PDB-3sqg: Crystal structure of a methyl-coenzyme M reductase purified from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sqg

タイトル

Crystal structure of a methyl-coenzyme M reductase purified from Black Sea mats

要素

(Methyl-coenzyme M reductase, ...) x 2
Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit

キーワード

TRANSFERASE / anaerobic methane oxidation

機能・相同性

機能・相同性情報

coenzyme-B sulfoethylthiotransferase / coenzyme-B sulfoethylthiotransferase activity / methanogenesis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured archaeon (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Shima, S. / Krueger, M. / Weinert, T. / Demmer, U. / Thauer, R.K. / Ermler, U.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure of a methyl-coenzyme M reductase from Black Sea mats that oxidize methane anaerobically.
著者: Shima, S. / Krueger, M. / Weinert, T. / Demmer, U. / Kahnt, J. / Thauer, R.K. / Ermler, U.

履歴

登録	2011年7月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月28日	Group: Database references
改定 1.2	2012年1月4日	Group: Database references
改定 1.3	2015年5月20日	Group: Non-polymer description
改定 1.4	2015年5月27日	Group: Other
改定 1.5	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.6	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sqg.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sqg.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sqg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/3sqg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/3sqg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1hbn 3m1v 3pot
類似構造データ	3m2v-d 5g0r-d 1mro-d 5a8k-d 3m30-d 5n28-d 1e6v-d 5a8r-2 5n1q-d 5n2a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#179 - 2014年11月メチル補酵素M還元酵素 (Methyl-coenzyme M Reductase) 類似性 (20)

登録構造単位

A: Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit

B: Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit

C: Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit

D: Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit

E: Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit

F: Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit

G: Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit

H: Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit

I: Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit

ヘテロ分子

433 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit

B: Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit

C: Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit

D: Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit

E: Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit

F: Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
289 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit

H: Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit

I: Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit

ヘテロ分子

G: Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit

H: Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit

I: Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
288 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.860, 412.490, 165.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ADG

#1: タンパク質	Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit 分子量: 63862.895 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) uncultured archaeon (環境試料) / 株: ANME-1 参照: UniProt: D1JBK4, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase

-
Methyl-coenzyme M reductase, ... , 2種, 6分子 BEHCFI

#2: タンパク質	Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit 分子量: 46030.004 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) uncultured archaeon (環境試料) / 株: ANME-1 参照: UniProt: D1JBK2, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#3: タンパク質	Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit 分子量: 31576.955 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) uncultured archaeon (環境試料) / 株: ANME-1 参照: UniProt: D1JBK3, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase

-
非ポリマー , 11種, 2041分子

#4: 化合物	ChemComp-TP7 / Coenzyme B / 7-MERCAPTOHEPTANOYLTHREONINEPHOSPHATE / N-(7-メルカプトヘプタノイル)-O-ホスホノ-L-トレオニン分子量: 343.334 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₂NO₇PS
#5: 化合物	ChemComp-COM / 1-THIOETHANESULFONIC ACID / 2-メルカプトエタンスルホン酸分子量: 142.197 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₃S₂
#6: 化合物	ChemComp-M43 / (17[2]S)-17[2]-methylthio-coenzyme F43 分子量: 952.672 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₃H₅₃N₆NiO₁₃S
#7: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#9: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#10: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#12: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#13: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#14: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2005 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

構成要素の詳細	PURIFIED FROM BLACK SEA MATS. REFERENCE: KRUGER, M. ET AL. A CONSPICUOUS NICKEL PROTEIN IN ...PURIFIED FROM BLACK SEA MATS. REFERENCE: KRUGER, M. ET AL. A CONSPICUOUS NICKEL PROTEIN IN MICROBIAL MATS THAT OXIDIZE METHANE ANAEROBICALLY. NATURE 426, 878-881
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.53 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% PEG 400, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年2月23日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator, sagitally focussing Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 255103 / Num. obs: 243043 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_sym value: 0.107 / Net I/σ(I): 9.43
反射シェル	解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / R_sym value: 0.618 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→47.583 Å / SU ML: 0.6 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.206	12180	5.01 %	RANDOM
R_work	0.161	-	-	-
obs	0.1632	242909	95.25 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.13 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 61.799 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.8367 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.8088 Å²	0 Å²
3-	-	-	11.6456 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.583 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29607	0	511	2005	32123

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	30785
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.078	41603
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.357	11498
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	4416
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	5421

