PDB-4emg: Crystal structure of SpLsm3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4emg

タイトル

Crystal structure of SpLsm3

要素

Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Sm fold / mRNA decay / Lsm proteins

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm2-8 complex / chromosome, telomeric repeat region / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / telomerase holoenzyme complex / telomerase RNA binding / U2 snRNP / P-body assembly / precatalytic spliceosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Jiang, S.M. / Wu, D.H. / Song, H.W.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Lsm3, Lsm4 and Lsm5/6/7 from Schizosaccharomyces pombe.
著者: Wu, D.H. / Jiang, S.M. / Bowler, M.W. / Song, H.W.

履歴

登録	2012年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4emg.cif.gz	211.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4emg.ent.gz	172.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4emg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4emg_validation.pdf.gz	526.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4emg_full_validation.pdf.gz	563.6 KB	表示
XML形式データ	4emg_validation.xml.gz	42.3 KB	表示
CIF形式データ	4emg_validation.cif.gz	58.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/4emg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/4emg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4emhC 4emkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5v75-2 4m77-1 5o0a-d 5v75-3 1jbm-d 4i61-d 4m77-2 4f3r-2 3x1j-d 5o0d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (4) #107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

B: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

C: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

D: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

E: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

F: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

G: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

H: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

I: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

J: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

K: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

L: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

M: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

N: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

151 kDa, 14 ポリマー
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1

A: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

B: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

C: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

D: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

E: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

F: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

G: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

登録者が定義した集合体
75.7 kDa, 7 ポリマー
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2

H: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

I: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

J: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

K: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

L: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

M: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

N: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

登録者が定義した集合体
75.7 kDa, 7 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	101.430, 101.700, 143.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1
9	1
10	1
11	1
12	1
13	1
14	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 9:55 OR RESSEQ 70:92 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 9:55 OR RESSEQ 70:92 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 9:55 OR RESSEQ 70:92 )
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 9:55 OR RESSEQ 70:92 )
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 9:55 OR RESSEQ 70:92 )
6	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 9:55 OR RESSEQ 70:92 )
7	1	1	CHAIN G AND (RESSEQ 9:55 OR RESSEQ 70:92 )
8	1	1	CHAIN H AND (RESSEQ 9:55 OR RESSEQ 70:92 )
9	1	1	CHAIN I AND (RESSEQ 9:55 OR RESSEQ 70:92 )
10	1	1	CHAIN J AND (RESSEQ 9:55 OR RESSEQ 70:92 )
11	1	1	CHAIN K AND (RESSEQ 9:55 OR RESSEQ 70:92 )
12	1	1	CHAIN L AND (RESSEQ 9:55 OR RESSEQ 70:92 )
13	1	1	CHAIN M AND (RESSEQ 9:55 OR RESSEQ 70:92 )
14	1	1	CHAIN N AND (RESSEQ 9:55 OR RESSEQ 70:92 )

#1: タンパク質	Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 分子量: 10820.833 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 株: 972 / 遺伝子: lsm3, SPBC9B6.05c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y7M4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES, pH 6.5, 0.2M MgCl2, 40% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月5日
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→64.216 Å / Num. obs: 41387 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.7→64.216 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 7.91 / 位相誤差: 27.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.277	2010	4.86 %	Random
R_work	0.2431	-	-	-
all	0.2447	-	-	-
obs	0.2447	41212	99.86 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.879 Å² / k_sol: 0.334 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.2708 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	6.9097 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.6389 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→64.216 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8092	0	0	144	8236

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	8204
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.248	11074
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.822	3164
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1288
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1428

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	570	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	570	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	3	C	570	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	4	D	570	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	5	E	570	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.057
1	6	F	570	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.057
1	7	G	570	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.059
1	8	H	570	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.057
1	9	I	570	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	10	J	570	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
1	11	K	570	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	12	L	570	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	13	M	570	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.056
1	14	N	570	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.7-2.7965	0.3685	199	0.335	3885	100
2.7965-2.9085	0.3111	198	0.3086	3892	100
2.9085-3.0408	0.35	195	0.2823	3867	100
3.0408-3.2012	0.2974	200	0.2565	3932	100
3.2012-3.4017	0.2781	200	0.2342	3900	100
3.4017-3.6643	0.2535	198	0.2094	3911	100
3.6643-4.033	0.2297	203	0.2003	3913	100
4.033-4.6165	0.2157	206	0.1805	3973	100
4.6165-5.8157	0.247	202	0.211	3986	100
5.8157-64.2341	0.3113	209	0.3068	4118	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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