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- PDB-3pgg: Crystal structure of cryptosporidium parvum u6 snrna-associated s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pgg
タイトルCrystal structure of cryptosporidium parvum u6 snrna-associated sm-like protein lsm5
要素U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5. SM domain
キーワードDNA BINDING PROTEIN / U6 SNRNA-ASSOCIATED SM-LIKE PROTEIN / LSM5 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Sm-like protein LSm5 / SH3 type barrels. - #100 / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Dong, A. / Gao, M. / Zhao, Y. / Lew, J. / Wasney, G.A. / Kozieradzki, I. / Vedadi, M. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. ...Dong, A. / Gao, M. / Zhao, Y. / Lew, J. / Wasney, G.A. / Kozieradzki, I. / Vedadi, M. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Artz, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2007
タイトル: Genome-Scale Protein Expression and Structural Biology of Plasmodium Falciparum and Related Apicomplexan Organisms.
著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. ...著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. / Wernimont, A. / Bray, J. / Loppnau, P. / Plotnikova, O. / Newberry, K. / Sundararajan, E. / Houston, S. / Walker, J. / Tempel, W. / Bochkarev, A. / Kozieradzki, I. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Roos, D. / Kain, K. / Hui, R.
履歴
登録2010年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2011年2月2日ID: 2FWK
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5. SM domain
B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5. SM domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6002
ポリマ－26,6002
非ポリマー00
水48627
1
A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5. SM domain
B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5. SM domain

A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5. SM domain
B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5. SM domain

A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5. SM domain
B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5. SM domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8006
ポリマ－79,8006
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area9110 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area20570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.163, 101.163, 49.092
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
詳細HEXAMERIC

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要素

#1: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5. SM domain


分子量: 13300.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
遺伝子: cgd7_4580 / プラスミド: P28-LIC-THROMBIN DERIVED FROM PET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODON PLUS RIL / 参照: UniProt: Q5CXX3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 1.05 M NA CITRATE, 100 MM BISTRIS PH6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年11月25日 / 詳細: VERIMAX HR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.601
11h+k,-k,-l20.399
反射解像度: 2.14→50 Å / Num. all: 16363 / Num. obs: 16363 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 48.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 54.88
反射 シェル解像度: 2.14→2.18 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.795 / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / Num. unique all: 866 / Rsym value: 0.795 / % possible all: 84.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
PHASERV. 1.3.1位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
Coot0.6モデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.14→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 10.261 / SU ML: 0.207 / Isotropic thermal model: 1M8V / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25783 809 5 %RANDOM
Rwork0.21398 ---
obs0.216 15457 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.076 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.84 Å20 Å20 Å2
2---5.84 Å20 Å2
3---11.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1154 0 0 27 1181
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221166
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2981.9871578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.3735154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.88925.65246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.03115186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.45154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.021862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.011.5772
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.18621221
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6063394
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.7734.5357
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.192 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 64 -
Rwork0.215 1083 -
obs--96.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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