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万見
- PDB-3ra8: Structural studies of AAV8 capsid transitions associated with end... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ra8
タイトルStructural studies of AAV8 capsid transitions associated with endosomal trafficking
要素Capsid protein
キーワードVIRUS / Beta Barrel / Viral Capsid
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / nucleotide binding / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Nam, H.-J. / Gurda, B. / McKenna, R. / Porter, M. / Byrne, B. / Salganik, M. / Muzyczka, N. / Agbandje-McKenna, M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Structural studies of adeno-associated virus serotype 8 capsid transitions associated with endosomal trafficking.
著者: Nam, H.J. / Gurda, B.L. / McKenna, R. / Potter, M. / Byrne, B. / Salganik, M. / Muzyczka, N. / Agbandje-McKenna, M.
履歴
登録2011年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月16日Group: Other
改定 1.22013年6月26日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02024年5月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.comp_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_atom.type_symbol / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.comp_id / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8762
ポリマ－58,5281
非ポリマー3471
水1,53185
1
A: Capsid protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,532,535120
ポリマ－3,511,70260
非ポリマー20,83360
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 294 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,37810
ポリマ－292,6425
非ポリマー1,7365
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 353 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,25412
ポリマ－351,1706
非ポリマー2,0836
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Capsid protein
ヘテロ分子
x 10


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 589 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)588,75620
ポリマ－585,28410
非ポリマー3,47210
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation9
単位格子
Length a, b, c (Å)257.940, 257.940, 448.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.56344, 0.7547, 0.3361), (-0.75606, 0.30704, 0.57802), (0.33304, -0.57979, 0.74359)74.8651, -18.8343, -57.549
3generate(-0.14137, 0.46317, 0.87492), (-0.46843, -0.80989, 0.35306), (0.87212, -0.35993, 0.33146)83.5237, -114.0967, -64.5545
4generate(-0.147, -0.47088, 0.86986), (0.46704, -0.80825, -0.35861), (0.87193, 0.35355, 0.33874)15.196, -154.61, -11.77
5generate(0.56101, -0.7589, 0.33065), (0.75735, 0.30928, -0.57513), (0.3342, 0.57307, 0.74826)-36.959, -84.267, 27.764
6generate(0.64282, 0.75508, 0.12897), (0.17954, -0.31219, 0.9329), (0.74468, -0.57653, -0.33625)87.978, -225.66, 10.951
7generate(-0.16771, 0.64189, 0.74823), (0.64367, -0.50358, 0.57628), (0.7467, 0.57826, -0.32871)114.4044, -259.40659, 95.9389
8generate(-0.33352, -0.36195, 0.87049), (0.93424, -0.00318, 0.35663), (-0.12631, 0.93219, 0.33921)47.0251, -234.9754, 159.9884
9generate(0.37021, -0.86841, 0.32986), (0.64592, 0.49584, 0.58045), (-0.66763, -0.001828, 0.74449)-20.641, -185.92999, 114.34
10generate(0.97576, -0.17803, -0.12725), (0.17751, 0.30385, 0.93604), (-0.12798, -0.93594, 0.32809)4.2744, -179.83, 21.976

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein


分子量: 58528.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)
株: Serotype 8 / 遺伝子: Adeno Associated Virus / 細胞株 (発現宿主): MAMMALIAN KIDNEY CELLS HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8JQF8
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE VIRUS CAPSID IS FROM AAV8 VIRUS BUT THE GENE ENCAPSULATED BY THE VIRUS WAS GFP. ONLY ONE ...THE VIRUS CAPSID IS FROM AAV8 VIRUS BUT THE GENE ENCAPSULATED BY THE VIRUS WAS GFP. ONLY ONE RESIDUE WAS OBSERVED IN THE ELECTRON DENSITY MAP FROM THE GENE CODING GFP IN THIS STRUCTURE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20 mM Tris pH 7.5, 4% PEG 8000, 1M NaCl. Crystals presoaked in pH 5.5 cryosolvent for 24 hours before data collection, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. all: 238727 / Num. obs: 185894 / % possible obs: 77.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 57.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→40 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.7 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2504 9148 3.8 %RANDOM
Rwork0.2454 ---
obs0.246 185894 77.9 %-
all-238727 --
溶媒の処理Bsol: 30.3674 Å2
原子変位パラメータBiso max: 103.14 Å2 / Biso mean: 38.1277 Å2 / Biso min: 9.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.867 Å2-0 Å20 Å2
2--7.867 Å20 Å2
3----15.735 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4136 0 23 85 4244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0351.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.6942
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8252
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.6762.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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