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1239	0.3374	380	0.2884	7550	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1239-2.1489	0.3204	435	0.2656	7643	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1489-2.1751	0.2992	416	0.2457	7821	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1751-2.2026	0.3108	427	0.2464	7783	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2026-2.2316	0.2921	414	0.2429	7889	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2316-2.2621	0.32	413	0.24	7752	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2621-2.2945	0.2781	428	0.2249	7791	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2945-2.3287	0.2635	414	0.2031	7829	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3287-2.3651	0.2557	419	0.2001	7813	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3651-2.4039	0.2528	388	0.1979	7807	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4039-2.4453	0.2491	423	0.1905	7766	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4453-2.4898	0.2437	407	0.1824	7695	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4898-2.5377	0.2374	402	0.1787	7642	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5377-2.5895	0.2347	394	0.1785	7470	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5895-2.6458	0.2218	400	0.1659	7652	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6458-2.7073	0.2264	424	0.1631	7762	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7073-2.775	0.2174	401	0.1631	7764	X-RAY DIFFRACTION	96
2.775-2.85	0.216	407	0.1617	7749	X-RAY DIFFRACTION	96
2.85-2.9339	0.2299	399	0.1707	7746	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9339-3.0286	0.1979	407	0.1587	7715	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0286-3.1368	0.2177	404	0.1655	7739	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1368-3.2623	0.2028	398	0.1628	7598	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2623-3.4108	0.1966	384	0.158	7397	X-RAY DIFFRACTION	91
3.4108-3.5905	0.1799	408	0.1447	7695	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5905-3.8154	0.1666	399	0.1332	7682	X-RAY DIFFRACTION	95
3.8154-4.1098	0.1496	405	0.117	7631	X-RAY DIFFRACTION	94
4.1098-4.5232	0.1344	396	0.1098	7580	X-RAY DIFFRACTION	93
4.5232-5.177	0.171	385	0.12	7453	X-RAY DIFFRACTION	91
5.177-6.5198	0.1906	404	0.1451	7657	X-RAY DIFFRACTION	93
6.5198-47.5955	0.1749	399	0.1508	7658	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3454	-0.0992	-0.0316	0.7691	-0.161	0.3454	0.0381	-0.0356	-0.0034	0.0691	-0.0684	-0.0068	-0.0634	-0.0311	0.0265	0.1757	-0.0125	0.0024	0.1829	-0.0211	0.159	41.7007	-73.3966	46.4851
2	0.4087	-0.006	-0.0629	0.1978	-0.0973	0.2397	0.045	0.1031	-0.1878	-0.0605	-0.0708	0.0025	0.0471	-0.0121	0.024	0.1762	0.0272	-0.0039	0.1537	-0.0638	0.1726	56.4678	-85.5576	22.1303
3	0.5371	-0.047	0.0384	0.3951	-0.2426	0.3069	0.0722	-0.0004	0.0122	0.061	-0.0689	-0.033	-0.0964	0.0186	-0.0196	0.2112	0.008	0.0138	0.1802	-0.0214	0.1131	59.5431	-66.4467	33.2733
4	0.0467	0.1118	-0.055	0.8065	0.0638	0.2301	0.0038	0.1083	-0.1006	-0.0979	-0.0229	0.0903	0.0358	-0.2119	0.0256	0.3016	0.0354	-0.1304	0.4808	-0.1889	0.3408	18.5752	-89.8417	-4.5675
5	0.4306	0.2885	0.4824	0.1958	0.3213	0.5464	0.0273	0.0491	0.0234	-0.1457	-0.0222	0.213	-0.123	-0.1868	0.0287	0.2909	0.1318	-0.0611	0.453	-0.0087	0.2532	24.5052	-54.9241	-4.212
6	0.3544	0.0453	0.1419	0.1662	-0.0016	0.0622	-0.0063	0.1731	-0.0692	-0.2121	0.024	0.1629	-0.0024	-0.1129	-0.0074	0.3247	0.1073	-0.1202	0.5616	-0.1214	0.2534	24.8564	-69.4808	-14.9428
7	0.1131	-0.0354	0.0126	0.2283	0.0351	0.1685	0.0414	0.1109	-0.1718	-0.0719	-0.0382	0.1184	0.0739	-0.0955	0.0792	0.2081	0.0085	-0.0828	0.2765	-0.1815	0.3177	22.6945	-93.6162	12.2166
8	0.5056	-0.0234	0.0872	1.2337	0.3679	0.8713	0.0285	0.0586	-0.1102	-0.125	0.0097	0.1462	0.0899	-0.1904	0.0307	0.3106	0.0744	-0.1446	0.546	-0.1904	0.3676	14.114	-85.6642	-2.518
9	0.0404	-0.0389	-0.1096	0.4324	0.1182	0.3005	0.0335	0.114	-0.2359	0.0268	0.0319	0.1201	0.0996	-0.1123	-0.0657	0.1969	-0.0381	-0.0028	0.2535	-0.0832	0.4626	13.2641	-97.218	40.3736
10	0.5478	0.0016	0.1173	1.1178	0.6041	0.9849	0.1113	0.2907	-0.1041	-0.2444	-0.0567	0.2817	-0.1215	-0.2055	-0.0412	0.241	0.0192	-0.0465	0.3893	-0.0966	0.4324	2.7162	-80.5887	20.8473
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精密化 TLSグループ

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43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'I' and (resseq 214:280)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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