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- PDB-3ux1: Structural Characterization of Adeno-Associated Virus Serotype 9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ux1
タイトルStructural Characterization of Adeno-Associated Virus Serotype 9
要素Capsid protein VP1
キーワードVIRUS / AAV9
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Adeno-associated virus 9 (アデノ随伴ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者DiMattia, M.A. / Nam, H.-J. / Van Vliet, K. / Mitchell, M. / McCall, A. / Bennett, A. / Gurda, B. / McKenna, R. / Potter, M. / Sakai, Y. ...DiMattia, M.A. / Nam, H.-J. / Van Vliet, K. / Mitchell, M. / McCall, A. / Bennett, A. / Gurda, B. / McKenna, R. / Potter, M. / Sakai, Y. / Byrne, B.J. / Muzyczka, N. / Aslanidi, G. / Zolotukhin, S. / Olson, N. / Sinkovitis, R. / Baker, T.S. / Agbandje-McKenna, M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Structural insight into the unique properties of adeno-associated virus serotype 9.
著者: Dimattia, M.A. / Nam, H.J. / Van Vliet, K. / Mitchell, M. / Bennett, A. / Gurda, B.L. / McKenna, R. / Olson, N.H. / Sinkovits, R.S. / Potter, M. / Byrne, B.J. / Aslanidi, G. / Zolotukhin, S. ...著者: Dimattia, M.A. / Nam, H.J. / Van Vliet, K. / Mitchell, M. / Bennett, A. / Gurda, B.L. / McKenna, R. / Olson, N.H. / Sinkovits, R.S. / Potter, M. / Byrne, B.J. / Aslanidi, G. / Zolotukhin, S. / Muzyczka, N. / Baker, T.S. / Agbandje-McKenna, M.
履歴
登録2011年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月6日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4741
ポリマ－58,4741
非ポリマー00
水1,04558
1
A: Capsid protein VP1
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,508,46560
ポリマ－3,508,46560
非ポリマー00
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein VP1
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 292 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,3725
ポリマ－292,3725
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein VP1
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 351 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)350,8466
ポリマ－350,8466
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Capsid protein VP1
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 3.51 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,508,46560
ポリマ－3,508,46560
非ポリマー00
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)250.680, 250.680, 632.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.36461, -0.85877, 0.35996), (0.64647, 0.51169, 0.56591), (-0.67017, 0.026366, 0.74173)36.751, 63.351, -30.182
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37generate(-0.07048, -0.63601, 0.76845), (-0.63601, -0.56482, -0.5258), (0.76845, -0.52581, -0.3647)1.9461, 88.946, 71.262
38generate(0.7009, -0.70143, 0.12936), (-0.17117, -0.34148, -0.92417), (0.69242, 0.6256, -0.35941)39.28, 92.009, -17.103
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58generate(0.26815, 0.29825, -0.91605), (0.9584, 0.013952, 0.28509), (0.097809, -0.95439, -0.2821)-52.89, 113.31, 74.709
59generate(0.33369, -0.93701, 0.10329), (-0.33444, -0.015232, 0.9423), (-0.88136, -0.34898, -0.31845)41.235, 61.001, -11.317
60generate(-0.39858, 0.83117, -0.38766), (0.66422, 0.55308, 0.50291), (0.63241, -0.057039, -0.77253)-120.39, 61.037, 30.859

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein VP1


分子量: 58474.414 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 219-736 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus 9 (アデノ随伴ウイルス)
遺伝子: cap
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6JC40
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: virus concentration of ~5 mg/ml in 30 mM HEPES, pH 7.3, with 30 mM MgCl, 100 mM NaCl, 200 mM (NH4)2SO4, 5% PEG6000, and 25% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 1039725 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 15.367
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / Rsym value: 0.422

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QAO

2qao
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.8→40 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2821 46424 random
Rwork0.2827 --
obs0.2841 932315 -
all-1039725 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4131 0 0 58 4189
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0074
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4531
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-ID
2.8-2.90.394832220.3929X-RAY DIFFRACTION
2.9-3.020.378138590.3778X-RAY DIFFRACTION
3.02-3.150.363545350.3625X-RAY DIFFRACTION
3.15-3.320.33549530.3365X-RAY DIFFRACTION
3.32-3.530.321349520.3197X-RAY DIFFRACTION
3.53-3.80.302349270.3004X-RAY DIFFRACTION
3.8-4.180.281849440.28X-RAY DIFFRACTION
4.18-4.790.249748330.2513X-RAY DIFFRACTION
4.79-6.030.237750160.2389X-RAY DIFFRACTION
6.03-400.198951830.2025X-RAY DIFFRACTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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