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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l7e | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of R. rubrum Transhydrogenase Domain I with Bound NADH | ||||||
要素 | nicotinamide nucleotide Transhydrogenase, subunit alpha 1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Transhydrogenase domain I with NADH bound | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NAD(P)+ transhydrogenase (Si-specific) activity / proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase activity / proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase / NADPH regeneration / NADH binding / NAD+ binding / NAD binding / NADP binding / protein dimerization activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodospirillum rubrum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Prasad, G.S. / Wahlberg, M. / Sridhar, V. / Yamaguchi, M. / Hatefi, Y. / Stout, C.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Crystal Structures of Transhydrogenase Domain I with and without Bound NADH 著者: Prasad, G.S. / Wahlberg, M. / Sridhar, V. / Yamaguchi, M. / Hatefi, Y. / Stout, C.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1l7e.cif.gz | 289.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1l7e.ent.gz | 228.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1l7e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1l7e_validation.pdf.gz | 556.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1l7e_full_validation.pdf.gz | 603.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1l7e_validation.xml.gz | 34.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1l7e_validation.cif.gz | 54.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/1l7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/1l7e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40324.785 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60164, UniProt: Q2RSB2*PLUS, EC: 1.6.1.1 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.32 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: mPEG 2K, Tris-HCl, Magnesium acetate, NADH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.965 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月21日 |
放射 | モノクロメーター: Curved crystal (silicon 111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.965 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 326796 / Num. obs: 102189 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 30.9 Å2 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.375 / % possible all: 99.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 326796 / Rmerge(I) obs: 0.119 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.375 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1L7D 解像度: 1.9→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |