PDB-3q1t: Crystal structure of enoyl-coA hydratase from Mycobacterium avium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q1t

タイトル

Crystal structure of enoyl-coA hydratase from Mycobacterium avium

要素

Enoyl-CoA hydratase

キーワード

LYASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / enoyl-CoA / hydratase / non-pathogenic species / mycobacterium / tuberculosis / fatty acid metabolism / acetyl CoA

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-CoA hydratase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium avium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2010年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q1t.cif.gz	562.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q1t.ent.gz	466.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q1t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3q1t_validation.pdf.gz	478.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q1t_full_validation.pdf.gz	489.1 KB	表示
XML形式データ	3q1t_validation.xml.gz	53.8 KB	表示
CIF形式データ	3q1t_validation.cif.gz	75.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/3q1t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/3q1t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC 1wz8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qk8-d 2iex-2 7m3w-1 1wz8-d 6ojm-3 3sll-d 5k4g-1 2uzf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MyavA.00829.e

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Enoyl-CoA hydratase

B: Enoyl-CoA hydratase

C: Enoyl-CoA hydratase

D: Enoyl-CoA hydratase

E: Enoyl-CoA hydratase

F: Enoyl-CoA hydratase

178 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.920, 136.890, 104.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 11 - 255 / Label seq-ID: 15 - 259

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F

#1: タンパク質	Enoyl-CoA hydratase 分子量: 29584.727 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium avium (バクテリア) 株: 104 / 遺伝子: MAV_3574 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QIL3, UniProt: A0A0H2ZRU2*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: MyavA00829eA1 3C protease cleaved PW28936 at 23.9 mg/mL against JCSG+ screen condition H3, 0.1 M BisTris pH 5.5, 25% PEG 3350 with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID ...詳細: MyavA00829eA1 3C protease cleaved PW28936 at 23.9 mg/mL against JCSG+ screen condition H3, 0.1 M BisTris pH 5.5, 25% PEG 3350 with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 216914h3., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

結晶

マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.07 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: MyavA00829eA1 3C protease cleaved PW28936 at 23.9 mg/mL against JCSG+ screen condition H3, 0.1 M BisTris pH 5.5, 25% PEG 3350 with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

Reflection

数: 360202 / R_merge(I) obs: 0.068 / D res high: 2.35 Å / Num. obs: 74741 / % possible obs: 99.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs
10.51	50	917	96.1	1	0.018
7.43	10.51	1618	99.1	1	0.021
6.07	7.43	2048	99.1	1	0.029
5.25	6.07	2393	99.2	1	0.035
4.7	5.25	2708	99.4	1	0.034
4.29	4.7	2967	99.7	1	0.034
3.97	4.29	3236	99.7	1	0.036
3.72	3.97	3359	97.4	1	0.049
3.5	3.72	3595	97.3	1	0.055
3.32	3.5	3843	99.1	1	0.069
3.17	3.32	4049	99.7	1	0.089
3.03	3.17	4252	99.9	1	0.113
2.91	3.03	4409	99.9	1	0.132
2.81	2.91	4606	99.8	1	0.165
2.71	2.81	4727	99.9	1	0.202
2.63	2.71	4905	99.4	1	0.292
2.55	2.63	5044	99.9	1	0.291
2.48	2.55	5216	99.8	1	0.339
2.41	2.48	5349	99.9	1	0.405
2.35	2.41	5500	99.9	1	0.52

反射

解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 75179 / Num. obs: 74741 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 16.58

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
2.35-2.41	0.52	2.82	5505	1	99.9
7.43-10.51	0.021	48.55	1632	1	99.1
6.07-7.43	0.029	39.57	2066	1	99.1
5.25-6.07	0.035	36.7	2412	1	99.2
4.7-5.25	0.034	37.88	2725	1	99.4
4.29-4.7	0.034	37.84	2975	1	99.7
3.97-4.29	0.036	36.03	3246	1	99.7
3.72-3.97	0.049	28.44	3448	1	97.4
3.5-3.72	0.055	25.82	3694	1	97.4
3.32-3.5	0.069	20.34	3878	1	99.1
3.17-3.32	0.089	15.92	4063	1	99.7
3.03-3.17	0.113	12.49	4258	1	99.9
2.91-3.03	0.132	10.58	4413	1	99.9
2.81-2.91	0.165	8.77	4616	1	99.8
2.71-2.81	0.202	7.2	4732	1	99.9
2.63-2.71	0.292	5.49	4933	1	99.4
2.55-2.63	0.291	5.02	5049	1	99.9
2.48-2.55	0.339	4.34	5228	1	99.8
2.41-2.48	0.405	3.59	5352	1	99.9
10.51-50	0.018	49.58	954	1	96.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 52.61 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	48.77 Å
Translation	3 Å	48.77 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1wz8

