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万見
- PDB-6bwx: Atomic resolution structure of human bufavirus 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bwx
タイトルAtomic resolution structure of human bufavirus 1
要素VP2
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / parvovirus / protoparvovirus
機能・相同性Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / VP2
機能・相同性情報
生物種Bufavirus-1 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Mietzsch, M. / Agbandje-McKenna, M.
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2018
タイトル: Atomic Resolution Structures of Human Bufaviruses Determined by Cryo-Electron Microscopy.
著者: Maria Ilyas / Mario Mietzsch / Shweta Kailasan / Elina Väisänen / Mengxiao Luo / Paul Chipman / J Kennon Smith / Justin Kurian / Duncan Sousa / Robert McKenna / Maria Söderlund-Venermo / ...著者: Maria Ilyas / Mario Mietzsch / Shweta Kailasan / Elina Väisänen / Mengxiao Luo / Paul Chipman / J Kennon Smith / Justin Kurian / Duncan Sousa / Robert McKenna / Maria Söderlund-Venermo / Mavis Agbandje-McKenna /
要旨: Bufavirus strain 1 (BuV1), a member of the genus of the , was first isolated from fecal samples of children with acute diarrhea in Burkina Faso. Since this initial discovery, BuVs have been isolated ...Bufavirus strain 1 (BuV1), a member of the genus of the , was first isolated from fecal samples of children with acute diarrhea in Burkina Faso. Since this initial discovery, BuVs have been isolated in several countries, including Finland, the Netherlands, and Bhutan, in pediatric patients exhibiting similar symptoms. Towards their characterization, the structures of virus-like particles of BuV1, BuV2, and BuV3, the current known genotypes, have been determined by cryo-electron microscopy and image reconstruction to 2.84, 3.79, and 3.25 Å, respectively. The BuVs, 65-73% identical in amino acid sequence, conserve the major viral protein, VP2, structure and general capsid surface features of parvoviruses. These include a core β-barrel (βB-βI), α-helix A, and large surface loops inserted between these elements in VP2. The capsid contains depressions at the icosahedral 2-fold and around the 5-fold axes, and has three separated protrusions surrounding the 3-fold axes. Structure comparison among the BuVs and to available parvovirus structures revealed capsid surface variations and capsid 3-fold protrusions that depart from the single pinwheel arrangement of the animal protoparvoviruses. These structures provide a platform to begin the molecular characterization of these potentially pathogenic viruses.
履歴
登録2017年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年1月24日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年1月24日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年1月24日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年1月24日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年1月24日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22025年5月28日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-7300
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7300
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP2
B: VP2
C: VP2
D: VP2
E: VP2
F: VP2
G: VP2
H: VP2
I: VP2
J: VP2
K: VP2
L: VP2
M: VP2
N: VP2
O: VP2
P: VP2
Q: VP2
R: VP2
S: VP2
T: VP2
U: VP2
V: VP2
W: VP2
X: VP2
Y: VP2
Z: VP2
1: VP2
2: VP2
3: VP2
4: VP2
5: VP2
6: VP2
a: VP2
b: VP2
c: VP2
d: VP2
e: VP2
f: VP2
g: VP2
h: VP2
i: VP2
j: VP2
k: VP2
l: VP2
m: VP2
n: VP2
o: VP2
p: VP2
q: VP2
r: VP2
s: VP2
t: VP2
u: VP2
v: VP2
w: VP2
x: VP2
y: VP2
z: VP2
7: VP2
0: VP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,694,07760
ポリマ－3,694,07760
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area944680 Å2
ΔGint-4235 kcal/mol
Surface area893410 Å2

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要素

#1: タンパク質 ...
VP2


分子量: 61567.953 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bufavirus-1 (ウイルス) / 遺伝子: BF-003
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A097PIK3
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bufavirus-1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Bufavirus-1 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻名称: BuV1 capsid
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 1961
画像スキャン動画フレーム数/画像: 60 / 利用したフレーム数/画像: 3-30

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10-2155_2155: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Auto3DEM4.05.2粒子像選択autopp M used for autoboxing
4Auto3DEM4.05.2CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9Auto3DEM4.05.2初期オイラー角割当
12Auto3DEM4.05.2３次元再構成
13Cootモデル精密化
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 59170
3次元再構成解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29596 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / Target criteria: Correlation coefficient
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01270060
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.94369480
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.455214080
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05837740
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00748780

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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