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Yorodumi- PDB-5a8w: METHYL-COENZYME M REDUCTASE II FROM METHANOTHERMOBACTER WOLFEII A... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5a8w | ||||||
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Title | METHYL-COENZYME M REDUCTASE II FROM METHANOTHERMOBACTER WOLFEII AT 1. 8 A RESOLUTION | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / POST-TRANSLATIONAL MODIFICATION / BINDING SITES / COENZYMES / DISULFIDES / MESNA / METALLOPORPHYRINS / METHANE / METHANOBACTERIUM / NICKEL / OXIDATION-REDUCTION / PHOSPHOTHREONINE | ||||||
Function / homology | Function and homology information coenzyme-B sulfoethylthiotransferase / coenzyme-B sulfoethylthiotransferase activity / methanogenesis / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | METHANOTHERMOBACTER WOLFEII (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Wagner, T. / Ermler, U. | ||||||
Citation | Journal: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / Year: 2016 Title: Didehydroaspartate Modification in Methyl-Coenzyme M Reductase Catalyzing Methane Formation. Authors: Wagner, T. / Kahnt, J. / Ermler, U. / Shima, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5a8w.cif.gz | 1.9 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5a8w.ent.gz | 1.6 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5a8w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5a8w_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5a8w_full_validation.pdf.gz | 3.3 MB | Display | |
Data in XML | 5a8w_validation.xml.gz | 201.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5a8w_validation.cif.gz | 287.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/5a8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/5a8w | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5a0yC 5a8kC 5a8rC 3potS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS oper:
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ADGJ
#1: Protein | Mass: 60929.172 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Details: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / Source: (natural) METHANOTHERMOBACTER WOLFEII (archaea) References: UniProt: H7CHY2*PLUS, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase |
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-METHYL-COENZYME M REDUCTASE ... , 2 types, 8 molecules BEHKCFIL
#2: Protein | Mass: 47144.555 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Details: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / Source: (natural) METHANOTHERMOBACTER WOLFEII (archaea) References: UniProt: A0A1C7D1E4*PLUS, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase #3: Protein | Mass: 30688.428 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Details: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / Source: (natural) METHANOTHERMOBACTER WOLFEII (archaea) References: UniProt: A0A1C7D1E5*PLUS, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase |
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-Non-polymers , 6 types, 2939 molecules
#4: Chemical | ChemComp-COM / #5: Chemical | ChemComp-TP7 / #6: Chemical | ChemComp-ACT / #7: Chemical | ChemComp-F43 / #8: Chemical | ChemComp-NA / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | METHANOTHERMOBACTER WOLFEII GENOME SEQUENCING IS ACTUALLY IN PROGRESS AND WILL BE RELEASED SOON. ...METHANOTHE |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 49.01 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7 Details: 13% (W/V) PEG 4000, 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.1, AND 200 MM AMMONIUM ACETATE AT ROOM TEMPERATURE. THICK SQUARE-SHAPED CRYSTALS WERE IMMERSED IN A SOLUTION CONTAINING 30% (V/V) ETHYLENE ...Details: 13% (W/V) PEG 4000, 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.1, AND 200 MM AMMONIUM ACETATE AT ROOM TEMPERATURE. THICK SQUARE-SHAPED CRYSTALS WERE IMMERSED IN A SOLUTION CONTAINING 30% (V/V) ETHYLENE GLYCOL, 14% (W/V) PEG 4000, 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.1, AND 200 MM AMMONIUM ACETATE AS A CRYOPROTECTANT |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 77 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.97857 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 11, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→48.8 Å / Num. obs: 464655 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / Redundancy: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 14.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.9 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 95.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3POT Resolution: 1.8→48.658 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.96 / Phase error: 20.37 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→48.658 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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