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- PDB-3o45: Crystal Structure of 101F Fab Bound to 17-mer Peptide Epitope -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o45
タイトルCrystal Structure of 101F Fab Bound to 17-mer Peptide Epitope
要素
  • Fusion glycoprotein F1
  • Mouse monoclonal antibody 101F 101F Fab heavy chain
  • Mouse monoclonal antibody 101F 101F Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / immunoglobulin / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / symbiont-mediated induction of syncytium formation / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / symbiont-mediated induction of syncytium formation / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.872 Å
データ登録者McLellan, J.S. / Chen, M. / Chang, J.S. / Yang, Y. / Kim, A. / Graham, B.S. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Structure of a Major Antigenic Site on the Respiratory Syncytial Virus Fusion Glycoprotein in Complex with Neutralizing Antibody 101F.
著者: McLellan, J.S. / Chen, M. / Chang, J.S. / Yang, Y. / Kim, A. / Graham, B.S. / Kwong, P.D.
履歴
登録2010年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Mouse monoclonal antibody 101F 101F Fab light chain
H: Mouse monoclonal antibody 101F 101F Fab heavy chain
A: Mouse monoclonal antibody 101F 101F Fab heavy chain
B: Mouse monoclonal antibody 101F 101F Fab light chain
P: Fusion glycoprotein F1
C: Fusion glycoprotein F1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,85513
ポリマ－99,1836
非ポリマー6727
水50428
1
L: Mouse monoclonal antibody 101F 101F Fab light chain
H: Mouse monoclonal antibody 101F 101F Fab heavy chain
P: Fusion glycoprotein F1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9767
ポリマ－49,5913
非ポリマー3844
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Mouse monoclonal antibody 101F 101F Fab heavy chain
B: Mouse monoclonal antibody 101F 101F Fab light chain
C: Fusion glycoprotein F1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8796
ポリマ－49,5913
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.537, 92.966, 140.918
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Mouse monoclonal antibody 101F 101F Fab light chain


分子量: 24064.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Mouse monoclonal antibody 101F 101F Fab heavy chain


分子量: 23704.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Fusion glycoprotein F1 / Protein F


分子量: 1822.034 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 422-438 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 参照: UniProt: P03420
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20.5% (w/v) PEG 4000, 0.2 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月18日
放射モノクロメーター: Si 220. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→50 Å / Num. all: 24012 / Num. obs: 24012 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.87→3 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.688 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3O41

3o41


解像度: 2.872→25.543 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1228 5.13 %RANDOM
Rwork0.1999 ---
obs0.2026 23958 97.95 %-
all-23958 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0.001 Å2 / ksol: 0.316 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7007 Å2-0 Å20 Å2
2---6.5038 Å20 Å2
3---3.4449 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.872→25.543 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6890 0 35 28 6953
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5589678
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2182478
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361088
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031228
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8723-2.98710.35811280.27622135X-RAY DIFFRACTION85
2.9871-3.12280.31831340.26172470X-RAY DIFFRACTION98
3.1228-3.28720.30511300.23352534X-RAY DIFFRACTION100
3.2872-3.49260.26421360.21112545X-RAY DIFFRACTION100
3.4926-3.76150.22941280.182560X-RAY DIFFRACTION100
3.7615-4.13860.21871440.1772562X-RAY DIFFRACTION100
4.1386-4.73420.20551440.14812587X-RAY DIFFRACTION100
4.7342-5.95210.21121430.16122603X-RAY DIFFRACTION100
5.9521-25.54380.25471410.20772734X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.57770.08940.08720.1289-0.00970.0774-0.0583-0.0109-0.33320.04860.07640.2150.02120.0056-0.03440.0831-0.03640.02230.04220.03860.3184-26.951-9.7209-5.8501
20.3980.15970.24280.520.03330.2334-0.11850.194-0.0729-0.0990.0106-0.05740.02890.0892-0.06720.1424-0.10010.02140.1603-0.11470.1062-53.23120.695-30.7287
31.2644-0.10880.46450.33920.00890.28080.1097-0.0649-0.4871-0.09080.0551-0.06640.0685-0.0273-0.13580.08910.01160.01410.03920.00640.2331-65.0602-11.62369.1742
41.19760.17490.06511.0672-0.70780.60240.086-0.7319-0.14450.4215-0.2007-0.127-0.3307-0.15980.09090.1937-0.0609-0.07110.48260.07480.04-38.5676-0.96533.508
50.33630.10940.17090.55720.08740.0948-0.05590.0656-0.0085-0.11180.02640.04450.00260.0895-0.00360.0304-0.01160.03690.04350.02250.0676-20.464411.785-8.4633
60.96490.27420.18240.32540.1340.2172-0.00220.1968-0.0642-0.093-0.08060.08630.0065-0.09570.11520.1071-0.03240.03950.1508-0.1030.1177-51.080111.4373-19.9393
70.3911-0.0001-0.29580.292-0.01410.2608-0.03280.0081-0.01180.04740.1057-0.00490.0307-0.07420.02720.0390.00230.04550.078-0.01010.0873-69.461210.51169.5889
81.35010.6897-1.00951.3112-0.41911.0362-0.0925-0.3119-0.19510.1822-0.2262-0.23750.01290.1667-0.20850.0119-0.0515-0.05660.1117-0.0593-0.0434-38.93048.288121.2952
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain L and resid 1:113
2X-RAY DIFFRACTION2chain L and resid 114:218
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and resid 1:113
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resid 114:218
5X-RAY DIFFRACTION5chain H and resid 1:116
6X-RAY DIFFRACTION6chain H and resid 117:218
7X-RAY DIFFRACTION7chain A and resid 1:116
8X-RAY DIFFRACTION8chain A and resid 117:218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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