1wz8

解像度: 2.35→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / WR_factor R_free: 0.214 / WR_factor R_work: 0.1761 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8543 / SU B: 14.376 / SU ML: 0.154 / SU R Cruickshank DPI: 0.3162 / SU R_free: 0.2215 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2273	3771	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1891	-	-	-
obs	0.191	74523	99.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.88 Å² / B_iso mean: 38.4215 Å² / B_iso min: 9.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11311	0	0	348	11659

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	11542
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.409	1.963	15711
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.613	5	1531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.057	23.761	468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.464	15	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.972	15	81
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	1826
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	8755
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.57	1.5	7564
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.087	2	12025
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.002	3	3978
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.277	4.5	3683

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	978	MEDIUM POSITIONAL	0.12	0.5
2	B	978	MEDIUM POSITIONAL	0.14	0.5
3	C	978	MEDIUM POSITIONAL	0.14	0.5
4	D	978	MEDIUM POSITIONAL	0.13	0.5
5	E	978	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.5
6	F	978	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.5
1	A	803	LOOSE POSITIONAL	0.36	5
2	B	803	LOOSE POSITIONAL	0.36	5
3	C	803	LOOSE POSITIONAL	0.4	5
4	D	803	LOOSE POSITIONAL	0.31	5
5	E	803	LOOSE POSITIONAL	0.32	5
6	F	803	LOOSE POSITIONAL	0.34	5
1	A	978	MEDIUM THERMAL	0.52	2
2	B	978	MEDIUM THERMAL	0.61	2
3	C	978	MEDIUM THERMAL	0.59	2
4	D	978	MEDIUM THERMAL	0.65	2
5	E	978	MEDIUM THERMAL	0.59	2
6	F	978	MEDIUM THERMAL	0.6	2
1	A	803	LOOSE THERMAL	0.79	10
2	B	803	LOOSE THERMAL	0.84	10
3	C	803	LOOSE THERMAL	0.76	10
4	D	803	LOOSE THERMAL	0.84	10
5	E	803	LOOSE THERMAL	0.76	10
6	F	803	LOOSE THERMAL	0.75	10

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	270	-
R_work	0.259	5205	-
all	-	5475	-
obs	-	-	99.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1473	-0.0434	-0.3967	0.3538	-0.1543	0.6856	-0.0838	0.261	-0.0732	-0.0672	-0.0432	-0.0503	0.1354	0.0425	0.1269	0.1215	0.0107	0.0698	0.1741	-0.0143	0.0516	100.1567	20.4269	62.3672
2	0.678	0.193	0.1498	0.7832	0.1305	0.5391	-0.0522	-0.0015	0.0932	0.0538	-0.0035	0.0163	-0.0926	-0.0777	0.0557	0.1109	0.0211	-0.0296	0.0463	-0.0173	0.0383	79.6157	51.4528	94.2702
3	0.6346	-0.0429	-0.1447	0.5019	-0.1359	0.3972	-0.0516	-0.0159	0.0122	0.0166	-0.0265	-0.0988	-0.0237	0.1027	0.0781	0.0526	-0.0143	-0.0457	0.1062	0.0244	0.077	108.8287	34.7549	91.4033
4	0.6565	-0.4198	-0.2142	0.7498	0.0954	0.3793	-0.1093	-0.0281	-0.1194	0.0899	-0.0024	0.0684	0.1146	-0.0344	0.1118	0.1202	-0.0145	0.0515	0.0498	0.0226	0.0614	80.2883	16.7976	96.3964
5	1.1114	0.0254	-0.0962	0.5819	0.0879	0.5787	-0.0386	0.25	0.1729	-0.1636	-0.0489	-0.0654	-0.1445	-0.0181	0.0875	0.1733	-0.0097	-0.0204	0.1568	0.0891	0.0755	87.4459	52.2626	62.5803
6	0.6995	-0.5284	0.0788	1.3155	-0.1189	0.5418	-0.0482	0.1856	-0.1615	-0.1611	-0.0746	0.1974	0.0806	-0.1693	0.1228	0.0998	-0.0591	-0.0096	0.2108	-0.08	0.0975	66.4597	26.1027	66.5881

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-10 - 9999
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-10 - 9999
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	-10 - 9999
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	-10 - 9999

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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