PDB-3qhf: Crystal Structure of Fab del2D1, a deletion variant of anti-influ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qhf

タイトル

Crystal Structure of Fab del2D1, a deletion variant of anti-influenza antibody 2D1

要素

Human monoclonal antibody del2D1, Fab Heavy Chain
Human monoclonal antibody del2D1, Fab Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / Immune recognition / Influenza A virus hemagglutinin / Extracellular (secreted)

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.655 Å

データ登録者

Ekiert, D.C. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: MBio / 年: 2011
タイトル: An insertion mutation that distorts antibody binding site architecture enhances function of a human antibody.
著者: Krause, J.C. / Ekiert, D.C. / Tumpey, T.M. / Smith, P.B. / Wilson, I.A. / Crowe, J.E.

履歴

登録	2011年1月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qhf.cif.gz	188.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qhf.ent.gz	149 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qhf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/3qhf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/3qhf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qhzSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6c5i-d 5dqj-2 2ymx-d 6qna-4 5iie-1 5lgh-d 1rih-d 6co3-d 4z95-d 1y18-2 6qn8-3 7k8p-d 5i8o-d 6srv-2 2fjf-6 3lex-2 5d1z-3 6a9k-2 3g6j-4 6o26-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Human monoclonal antibody del2D1, Fab Heavy Chain

L: Human monoclonal antibody del2D1, Fab Light Chain

47.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.913, 69.680, 97.678
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Human monoclonal antibody del2D1, Fab Heavy Chain 分子量: 24304.389 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab Heavy Chain / 変異: deletion of somatic insertion (ITY) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Immunoglobulin gamma / プラスミド: pEE6.4 / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Human monoclonal antibody del2D1, Fab Light Chain 分子量: 22795.078 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab Light Chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Immunoglobulin lambda / プラスミド: pEE12.4 / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.59 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG 4000, 100 mM sodium acetate, and 200 mM magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月10日
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator and K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 55866 / Num. obs: 55730 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 1.65→1.71 Å / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3QHZ (chains H and L)

3qhz

解像度: 1.655→50 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2092	2830	5.08 %	Random
R_work	0.1831	-	-	-
all	0.1845	55866	-	-
obs	0.1845	55730	98.1 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.462 Å² / k_sol: 0.389 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.8687 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.8174 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.0513 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.655→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3290	0	0	273	3563

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3475
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.227	4766
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.26	1241
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	554
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	612

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.655-1.683	0.3028	86	0.249	1867	X-RAY DIFFRACTION	69
1.683-1.7136	0.2407	143	0.233	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7136-1.7466	0.2909	143	0.2292	2650	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7466-1.7822	0.229	149	0.2103	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7822-1.821	0.2356	144	0.2074	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
1.821-1.8634	0.2125	147	0.2021	2619	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8634-1.91	0.2539	153	0.2013	2633	X-RAY DIFFRACTION	99
1.91-1.9616	0.2757	129	0.193	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9616-2.0193	0.2081	137	0.196	2627	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0193-2.0845	0.2211	160	0.1801	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0845-2.159	0.2127	138	0.1848	2675	X-RAY DIFFRACTION	99
2.159-2.2454	0.2082	127	0.1825	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2454-2.3476	0.2172	141	0.1913	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3476-2.4714	0.2187	140	0.1914	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4714-2.6262	0.2194	140	0.2086	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6262-2.829	0.2583	129	0.1974	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.829-3.1136	0.1969	124	0.194	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1136-3.5639	0.2193	180	0.1809	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5639-4.4895	0.1909	140	0.1545	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4895-43.8118	0.178	180	0.1711	2849	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9432	0.15	0.2434	2.4094	0.5194	4.1313	-0.0823	-0.1094	-0.1056	0.0911	0.0819	-0.1557	0.1238	0.2101	0.0031	0.1308	0.0586	0.0188	0.2595	0.0518	0.1965	-0.5435	-25.5293	8.2463
2	2.8737	0.2425	-0.1022	2.9552	-1.5642	3.1685	-0.0665	0.2258	0.2194	-0.1415	-0.0756	-0.0596	0.0139	0.17	0.145	0.1893	-0.0094	-0.022	0.1816	0.0187	0.1752	3.5423	-14.7771	-22.2556
3	3.0626	-0.229	0.0468	2.9253	-0.3097	2.7718	0.2312	-0.2171	0.4354	0.0224	-0.196	-0.1336	-0.4162	0.1988	-0.0477	0.2331	-0.0091	0.0356	0.2787	-0.0039	0.255	-2.6215	-5.6121	13.5923
4	2.0963	-0.7408	0.0288	4.4433	-0.6397	3.7558	0.0639	0.0227	-0.0588	0.2546	0.1195	0.1569	-0.0612	-0.1007	-0.1612	0.1978	0.0018	0.0095	0.163	0.0184	0.1867	-7.5946	-3.9509	-24.6762

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain H and resid 1:113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain H and resid 114:232
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain L and resid 1:108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain L and resid 109:213

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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