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- PDB-1l7e: Crystal Structure of R. rubrum Transhydrogenase Domain I with Bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l7e
タイトルCrystal Structure of R. rubrum Transhydrogenase Domain I with Bound NADH
要素nicotinamide nucleotide Transhydrogenase, subunit alpha 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Transhydrogenase domain I with NADH bound
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD(P)+ transhydrogenase (Si-specific) activity / proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase activity / proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase / NADH binding / NADPH regeneration / NAD+ binding / NAD binding / NADP binding / protein dimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alanine dehydrogenase/NAD(P) transhydrogenase, conserved site-1 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 1. / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, conserved site-2 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 2. / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, N-terminal / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, NAD(H)-binding domain ...Alanine dehydrogenase/NAD(P) transhydrogenase, conserved site-1 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 1. / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, conserved site-2 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 2. / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, N-terminal / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, NAD(H)-binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NAD(P) transhydrogenase subunit alpha part 1 / NAD(P) transhydrogenase subunit alpha part 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Prasad, G.S. / Wahlberg, M. / Sridhar, V. / Yamaguchi, M. / Hatefi, Y. / Stout, C.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Crystal Structures of Transhydrogenase Domain I with and without Bound NADH
著者: Prasad, G.S. / Wahlberg, M. / Sridhar, V. / Yamaguchi, M. / Hatefi, Y. / Stout, C.D.
履歴
登録2002年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nicotinamide nucleotide Transhydrogenase, subunit alpha 1
B: nicotinamide nucleotide Transhydrogenase, subunit alpha 1
C: nicotinamide nucleotide Transhydrogenase, subunit alpha 1
D: nicotinamide nucleotide Transhydrogenase, subunit alpha 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,6306
ポリマ－161,2994
非ポリマー1,3312
水10,935607
1
A: nicotinamide nucleotide Transhydrogenase, subunit alpha 1
B: nicotinamide nucleotide Transhydrogenase, subunit alpha 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3153
ポリマ－80,6502
非ポリマー6651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area29080 Å2
手法PISA
2
C: nicotinamide nucleotide Transhydrogenase, subunit alpha 1
D: nicotinamide nucleotide Transhydrogenase, subunit alpha 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3153
ポリマ－80,6502
非ポリマー6651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area27970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.14, 116.68, 92.60
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 106.28, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
nicotinamide nucleotide Transhydrogenase, subunit alpha 1 / Transhydrogenase Domain I


分子量: 40324.785 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q60164, UniProt: Q2RSB2*PLUS, NAD(P)+ transhydrogenase (Si-specific)
#2: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: mPEG 2K, Tris-HCl, Magnesium acetate, NADH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.0K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細 (eV)
122 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH8.0
310 mMammonium sulfate1drop
41 mMdithiothreitol1drop
50.5 mMPMSF1drop
618 %(w/v)PEG20001reservoir
7100 mMTris-HCl1reservoirpH7.5
81 mMmagnesium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月21日
放射モノクロメーター: Curved crystal (silicon 111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 326796 / Num. obs: 102189 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 30.9 Å2 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.375 / % possible all: 99.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 326796 / Rmerge(I) obs: 0.119
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.375

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1L7D

1l7d


解像度: 1.9→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.282 3047 Random
Rwork0.251 --
all0.251 102189 -
obs0.251 101562 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10632 0 88 607 11327
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.33
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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