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- PDB-3rad: Quinolone(Clinafloxacin)-DNA cleavage complex of type IV topoisom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rad
タイトルQuinolone(Clinafloxacin)-DNA cleavage complex of type IV topoisomerase from S. pneumoniae
要素
  • (DNA topoisomerase 4 subunit ...) x 2
  • 5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*AP*T)-3'
  • 5'-D(*CP*GP*TP*GP*CP*AP*T)-3'
  • 5'-D(P*AP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*G)-3'
  • 5'-D(P*GP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*G)-3'
キーワードISOMERASE/DNA/ANTIBIOTIC / PROTEIN-DNA CLEAVAGE COMPLEX / Topoisomerase IIa / Clinafloxacin / ISOMERASE-DNA-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase IV subunit A, Gram-positive / DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / Rossmann fold - #670 / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus ...DNA topoisomerase IV subunit A, Gram-positive / DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / Rossmann fold - #670 / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NFX / DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 4 subunit A / DNA topoisomerase 4 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Laponogov, I. / Pan, X.-S. / Veselkov, D.A. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
引用ジャーナル: Open Biol / 年: 2016
タイトル: Exploring the active site of the Streptococcus pneumoniae topoisomerase IV-DNA cleavage complex with novel 7,8-bridged fluoroquinolones.
著者: Laponogov, I. / Pan, X.S. / Veselkov, D.A. / Cirz, R.T. / Wagman, A. / Moser, H.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
履歴
登録2011年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entity_src_syn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 4 subunit A
B: DNA topoisomerase 4 subunit A
C: DNA topoisomerase 4 subunit B
D: DNA topoisomerase 4 subunit B
E: 5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*AP*T)-3'
F: 5'-D(P*AP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*G)-3'
G: 5'-D(*CP*GP*TP*GP*CP*AP*T)-3'
H: 5'-D(P*GP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,56116
ポリマ－184,6848
非ポリマー8778
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19370 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area57280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.128, 157.128, 211.091
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 3:245 OR RESSEQ 247:249 OR RESSEQ...
211CHAIN B AND (RESSEQ 3:245 OR RESSEQ 247:249 OR RESSEQ...
112CHAIN C AND (RESSEQ 415:544 OR RESSEQ 557:569 OR RESSEQ 577:640 ) AND (NOT ELEMENT H)
212CHAIN D AND (RESSEQ 415:544 OR RESSEQ 557:569 OR RESSEQ 577:640 ) AND (NOT ELEMENT H)

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
DNA topoisomerase 4 subunit ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 4 subunit A / Topoisomerase IV subunit A


分子量: 56455.434 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-488 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: 7785 / 遺伝子: parC, SP_0855 / プラスミド: pET29A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P72525, Isomerases; Other isomerases; Sole sub-subclass for isomerases that do not belong in the other subclasses
#2: タンパク質 DNA topoisomerase 4 subunit B / Topoisomerase IV subunit B


分子量: 30415.703 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 404-647 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: 7785 / 遺伝子: parE, SP_0852 / プラスミド: pET19B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q59961, Isomerases; Other isomerases; Sole sub-subclass for isomerases that do not belong in the other subclasses

-
DNA鎖 , 4種, 4分子 EFGH

#3: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*AP*T)-3'


分子量: 2121.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 5'-D(P*AP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*G)-3'


分子量: 3348.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*TP*GP*CP*AP*T)-3'


分子量: 2113.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 5'-D(P*GP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*G)-3'


分子量: 3358.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 42分子

#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-NFX / 7-[(3R)-3-aminopyrrolidin-1-yl]-8-chloro-1-cyclopropyl-6-fluoro-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid / Clinafloxacin / 1-シクロプロピル-6-フルオロ-1,4-ジヒドロ-7-[(3R)-3-アミノピロリジノ]-8-クロロ-4-オキソキノ(以下略)


