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- PDB-4emk: Crystal structure of SpLsm5/6/7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4emk
タイトルCrystal structure of SpLsm5/6/7
要素
  • U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
  • U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
  • U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Sm fold / mRNA decay and pre-mRNA splicing / Lsm proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm2-8 complex / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / telomerase holoenzyme complex / spliceosomal tri-snRNP complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2 snRNP / poly(U) RNA binding ...mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm2-8 complex / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / telomerase holoenzyme complex / spliceosomal tri-snRNP complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2 snRNP / poly(U) RNA binding / U2-type prespliceosome / tRNA processing / telomerase holoenzyme complex assembly / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / maturation of SSU-rRNA / spliceosomal complex / P-body / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / nucleolus / RNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sm-like protein Lsm7 / Sm-like protein LSm5 / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm7/SmG / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. ...Sm-like protein Lsm7 / Sm-like protein LSm5 / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm7/SmG / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jiang, S.M. / Wu, D.H. / Song, H.W.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Lsm3, Lsm4 and Lsm5/6/7 from Schizosaccharomyces pombe.
著者: Wu, D.H. / Jiang, S.M. / Bowler, M.W. / Song, H.W.
履歴
登録2012年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
C: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8753
ポリマ－31,8753
非ポリマー00
水1,27971
1
A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
C: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7

A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
C: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7516
ポリマ－63,7516
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area9310 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area17360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.430, 69.430, 172.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5


分子量: 10807.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / 遺伝子: lsm5, SPBC20F10.09 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O42978
#2: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6


分子量: 8439.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / 遺伝子: lsm6, SPAC2F3.17c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UUI1
#3: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7


分子量: 12628.864 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / 遺伝子: lsm7, SPCC285.12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O74499
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.28 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, pH 6.5, 0.1M MgCl2, 32% polyethylene glycol (PEG) 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→86.16 Å / Num. all: 19618 / Num. obs: 19618 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→54.053 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1 / 位相誤差: 24.86 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2539 952 5.17 %Random
Rwork0.2311 ---
all0.2323 18409 --
obs0.2323 18409 94.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.62 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.7754 Å20 Å2-0 Å2
2--4.7754 Å20 Å2
3----9.5508 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→54.053 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1579 0 0 71 1650
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091595
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2472148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.424594
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004272
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3-2.42130.3588990.2862192775
2.4213-2.5730.33321140.2548232789
2.573-2.77170.28381470.2351250797
2.7717-3.05060.31171440.2343258799
3.0506-3.49190.22231480.2061261699
3.4919-4.39910.22971560.19522647100
4.3991-54.0680.23581440.24832846100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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