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- PDB-5egc: Structure of the Adeno-Associated Virus Serotype 1 sialic acid complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5egc
タイトルStructure of the Adeno-Associated Virus Serotype 1 sialic acid complex
要素Capsid protein
キーワードVIRUS / Adeno-Associated Virus 1 / single-stranded DNA virus / parvovirus / icosahedral virus / glycan receptor / sialic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Adeno-associated virus - 1 (アデノ随伴ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.011 Å
データ登録者Huang, L.Y. / Agbandje-McKenna, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL089221 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082946 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2016
タイトル: Characterization of the Adeno-Associated Virus 1 and 6 Sialic Acid Binding Site.
著者: Huang, L.Y. / Patel, A. / Ng, R. / Miller, E.B. / Halder, S. / McKenna, R. / Asokan, A. / Agbandje-McKenna, M.
履歴
登録2015年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.classification
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6903
ポリマ－58,3561
非ポリマー3342
水181
1
A: Capsid protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,521,403180
ポリマ－3,501,38960
非ポリマー20,015120
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 293 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)293,45015
ポリマ－291,7825
非ポリマー1,66810
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 352 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)352,14018
ポリマ－350,1396
非ポリマー2,00112
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Capsid protein
ヘテロ分子
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.76 MDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,760,70290
ポリマ－1,750,69430
非ポリマー10,00760
水54030
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)455.627, 261.749, 450.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.97569, 0.17885, -0.12662), (-0.17783, 0.3086, -0.93442), (-0.12805, 0.93423, 0.3329)49.46813, 364.43869, 260.57446
3generate(0.93717, 0.10939, -0.33128), (-0.10951, -0.80933, -0.57705), (-0.33124, 0.57707, -0.7465)129.27692, 224.42676, 681.75217
4generate(0.93696, -0.10835, -0.33223), (0.11119, -0.80886, 0.5774), (-0.33129, -0.57793, -0.74582)129.62619, -226.11145, 681.03647
5generate(0.97612, -0.17624, -0.127), (0.17752, 0.3102, 0.93395), (-0.1252, -0.93419, 0.33408)49.54176, -364.83213, 259.54687
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21generate(-0.14495, -0.46782, 0.87185), (0.46913, -0.80831, -0.35574), (0.87115, 0.35745, 0.33663)-552.69116, 224.6711, 420.58576
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40generate(0.50029, -0.86586, -0.00098), (-0.86586, -0.50029, -0.00086), (0.00025, 0.00128, -1)0.11938, -31.43287, 631.63267
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42generate(0.47483, -0.10998, 0.87318), (-0.46835, 0.80842, 0.35651), (-0.74511, -0.57824, 0.33235)-371.81035, -116.9392, -50.5166
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54generate(-0.14389, 0.46624, 0.87288), (-0.4687, -0.80896, 0.35483), (0.87156, -0.35806, 0.33493)-471.48993, -116.9581, 210.55247
55generate(-0.16733, -0.64466, 0.74593), (-0.64569, -0.50011, -0.57705), (0.74504, -0.5782, -0.33257)-422.3656, 246.86914, 470.98458
56generate(0.3716, 0.64685, -0.66595), (-0.86734, 0.49771, -0.00054), (0.33111, 0.57781, 0.74599)260.0598, -31.21945, -49.61653
57generate(0.33281, -0.35686, -0.87286), (-0.93453, -0.0011, -0.35587), (0.12604, 0.93416, -0.33386)340.36994, 107.22962, 371.97021
58generate(0.33396, -0.93382, 0.12825), (-0.35803, 0.00019, 0.93371), (-0.87194, -0.35774, -0.33427)-81.453, -342.54356, 209.679
59generate(0.33159, 0.93483, 0.12705), (0.35766, 5.0E-5, -0.93385), (-0.873, 0.3551, -0.33434)-80.35858, 559.55812, 209.86035
60generate(0.33261, 0.35769, -0.8726), (0.9343, 0.00089, 0.35649), (0.12829, -0.93384, -0.3339)340.59634, 109.39163, 371.39418

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein


分子量: 58356.480 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 217-736 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus - 1 (アデノ随伴ウイルス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WBP8
#2: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.3, 0.05 M MgCl2, 0.03% NaN3, 1.0 M NaCl, 7% PEG 6K and 25% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 593352 / % possible obs: 61.6 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 35.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.123 / Rrim(I) all: 0.205 / Χ2: 2.301 / Net I/av σ(I): 6.849 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 1170740
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3-3.051.50.468213790.8620.4090.6241.22344.6
3.05-3.111.60.432236690.8770.3740.5751.25349.2
3.11-3.171.60.442256220.5830.3760.5831.30553.5
3.17-3.231.70.377272460.90.3140.4931.60856.6
3.23-3.31.70.327288060.9260.270.4261.48660
3.3-3.381.80.297302430.9230.240.3841.67863
3.38-3.461.90.272307680.90.2140.3482.08264.1
3.46-3.561.90.245310730.9540.1890.3111.90764.7
3.56-3.6620.232311050.9440.1750.2932.19864.6
3.66-3.7820.209311150.9680.1540.2612.20564.7
3.78-3.912.10.201310950.9520.1460.252.59564.7
3.91-4.072.10.171310490.9770.1230.2112.58464.6
4.07-4.262.10.152311180.9820.1090.1882.80264.7
4.26-4.482.10.134311270.9840.0960.1653.15264.6
4.48-4.762.10.126311980.9860.090.1562.88864.7
4.76-5.132.10.121312400.9870.0870.152.55364.8
5.13-5.642.20.118313410.9880.0860.1472.06665.1
5.64-6.462.20.115315800.9880.0850.1441.65765.4
6.46-8.132.20.092316910.9930.0670.1151.68765.5
8.13-502.30.071308870.9910.0540.094.12463.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
AUTOMARデータ削減
精密化解像度: 3.011→49.923 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2764 2000 0.34 %
Rwork0.2688 585536 -
obs0.2688 587536 60.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 100.94 Å2 / Biso mean: 21.8652 Å2 / Biso min: 5.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.011→49.923 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4120 0 22 1 4143
Biso mean--31.7 26.55 -
残基数----520
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008257220
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.065351000
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08136600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00746500
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.62791860
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0114-3.08670.3937890.366265582664739
3.0867-3.17010.38141120.3616349723508451
3.1701-3.26340.39791390.3491388413898056
3.2634-3.36870.35691410.328420064214761
3.3687-3.4890.32891510.3122439184406964
3.489-3.62870.30641450.2989443304447564
3.6287-3.79380.33291600.2879443154447564
3.7938-3.99370.27231470.2718442354438264
3.9937-4.24380.24921490.2535441274427664
4.2438-4.57130.24551570.2222441134427064
4.5713-5.03090.21531450.2116443944453964
5.0309-5.7580.23551640.218448144497865
5.758-7.25090.21891510.2256454314558265
7.2509-49.93020.20161500.2547434824363262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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