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Yorodumi- PDB-3sqg: Crystal structure of a methyl-coenzyme M reductase purified from ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sqg | ||||||
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Title | Crystal structure of a methyl-coenzyme M reductase purified from Black Sea mats | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / anaerobic methane oxidation | ||||||
Function / homology | Function and homology information coenzyme-B sulfoethylthiotransferase / coenzyme-B sulfoethylthiotransferase activity / methanogenesis / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | uncultured archaeon (environmental samples) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Shima, S. / Krueger, M. / Weinert, T. / Demmer, U. / Thauer, R.K. / Ermler, U. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2011 Title: Structure of a methyl-coenzyme M reductase from Black Sea mats that oxidize methane anaerobically. Authors: Shima, S. / Krueger, M. / Weinert, T. / Demmer, U. / Kahnt, J. / Thauer, R.K. / Ermler, U. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3sqg.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3sqg.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3sqg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3sqg_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3sqg_full_validation.pdf.gz | 2.8 MB | Display | |
Data in XML | 3sqg_validation.xml.gz | 165 KB | Display | |
Data in CIF | 3sqg_validation.cif.gz | 227 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/3sqg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/3sqg | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ADG
#1: Protein | Mass: 63862.895 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) uncultured archaeon (environmental samples) Strain: ANME-1 References: UniProt: D1JBK4, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase |
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-Methyl-coenzyme M reductase, ... , 2 types, 6 molecules BEHCFI
#2: Protein | Mass: 46030.004 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) uncultured archaeon (environmental samples) Strain: ANME-1 References: UniProt: D1JBK2, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase #3: Protein | Mass: 31576.955 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) uncultured archaeon (environmental samples) Strain: ANME-1 References: UniProt: D1JBK3, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase |
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-Non-polymers , 11 types, 2041 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-1PE / #8: Chemical | ChemComp-PGE / #9: Chemical | ChemComp-SO4 / #10: Chemical | ChemComp-CL / | #11: Chemical | #12: Chemical | ChemComp-P6G / | #13: Chemical | #14: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Compound details | PURIFIED FROM BLACK SEA MATS. REFERENCE: KRUGER, M. ET AL. A CONSPICUOUS NICKEL PROTEIN IN ...PURIFIED FROM BLACK SEA MATS. REFERENCE: KRUGER, M. ET AL. A CONSPICUOU |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 25% PEG 400, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 23, 2010 |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator, sagitally focussing Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 255103 / Num. obs: 243043 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 9.43 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.2 Å / Redundancy: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Rsym value: 0.618 / % possible all: 96.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1→47.583 Å / SU ML: 0.6 / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.78 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.13 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.799 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→47.583 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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