PDB-3qnx: Orthorhombic form of human IgA1 Fab fragment, sharing same Fv as IgG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qnx

タイトル

Orthorhombic form of human IgA1 Fab fragment, sharing same Fv as IgG

要素

Fab fragment of IMMUNOGLOBULIN A1 HEAVY CHAIN
Fab fragment of IMMUNOGLOBULIN A1 LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Trajtenberg, F. / Correa, A. / Buschiazzo, A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of a human IgA1 Fab fragment at 1.55 angstrom resolution: potential effect of the constant domains on antigen-affinity modulation
著者: Correa, A. / Trajtenberg, F. / Obal, G. / Pritsch, O. / Dighiero, G. / Oppezzo, P. / Buschiazzo, A.

履歴

登録	2011年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月27日	Group: Database references
改定 1.2	2014年3月5日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qnx.cif.gz	182 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qnx.ent.gz	144.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qnx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qnx_validation.pdf.gz	447 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qnx_full_validation.pdf.gz	451.9 KB	表示
XML形式データ	3qnx_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	3qnx_validation.cif.gz	28.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/3qnx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/3qnx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m8oSC 3qnyC 3qnzC 3qo1C 3qo0 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4odu-1 6dwi-4 5v7r-d 3qg7-d 5bk5-4 4yny-1 1rfd-d 2ymx-d 5lgh-d 4k23-d 3bdy-1 6amj-2 6xul-4 1f11-1 1mcp-d 7lsi-1 1nld-d 7k8p-d 5l7x-d 2pr4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab fragment of IMMUNOGLOBULIN A1 LIGHT CHAIN

B: Fab fragment of IMMUNOGLOBULIN A1 HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.780, 95.850, 107.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-229- HOH
2	1	A-270- HOH

#1: 抗体	Fab fragment of IMMUNOGLOBULIN A1 LIGHT CHAIN 分子量: 24009.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: serum / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Fab fragment of IMMUNOGLOBULIN A1 HEAVY CHAIN 分子量: 23506.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: serum / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.33 % / Mosaicity: 0.58 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.8 詳細: 1.8M (NH4)2SO4, 0.1M PO4/citrate, pH 3.8, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 108 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月18日

放射

モノクロメーター: Varimax-HF multilayer mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→47.925 Å / Num. all: 26858 / Num. obs: 26858 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 33.23 Å² / R_sym value: 0.104 / Net I/σ(I): 9.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.2-2.32	3.5	0.58	0.49	1.6	13435	3861	0.305	0.58	0.49	2.6	100
2.32-2.46	3.5	0.48	0.406	1.9	12822	3655	0.253	0.48	0.406	3.1	100
2.46-2.63	3.5	0.351	0.298	2.6	12171	3441	0.184	0.351	0.298	4.1	100
2.63-2.84	3.6	0.265	0.225	3.5	11323	3185	0.139	0.265	0.225	5.5	100
2.84-3.11	3.6	0.163	0.139	5.6	10695	2999	0.085	0.163	0.139	8.5	100
3.11-3.48	3.6	0.094	0.08	9.6	9582	2680	0.049	0.094	0.08	13.8	100
3.48-4.02	3.6	0.067	0.057	13.1	8560	2399	0.035	0.067	0.057	18.4	100
4.02-4.92	3.5	0.05	0.042	17	7304	2063	0.026	0.05	0.042	23.7	100
4.92-6.96	3.5	0.053	0.045	15.6	5631	1617	0.028	0.053	0.045	20.7	100
6.96-47.925	3.2	0.047	0.04	14.8	3087	958	0.025	0.047	0.04	22.8	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.9	データスケーリング
BUSTER-TNT		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
AMoRE		位相決定
BUSTER	2.8.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M8O

3m8o

解像度: 2.2→18.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9348 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9102 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: TLS refinement was performed

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2241	1352	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1815	-	-	-
all	0.1837	26771	-	-
obs	0.1837	26771	99.75 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 121.1 Å² / B_iso mean: 33.7879 Å² / B_iso min: 9.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.4372 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.1694 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.6066 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.257 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→18.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3288	0	18	234	3540

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1135	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	79	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	494	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	3387	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	450	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	3833	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	3387	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	4607	HARMONIC	2	1.22
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.46
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				18.1

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.29 Å / Total num. of bins used: 13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2289	150	5.05 %
R_work	0.1966	2823	-
all	0.1983	2973	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7489	0.2615	0.0015	3.3782	-0.2187	0.8691	-0.2312	0.1188	0.0861	-0.5442	0.2348	0.2805	-0.049	-0.0917	-0.0036	0.1226	-0.0655	-0.0694	-0.0885	0.0209	-0.0882	0.8397	14.4862	15.1588
2	0.5266	0.183	0.2978	1.3111	1.2924	1.0716	-0.0131	0.0025	-0.1131	0.0211	0.0406	-0.0768	0.0755	0.0478	-0.0275	-0.0237	-0.0047	0.0111	-0.0218	0.0141	0.0205	13.4838	11.352	50.76
3	1.8944	-0.333	0.4837	2.935	0.4671	2.2606	-0.0129	0.2426	0.1096	-0.5442	0.0996	-0.1926	-0.009	0.0625	-0.0866	0.0548	-0.0095	0.0632	-0.093	0.0314	-0.0551	6.6024	36.294	19.3626
4	1.7469	-0.2566	0.008	0.9963	-0.2112	0.6034	-0.0248	0.1147	-0.07	-0.0858	-0.0018	-0.0613	-0.013	-0.0737	0.0266	-0.0631	0.0007	0.0136	-0.0435	-0.0046	-0.0098	22.7571	21.5845	43.3037

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1 - A\|114 }	A	1 - 114
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|115 - A\|219 }	A	115 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ B\|3 - B\|119 }	B	3 - 119
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|120 - B\|221 }	B	120 - 221

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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