分子量: 365.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17ClFN3O3 / コメント: 抗生剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE DIFFERENCES ARE CONSERVED MUTATIONS.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.8 %
結晶化温度: 304 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.5
詳細: 50mM sodium cacodylate, 7% isopropanol, pH 6.5, LIQUID DIFFUSION, temperature 304K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月26日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 55483 / Num. obs: 55095 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 90.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 13.144
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
3.1-3.214.10.841.4354320.8498.8
3.21-3.344.60.6252.3254550.62599.7
3.34-3.494.70.4533.5654510.45399.6
3.49-3.684.70.2895.5754680.28999.7
3.68-3.914.70.1928.0954900.19299.8
3.91-4.214.60.13311.255280.13399.8
4.21-4.634.60.0916.3655360.0999.9
4.63-5.34.60.07916.7255210.07999.8
5.3-6.674.50.0717.9456160.0799.9
6.67-504.50.03330.7755980.03396.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.35→41.674 Å / SU ML: 0.96 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2279 4348 9.99 %Random
Rwork0.1774 ---
obs0.1825 43537 99.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.62 Å2 / ksol: 0.266 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.2168 Å2-0 Å2-0 Å2
2--14.2168 Å2-0 Å2
3----28.4337 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→41.674 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10244 730 56 34 11064
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911312
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28215517
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2424071
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751785
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041906
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3373X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B3373X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.8
21C1392X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D1392X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.55
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.35-3.38810.29561360.23411242100
3.3881-3.42790.27981560.2191131199
3.4279-3.46970.29831590.2017126099
3.4697-3.51360.27431460.21231322100
3.5136-3.55980.27831280.1987129699
3.5598-3.60850.26581440.20111279100
3.6085-3.66010.23131430.199132099
3.6601-3.71470.24951470.19431268100
3.7147-3.77270.25921240.19491315100
3.7727-3.83450.22751480.17151295100
3.8345-3.90060.24451380.16221300100
3.9006-3.97140.2311290.1541304100
3.9714-4.04770.22951630.15521312100
4.0477-4.13030.21481460.15421302100
4.1303-4.220.20581430.14641275100
4.22-4.31810.18651500.14621322100
4.3181-4.4260.2011360.14631307100
4.426-4.54550.18751440.13151313100
4.5455-4.67910.18141550.12821287100
4.6791-4.82990.20811480.14811312100
4.8299-5.00220.22331400.15641314100
5.0022-5.20220.26921520.18441309100
5.2022-5.43840.25061420.19051345100
5.4384-5.72450.28411450.21561319100
5.7245-6.08210.34871320.23771344100
6.0821-6.55010.29311400.22251333100
6.5501-7.20620.20611530.17961334100
7.2062-8.24190.19061470.1446134299
8.2419-10.35750.1721690.1485130198
10.3575-41.67670.21951450.2256130691
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.22711.719-3.25842.0822-1.17093.4498-0.30390.1383-0.4554-0.02360.0872-0.320.52240.24060.23040.43140.0502-0.09150.5813-0.04380.4813-73.345248.416-44.273
22.86550.1734-0.33812.89640.16543.09-0.13270.0074-1.2733-0.4907-0.12360.15020.3968-0.00730.31610.75220.06290.16380.5367-0.05430.9257-89.271631.7258-26.7523
33.89090.40261.86527.7907-3.62392.00050.2175-0.1330.63110.72931.76730.22010.2498-0.7669-2.01470.6680.16430.05491.6504-0.11260.8202-39.876755.3156-39.032
43.74030.409-0.87331.0431-1.0195.108-0.0852-1.07320.5487-0.35940.8088-0.51661.07030.9298-0.73811.06690.290.00011.0253-0.29150.8563-24.192345.2843-35.3421
52.57481.11640.44551.71710.03922.06120.2241-0.35560.09190.3006-0.2176-0.12030.03780.02910.00130.4504-0.12560.02440.71150.02890.5262-55.571465.0159-31.0738
67.65711.5348-4.05342.7401-0.24594.8719-0.11330.08920.03420.69030.2667-0.14790.8301-0.2708-0.17830.7824-0.1045-0.15660.585-0.08730.578-86.705647.3018-44.1196
71.5585-0.1196-0.21211.9596-0.32561.39150.0397-0.17390.3488-0.1110.20810.026-0.513-0.0391-0.240.8825-0.20650.05810.69440.00220.78-41.400896.3874-43.8291
81.85890.7507-0.02212.58530.76741.8072-0.0519-0.0351-0.15370.0793-0.13420.31950.0905-0.54190.23680.4278-0.1176-0.0010.82250.07540.5392-67.324567.8519-51.8605
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210.3474-0.12390.52450.4635-0.36132.01730.05340.2419-0.37350.015-0.0217-0.23450.210.6998-0.03080.73680.335-0.05061.4984-0.06471.0483-21.567753.4876-23.7789
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261.4571-0.7619-0.77252.58950.32691.23490.2269-0.3608-0.1028-0.08810.2987-0.8069-0.49991.229-0.62111.0234-0.1511-0.08161.3202-0.13870.7777-38.720974.4124-1.6141
274.02285.8651-2.03698.5487-2.96971.03090.2921-0.908-0.2775-0.2176-0.2701-0.33350.6537-0.4362-0.03621.22760.0047-0.16312.4739-0.07150.8892-34.160968.2038-23.9948
288.79661.2141.3510.16690.18520.2061-0.18650.92440.2592-0.80790.59250.04010.1431-0.3097-0.3961.24690.1127-0.3412.456-0.00950.8505-40.343776.7034-10.9572
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 343:382 )A343 - 382
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 383:429 )A383 - 429
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 18:30 )A18 - 30
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 3:17 )A3 - 17
