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Yorodumi- PDB-5a8r: METHYL-COENZYME M REDUCTASE II FROM METHANOTHERMOBACTER MARBURGEN... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5a8r | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | METHYL-COENZYME M REDUCTASE II FROM METHANOTHERMOBACTER MARBURGENSIS AT 2.15 A RESOLUTION | |||||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / POST-TRANSLATIONAL MODIFICATION / BINDING SITES / CATALYSIS / COENZYMES / DISULFIDES / HYDROGEN / HYDROGEN BONDING / LIGANDS / MESNA / METALLOPORPHYRINS / METHANE / METHANOBACTERIUM / MODELS / MOLECULAR / NICKEL / OXIDATION-REDUCTION / OXIDOREDUCTASES / PHOSPHOTHREONINE / PROTEIN CONFORMATION / PROTEIN FOLDING / PROTEIN STRUCTURE | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationcoenzyme-B sulfoethylthiotransferase / coenzyme-B sulfoethylthiotransferase activity / methanogenesis / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() METHANOTHERMOBACTER MARBURGENSIS (archaea) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.15 Å | |||||||||
Authors | Wagner, T. / Ermler, U. | |||||||||
Citation | Journal: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / Year: 2016Title: Didehydroaspartate Modification in Methyl-Coenzyme M Reductase Catalyzing Methane Formation. Authors: Wagner, T. / Kahnt, J. / Ermler, U. / Shima, S. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 5a8r.cif.gz | 1.9 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5a8r.ent.gz | 1.6 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5a8r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5a8r_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5a8r_full_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | |
| Data in XML | 5a8r_validation.xml.gz | 180.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 5a8r_validation.cif.gz | 251.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/5a8r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/5a8r | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5a0yC ![]() 5a8kC ![]() 5a8wC ![]() 3potS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
-METHYL-COENZYME M REDUCTASE II SUBUNIT ... , 2 types, 8 molecules ADGJBEHK
| #1: Protein | Mass: 60811.102 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Details: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) Source: (natural) ![]() METHANOTHERMOBACTER MARBURGENSIS (archaea)Strain: MARBURG References: UniProt: P58815, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase #2: Protein | Mass: 47039.332 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Details: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) Source: (natural) ![]() METHANOTHERMOBACTER MARBURGENSIS (archaea)Strain: MARBURG References: UniProt: D9PXZ6, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase |
|---|
-Protein , 1 types, 4 molecules CFIL
| #3: Protein | Mass: 30580.283 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Details: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) Source: (natural) ![]() METHANOTHERMOBACTER MARBURGENSIS (archaea)Strain: MARBURG References: UniProt: P58816, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 1839 molecules 








| #4: Chemical | ChemComp-COM / #5: Chemical | ChemComp-TP7 / #6: Chemical | ChemComp-F43 / #7: Chemical | ChemComp-K / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Nonpolymer details | DIDEHYDROASPARTATE (DYA): DIDEHYDROASPARTATE IS AN ASPARTATE CONTAINING A DOUBLE BOND BETWEEN THE C ...DIDEHYDROA |
|---|---|
| Sequence details | RESIDUE 402 IS A C2-(S)-METHYLGLUTAMINE. RESIDUE 447 IS A THIOGLYCINE. RESIDUE 452 IS A ...RESIDUE 402 IS A C2-(S)-METHYLGLUT |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.92 % / Description: NONE |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 160 MM POTASSIUM ACETATE, 40% (V/V) PENTAERYTHRITOL PROPOXYLATE 426 (5/4 PO/OH), 100 MM TRIS PH 8.0, AND 3% (W/V) TRIMETHYLAMINE N-OXIDE DEHYDRATE AT 8 DEGREE CELSIUS |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 77 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1.00005 |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS / Detector: PIXEL / Date: Nov 30, 2013 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.00005 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.15→69.31 Å / Num. obs: 300218 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 24.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 6.7 |
| Reflection shell | Resolution: 2.15→2.27 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 3POT Resolution: 2.15→55.361 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.33 / Phase error: 18.93 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→55.361 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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