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万見
- PDB-3p2y: Crystal structure of alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p2y
タイトルCrystal structure of alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase from Mycobacterium smegmatis
要素Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / tuberculosis / non-pathogenic species / ortholog / dehydrogenase / pyruvate
機能・相同性
機能・相同性情報


Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, N-terminal / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, NAD(H)-binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2010年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8977
ポリマ－39,6301
非ポリマー2676
水6,774376
1
A: Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase
ヘテロ分子

A: Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,79414
ポリマ－79,2602
非ポリマー53512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area5190 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area27670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.760, 89.760, 179.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-361-

CA

21A-701-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase


分子量: 39629.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_0152 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QNT0, alanine dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.31 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 21.6 mg/mL MysmA.00681.a.A1 PS00596 against PACT screen condition C11 20% PEG 6000, 0.1 M Hepes pH 7.0, 0.2 M CaCl2, cryo-protected with 25% ethylene glycol, crystal tracking ID 215904c11, ...詳細: 21.6 mg/mL MysmA.00681.a.A1 PS00596 against PACT screen condition C11 20% PEG 6000, 0.1 M Hepes pH 7.0, 0.2 M CaCl2, cryo-protected with 25% ethylene glycol, crystal tracking ID 215904c11, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 38305 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 17.3 % / Biso Wilson estimate: 23.517 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 42.32
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
1.82-1.8714.10.23411.1325622842230981.2
1.87-1.920.20213.739524265195.8
1.92-1.970.16918.346694265598.8
1.97-2.030.13921.846885258499
2.03-2.10.12324.845738253899.2
2.1-2.180.10228.943881242199.1
2.18-2.260.08932.942528236599.3
2.26-2.350.07438.241053227699.3
2.35-2.450.06742.239144218199.5
2.45-2.570.06145.638013211899.4
2.57-2.710.05549.535640199699.6
2.71-2.880.04855.134052191899.7
2.88-3.080.04459.631970180399.7
3.08-3.320.03867.329724169399.8
3.32-3.640.03675.126994156199.9
3.64-4.070.03479.524373143199.9
4.07-4.70.03282.621750129099.9
4.7-5.760.03180.517938110099.9
5.76-8.140.02980.714452878100
8.140.02683.8786253798.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 56.1 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å44.89 Å
Translation3 Å44.89 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1L7D

1l7d


解像度: 1.82→40.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.1922 / WRfactor Rwork: 0.1606 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / FOM work R set: 0.8996 / SU B: 3.89 / SU ML: 0.057 / SU R Cruickshank DPI: 0.1061 / SU Rfree: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1963 1913 5 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.1665 38192 97.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.05 Å2 / Biso mean: 19.0145 Å2 / Biso min: 5.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å2-0.18 Å20 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3---0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→40.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2462 0 12 376 2850
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4281.9863570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1845374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.04424.18686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.04215400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0381517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211939
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8451.51764
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50922849
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4143829
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2254.5705
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.867 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.196 108 -
Rwork0.202 2186 -
all-2294 -
obs--80.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5457-0.0021-0.06870.4315-0.01370.50170.04330.0116-0.0873-0.04540.0106-0.0443-0.05470.0066-0.05390.0137-0.00210.00310.06680.02510.044466.153339.4878-13.0551
20.0119-0.00050.04380.1665-0.03430.40340.0073-0.00130.01290.00470.0103-0.0265-0.0506-0.0577-0.01760.0272-0.00160.01770.06670.04090.054257.003649.8573-4.3285
30.9893-0.03240.22520.2869-0.19080.3359-0.0244-0.02340.11040.05120.01430.0209-0.0578-0.05180.01010.0372-0.004-0.00150.04260.00820.041949.002747.56818.8239
40.1950.18470.12670.4772-0.24980.54730.01440.02550.0518-0.02840.01340.08320.0669-0.0043-0.02780.0087-0.0058-0.0060.08470.05170.043753.256446.1756-12.3095
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2A72 - 152
3X-RAY DIFFRACTION3A153 - 306
4X-RAY DIFFRACTION4A307 - 356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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