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 31:154 )A31 - 154
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 430:455 )A430 - 455
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 239:322 )A239 - 322
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 456:482 )A456 - 482
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND ( RESID 155:238 OR RESID 323:342 OR RESID 483:484 OR RESID 501:501 OR RESID 601:618 ) )A155 - 238
10X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND ( RESID 155:238 OR RESID 323:342 OR RESID 483:484 OR RESID 501:501 OR RESID 601:618 ) )A323 - 342
11X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND ( RESID 155:238 OR RESID 323:342 OR RESID 483:484 OR RESID 501:501 OR RESID 601:618 ) )A483 - 484
12X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND ( RESID 155:238 OR RESID 323:342 OR RESID 483:484 OR RESID 501:501 OR RESID 601:618 ) )A501
13X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND ( RESID 155:238 OR RESID 323:342 OR RESID 483:484 OR RESID 501:501 OR RESID 601:618 ) )A601 - 618
14X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 343:382 )B343 - 382
15X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 383:429 )B383 - 429
16X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 18:30 )B18 - 30
17X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 3:17 )B3 - 17
18X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 31:154 )B31 - 154
19X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 430:455 )B430 - 455
20X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 239:322 )B239 - 322
21X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 456:482 )B456 - 482
22X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND ( RESID 155:238 OR RESID 323:342 OR RESID 483:484 OR RESID 501:501 OR RESID 601:611 ) )B155 - 238
23X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND ( RESID 155:238 OR RESID 323:342 OR RESID 483:484 OR RESID 501:501 OR RESID 601:611 ) )B323 - 342
24X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND ( RESID 155:238 OR RESID 323:342 OR RESID 483:484 OR RESID 501:501 OR RESID 601:611 ) )B483 - 484
25X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND ( RESID 155:238 OR RESID 323:342 OR RESID 483:484 OR RESID 501:501 OR RESID 601:611 ) )B501
26X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND ( RESID 155:238 OR RESID 323:342 OR RESID 483:484 OR RESID 501:501 OR RESID 601:611 ) )B601 - 611
27X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN C AND RESID 539:581 )C539 - 581
28X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN C AND RESID 610:634 )C610 - 634
29X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN C AND ( RESID 414:538 OR RESID 582:609 OR RESID 635:640 OR RESID 701:701 OR RESID 801:802 ) )C414 - 538
30X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN C AND ( RESID 414:538 OR RESID 582:609 OR RESID 635:640 OR RESID 701:701 OR RESID 801:802 ) )C582 - 609
31X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN C AND ( RESID 414:538 OR RESID 582:609 OR RESID 635:640 OR RESID 701:701 OR RESID 801:802 ) )C635 - 640
32X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN C AND ( RESID 414:538 OR RESID 582:609 OR RESID 635:640 OR RESID 701:701 OR RESID 801:802 ) )C701
33X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN C AND ( RESID 414:538 OR RESID 582:609 OR RESID 635:640 OR RESID 701:701 OR RESID 801:802 ) )C801 - 802
34X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN D AND RESID 539:581 )D539 - 581
35X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN D AND RESID 610:634 )D610 - 634
36X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN D AND ( RESID 415:538 OR RESID 582:609 OR RESID 635:640 OR RESID 701:701 ) )D415 - 538
37X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN D AND ( RESID 415:538 OR RESID 582:609 OR RESID 635:640 OR RESID 701:701 ) )D582 - 609
38X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN D AND ( RESID 415:538 OR RESID 582:609 OR RESID 635:640 OR RESID 701:701 ) )D635 - 640
39X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN D AND ( RESID 415:538 OR RESID 582:609 OR RESID 635:640 OR RESID 701:701 ) )D701
40X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN E AND ( RESID 9:15 OR RESID 101:102 ) ) OR ( CHAIN F AND RESID 1:11 )E9 - 15
41X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN E AND ( RESID 9:15 OR RESID 101:102 ) ) OR ( CHAIN F AND RESID 1:11 )E101 - 102
42X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN E AND ( RESID 9:15 OR RESID 101:102 ) ) OR ( CHAIN F AND RESID 1:11 )F1 - 11
43X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN H AND RESID 1:11 ) OR ( CHAIN G AND ( RESID 9:15 OR RESID 101:101 ) )H1 - 11
44X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN H AND RESID 1:11 ) OR ( CHAIN G AND ( RESID 9:15 OR RESID 101:101 ) )G9 - 15
45X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN H AND RESID 1:11 ) OR ( CHAIN G AND ( RESID 9:15 OR RESID 101:101 ) )G101
46X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN A AND RESID 502:502 ) OR ( CHAIN F AND RESID 101:101 )A502
47X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN A AND RESID 502:502 ) OR ( CHAIN F AND RESID 101:101 )F101
48X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN H AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN B AND RESID 502:502 )H101
49X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN H AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN B AND RESID 502:502 )B502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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