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- PDB-3r2n: Crystal structure of cytidine deaminase from Mycobacterium leprae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r2n
タイトルCrystal structure of cytidine deaminase from Mycobacterium leprae
要素Cytidine deaminase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / tuberculosis / cytidine deaminase / CDA / pyrimidine salvage / homotetramer / drug resistance / zinc binding protein / catalytic zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


cytidine deaminase / cytidine deamination / cytidine deaminase activity / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytidine deaminase, homotetrameric / : / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like ...Cytidine deaminase, homotetrameric / : / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytidine deaminase / Cytidine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium leprae (らい菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2011年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytidine deaminase
B: Cytidine deaminase
C: Cytidine deaminase
D: Cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,84013
ポリマ－58,2384
非ポリマー6029
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8990 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area16900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.840, 79.740, 104.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 3 - 120 / Label seq-ID: 7 - 124

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

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要素

#1: タンパク質
Cytidine deaminase


分子量: 14559.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycobacterium leprae (らい菌) / 株: Br4923 / 遺伝子: cdd, MLBr02174 / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8ZST1, UniProt: A0A0H3MRL9*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.53 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MyleA.00495.a.A1 PS00720 at 66.15 mg/mL against JCSG+ screen condition D6, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG 8000 with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID ...詳細: MyleA.00495.a.A1 PS00720 at 66.15 mg/mL against JCSG+ screen condition D6, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG 8000 with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 217493d6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 21771 / Num. obs: 21604 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 39.824 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 16.65
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
2.3-2.365.60.4753.9885771584154497.5
2.36-2.420.4634.228686150898.1
2.42-2.490.3914.998672147798.2
2.49-2.570.3126.248792145598.9
2.57-2.660.2896.858571139799.1
2.66-2.750.2228.418451137199.3
2.75-2.850.186108287132699.7
2.85-2.970.16511.247974127199.8
2.97-3.10.1214.637533120099.5
3.1-3.250.10216.757427118299.9
3.25-3.430.07521.516946112099.5
3.43-3.640.06424.976539106499.8
3.64-3.890.05427.26606999999.9
3.89-4.20.04731.35572594899.9
4.2-4.60.04235.875160863100
4.6-5.140.04236.15474580899.9
5.14-5.940.04532.74403069099.7
5.94-7.270.03535.13735612100
7.27-10.290.02542.4282748299.8
10.290.02143.67154128798

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 49.09 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å46.28 Å
Translation3 Å46.28 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BOSデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MPZ

3mpz


解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.201 / WRfactor Rwork: 0.1688 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8573 / SU B: 15.263 / SU ML: 0.163 / SU R Cruickshank DPI: 0.3362 / SU Rfree: 0.2211 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.336 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2232 1078 5 %RANDOM
Rwork0.1824 ---
obs0.1844 21515 98.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.21 Å2 / Biso mean: 35.3068 Å2 / Biso min: 11.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.48 Å20 Å20 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3----3.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3486 0 26 110 3622
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223583
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4591.974873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4555485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.28124.245139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.20915522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9341520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212748
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5441.52379
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.98223765
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.71431204
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5654.51104
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 849 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.250.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.250.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.30.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.240.5
1AMEDIUM THERMAL0.942
2BMEDIUM THERMAL0.862
3CMEDIUM THERMAL0.962
4DMEDIUM THERMAL0.862
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 82 -
Rwork0.235 1455 -
all-1537 -
obs--97.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.25880.297-0.78371.6156-0.07681.5490.1562-0.0975-0.00520.0047-0.03180.0457-0.19040.1799-0.12440.0593-0.04840.01480.0907-0.00160.024922.52911.290321.8587
20.89140.63460.15841.2633-0.47771.8823-0.0201-0.03540.0028-0.12320.0431-0.10490.2655-0.0677-0.0230.1421-0.0320.01380.0216-0.00870.023615.2327-11.1568-1.3382
30.99610.8517-0.21311.6383-0.08391.1146-0.0102-0.0083-0.029-0.06540.0354-0.0406-0.0277-0.0063-0.02520.0206-0.01020.02030.08080.00250.024224.25229.6164-4.0116
40.31090.6853-0.04651.9571-0.31492.00530.0573-0.02780.0915-0.0380.03540.10910.1903-0.1771-0.09280.0699-0.04250.03040.09650.01160.07162.59840.078219.4966
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 121
2X-RAY DIFFRACTION1A135 - 136
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 121
4X-RAY DIFFRACTION2B135 - 136
5X-RAY DIFFRACTION3C3 - 121
6X-RAY DIFFRACTION3C135 - 136
7X-RAY DIFFRACTION4D0 - 121
8X-RAY DIFFRACTION4D135 - 136

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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