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192267
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021435
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5331.9813103
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01333542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.185324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.95224.56881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.55415356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8731520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2405
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022605
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02403
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 73 -
Rwork0.197 1281 -
all-1354 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2403-0.50590.36470.72330.07180.6109-0.0021-0.05570.1092-0.04750.0025-0.05180.0779-0.022-0.00040.0418-0.0158-0.00140.0339-0.00170.0259-26.913-45.927315.7623
21.2856-0.41120.47960.626-0.05370.73580.0046-0.10630.0664-0.0865-0.0053-0.01470.0487-0.0520.00060.0364-0.00040.01470.0248-0.00430.0363-16.4507-27.5972-2.555
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A21 - 178
2X-RAY DIFFRACTION1A179 - 281
3X-RAY DIFFRACTION2B21 - 178
4X-RAY DIFFRACTION2B179 - 256

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る