PDB-3sf6: Crystal structure of Glutaryl-CoA dehydrogenase from Mycobacteriu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sf6

タイトル

Crystal structure of Glutaryl-CoA dehydrogenase from Mycobacterium smegmatis

要素

Glutaryl-CoA dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / Emerald BioStructures / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

glutaryl-CoA dehydrogenase (ETF) / glutaryl-CoA dehydrogenase activity / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / fatty-acyl-CoA binding / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2011年6月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3sf6.ent.gz	131.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3sf6_full_validation.pdf.gz	752.1 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/3sf6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/3sf6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC 2ebaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3swo-d 1siq-1 2dvl-2 3mdd-1 2eba-1 2r0n-2 2jif-d 2vig-1 3mpj-2 1sir-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MysmA.01640.c

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutaryl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

44.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutaryl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Glutaryl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Glutaryl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Glutaryl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
178 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	7_545	y+1/2,x-1/2,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	10_655	-x+1,-y,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y+1/2,-x+1/2,-z+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.000, 130.000, 101.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-565- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Glutaryl-CoA dehydrogenase 分子量: 43076.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_2466 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QV68, EC: 1.3.99.7

-
非ポリマー , 6種, 348分子

#2: 化合物	ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH₂ 分子量: 787.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₉O₁₅P₂
#3: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Internal tracking number 221475C11. JCSG C11. 2 M ammonium sulfate, 0.1 M acetate, pH 4.6, MysmA.01640.c.A1 PS01045 at 45 mg/mL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月28日

放射

モノクロメーター: Asymmetric curved crystal, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→44.573 Å / Num. all: 48013 / Num. obs: 48008 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 16.5 % / B_iso Wilson estimate: 18.942 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 30.76

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	% possible all
1.7-1.74		15.85	0.499	6.1	55015	3470	3470	100
1.74-1.79			0.414	7.4	55095		3430	100
1.79-1.84			0.33	9.3	54346		3352	100
1.84-1.9			0.285	11	52758		3213	100
1.9-1.96			0.251	12.6	51947		3152	100
1.96-2.03			0.196	16.1	50419		3017	100
2.03-2.11			0.164	19.4	48984		2932	100
2.11-2.19			0.135	23.2	47894		2836	100
2.19-2.29			0.113	27.7	45582		2715	100
2.29-2.4			0.102	30.5	44018		2598	100
2.4-2.53			0.096	31.9	41837		2470	100
2.53-2.69			0.08	37.3	39883		2366	100
2.69-2.87			0.071	42.2	37141		2203	100
2.87-3.1			0.058	49.9	34945		2079	100
3.1-3.4			0.047	59.9	31771		1904	100
3.4-3.8			0.035	74.6	28497		1738	100
3.8-4.39			0.03	85.6	24830		1549	100
4.39-5.38			0.027	87.6	21868		1322	100
5.38-7.6			0.032	76.4	17004		1045	100
	7.6		0.019	101.3	9297		617	99.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	44.57 Å
Translation	2.5 Å	44.57 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EBA

2eba

解像度: 1.7→44.573 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 2.291 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.152	2424	5.1 %	RANDOM
R_work	0.128	-	-	-
obs	0.13	47883	99.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.725 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.27 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.573 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2895	0	91	330	3316

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	3111
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2102
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.551	1.995	4237
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.966	3	5117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.193	5	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.652	23.077	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.159	15	514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.066	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	474
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3508
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	632
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.805	1.5	1945
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.25	1.5	819
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.411	2	3105
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.374	3	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.867	4.5	1118

