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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a8r | |||||||||
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タイトル | METHYL-COENZYME M REDUCTASE II FROM METHANOTHERMOBACTER MARBURGENSIS AT 2.15 A RESOLUTION | |||||||||
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![]() | TRANSFERASE / POST-TRANSLATIONAL MODIFICATION / BINDING SITES / CATALYSIS / COENZYMES / DISULFIDES / HYDROGEN / HYDROGEN BONDING / LIGANDS / MESNA / METALLOPORPHYRINS / METHANE / METHANOBACTERIUM / MODELS / MOLECULAR / NICKEL / OXIDATION-REDUCTION / OXIDOREDUCTASES / PHOSPHOTHREONINE / PROTEIN CONFORMATION / PROTEIN FOLDING / PROTEIN STRUCTURE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() coenzyme-B sulfoethylthiotransferase / coenzyme-B sulfoethylthiotransferase activity / methanogenesis / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wagner, T. / Ermler, U. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Didehydroaspartate Modification in Methyl-Coenzyme M Reductase Catalyzing Methane Formation. 著者: Wagner, T. / Kahnt, J. / Ermler, U. / Shima, S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 180.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 251.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-METHYL-COENZYME M REDUCTASE II SUBUNIT ... , 2種, 8分子 ADGJBEHK
#1: タンパク質 | 分子量: 60811.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) 由来: (天然) ![]() ![]() 株: MARBURG 参照: UniProt: P58815, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase #2: タンパク質 | 分子量: 47039.332 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) 由来: (天然) ![]() ![]() 株: MARBURG 参照: UniProt: D9PXZ6, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase |
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-タンパク質 , 1種, 4分子 CFIL
#3: タンパク質 | 分子量: 30580.283 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) 由来: (天然) ![]() ![]() 株: MARBURG 参照: UniProt: P58816, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase |
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-非ポリマー , 5種, 1839分子 ![](data/chem/img/COM.gif)
![](data/chem/img/TP7.gif)
![](data/chem/img/F43.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TP7.gif)
![](data/chem/img/F43.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-COM / #5: 化合物 | ChemComp-TP7 / #6: 化合物 | ChemComp-F43 / #7: 化合物 | ChemComp-K / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | DIDEHYDROASPARTATE (DYA): DIDEHYDROASPARTATE IS AN ASPARTATE CONTAINING A DOUBLE BOND BETWEEN THE C ...DIDEHYDROA |
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配列の詳細 | RESIDUE 402 IS A C2-(S)-METHYLGLUTAMINE. RESIDUE 447 IS A THIOGLYCINE. RESIDUE 452 IS A ...RESIDUE 402 IS A C2-(S)-METHYLGLUT |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 160 MM POTASSIUM ACETATE, 40% (V/V) PENTAERYTHRITOL PROPOXYLATE 426 (5/4 PO/OH), 100 MM TRIS PH 8.0, AND 3% (W/V) TRIMETHYLAMINE N-OXIDE DEHYDRATE AT 8 DEGREE CELSIUS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00005 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→69.31 Å / Num. obs: 300218 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 24.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3POT 解像度: 2.15→55.361 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.93 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→55.361 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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