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- PDB-1ljo: CRYSTAL STRUCTURE OF AN SM-LIKE PROTEIN (AF-SM2) FROM ARCHAEOGLOB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ljo
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN SM-LIKE PROTEIN (AF-SM2) FROM ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS AT 1.95A RESOLUTION
要素Archaeal Sm-like protein AF-Sm2
キーワードUNKNOWN FUNCTION / SNRNP / SM / CORE SNRNP DOMAIN / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm7/SmG / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / : / SnRNP, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Toro, I. / Basquin, J. / Teo-Dreher, H. / Suck, D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Archaeal Sm proteins form heptameric and hexameric complexes: crystal structures of the Sm1 and Sm2 proteins from the hyperthermophile Archaeoglobus fulgidus.
著者: Toro, I. / Basquin, J. / Teo-Dreher, H. / Suck, D.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2001
タイトル: RNA binding in an Sm core domain: X-ray structure and functional analysis of an archaeal Sm protein complex.
著者: Toro, I. / Thore, S. / Mayer, C. / Basquin, J. / Sraphin, B. / Suck, D.
履歴
登録2002年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 600HETEROGEN Cd ion sitting on six-fold axis is modelling a sulphate ion

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Archaeal Sm-like protein AF-Sm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9105
ポリマ－8,6171
非ポリマー2934
水59433
1
A: Archaeal Sm-like protein AF-Sm2
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,45830
ポリマ－51,7026
非ポリマー1,75524
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area11110 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area20190 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.420, 58.420, 32.084
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-78-

CD

21A-307-

HOH

31A-309-

HOH

41A-398-

HOH

51A-442-

HOH

61A-444-

HOH

詳細The biological assembly is a hexamer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -Y,X-Y,Z; Y-X,-X,Z; -X,-Y,Z; Y,Y-X,Z and X-Y,X,Z

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要素

#1: タンパク質 Archaeal Sm-like protein AF-Sm2


分子量: 8617.045 Da / 分子数: 1 / 変異: 'N-terminal GA added' / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: AF0362 / プラスミド: modified pET24d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O29885
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.6
詳細: ammonium sulphate, lithium sulphate, sodium sulphate, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 4.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
111 mg/mlprotein1drop
212 %(w/v)PEG60001reservoir
3100 mMsodium citrate1reservoirpH4.3

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM1411
回転陽極ELLIOTT GX-2121.5418
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD1999年4月29日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1999年4月20日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Ni MIRROR + Ni FILTERSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.54181
反射解像度: 1.95→27.1 Å / Num. all: 4522 / Num. obs: 4522 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 18.567 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 598 / Rsym value: 0.173 / % possible all: 90.9
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 11984 / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.9 % / Rmerge(I) obs: 0.173

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
CNS精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: Built by ARP/WARP (68 residues)

解像度: 1.95→27.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 226 5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
all0.195 4681 --
obs0.195 4521 96.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 56.1311 Å2 / ksol: 0.379594 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.74 Å2-1.46 Å20 Å2
2---5.74 Å20 Å2
3---11.48 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→27.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数578 0 13 33 624
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005357
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32164
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.47853
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72657
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.255
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.077
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.363
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.729
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.048 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 38 5.4 %
Rwork0.199 670 -
obs-708 91.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ACY.PARACY.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.195 / Rfactor Rfree: 0.211 / Rfactor Rwork: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.47853
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.72657
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.294 / Rfactor Rwork: 0.199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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