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.192	180	-
R_work	0.169	3274	-
all	-	3454	-
obs	-	3470	99.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4659	-0.0475	0.2008	0.4155	-0.0928	0.9822	0.031	0.0124	-0.0595	-0.0675	-0.0205	-0.0625	-0.1139	0.0309	-0.0105	0.0538	-0.0008	0.0115	0.0066	0.0085	0.0309	61.3238	14.626	-1.622
2	2.9399	0.5959	-4.131	1.1677	-0.3552	9.9923	0.3302	0.0317	0.0914	-0.0966	-0.0393	0.1375	-0.7639	-0.1229	-0.2909	0.1029	0.0232	0.009	0.0108	-0.0067	0.0406	45.5977	24.2513	12.0066
3	1.1335	-0.447	-0.6997	3.2983	1.3133	1.9168	-0.006	0.0466	0.0633	-0.0213	0.0521	-0.1111	-0.1748	0.1074	-0.0461	0.0511	0.0016	-0.0158	0.0459	0.0026	0.0182	39.452	15.3318	-0.1004
4	0.5457	0.0781	-0.2184	0.0165	-0.0507	0.1885	-0.0007	0.0374	0.0011	-0.0099	0.0052	0.0037	0.008	-0.0513	-0.0045	0.0491	0.0171	-0.0223	0.0432	-0.0045	0.0331	42.7325	7.3459	0.7783
5	0.4669	-0.0745	0.2012	0.3772	-0.4515	1.6898	0.0066	0.0309	0.0031	-0.058	0.0134	0.0511	0.0444	-0.1388	-0.02	0.0159	0.0066	-0.0178	0.0557	-0.0061	0.0217	30.2922	5.847	2.8168
6	7.8919	0.3478	2.6622	1.1466	0.1439	1.6505	-0.0053	0.0322	-0.4192	-0.0752	0.0728	0.1908	0.1158	-0.1051	-0.0675	0.0398	-0.0334	-0.0211	0.0671	0.0005	0.0923	24.6057	-7.584	12.9234
7	1.1184	-0.0022	-0.1949	0.4362	-0.2388	0.7736	-0.0128	0.0089	-0.0413	-0.0294	0.0009	0.0268	0.0203	-0.1436	0.0119	0.0074	0.0028	-0.0103	0.0511	-0.0084	0.0197	25.9902	1.603	10.7659
8	3.5229	1.3212	0.8497	1.2261	0.5957	0.3171	-0.0346	-0.1508	0.1421	0.0129	-0.0005	0.0463	-0.0073	-0.0373	0.0351	0.0325	0.0205	-0.0077	0.078	-0.0113	0.0296	34.8952	12.05	19.6099
9	3.3354	-1.2159	-1.4381	1.5211	0.914	2.1338	0.0496	0.3069	-0.1927	-0.0557	-0.1514	0.1282	0.0741	-0.3971	0.1018	0.0343	-0.0118	-0.0314	0.0972	-0.0304	0.047	20.3738	-2.805	2.9835
10	4.8059	1.3012	0.2137	1.2177	-0.2881	0.4313	0.0878	0.0825	-0.2203	-0.051	-0.0466	-0.0254	0.0856	0.0362	-0.0412	0.0245	0.0045	-0.0115	0.0293	-0.0101	0.0457	39.5608	-5.5331	5.3193
11	1.3972	1.3993	1.5215	1.6704	1.6015	1.7244	-0.0266	0.018	0.0027	-0.0323	0.0203	-0.0091	-0.0773	-0.0036	0.0063	0.0518	0.014	-0.0023	0.0285	0.0011	0.033	60.3123	15.5627	12.0138
12	2.3712	-0.9224	0.9875	5.7389	-0.6624	7.3363	0.0198	0.1569	0.0466	-0.0228	0.082	-0.2238	-0.6521	0.5549	-0.1019	0.0635	-0.0468	0.0141	0.051	-0.0145	0.0381	76.4696	25.8022	24.8004
13	0.4491	0.2182	0.4259	0.302	0.2888	0.7015	0.0179	0.0093	-0.011	-0.0286	-0.0025	-0.0165	0.0094	0.006	-0.0154	0.0313	0.0009	-0.0035	0.0241	-0.0067	0.0233	64.9286	6.5735	10.0267
14	0.5758	-0.2675	-0.0376	2.1642	0.9671	0.9053	0.0126	-0.0191	-0.0463	-0.0849	-0.087	0.0818	0.019	-0.0526	0.0744	0.0252	0.0035	-0.0035	0.0186	0.0002	0.0271	54.5493	-1.7982	11.2498
15	0.2657	0.0005	0.2726	0.3325	0.2106	0.6466	-0.0326	-0.0241	0.0033	-0.0206	0.0084	-0.0177	-0.1004	-0.041	0.0242	0.0337	0.0047	-0.0068	0.0313	-0.008	0.0279	56.3955	17.6156	21.1617
16	0.7365	-0.3538	-0.1151	2.1702	0.342	0.2785	0.0282	-0.0012	-0.0473	0.0089	-0.0393	0.003	0.0346	-0.0564	0.0111	0.0292	-0.0014	-0.0036	0.0199	-0.0081	0.0263	48.4984	-8.1071	16.0984

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	13 - 41
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	42 - 57
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	58 - 78
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	79 - 124
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	125 - 151
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	152 - 168
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	169 - 213
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	214 - 231
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	232 - 243
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	244 - 258
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	259 - 283
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	284 - 289
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	290 - 324
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	325 - 344
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	345 - 372
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	373 - 399

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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