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- PDB-5vxr: The antigen-binding fragment of MAb24 in complex with a peptide f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vxr
タイトルThe antigen-binding fragment of MAb24 in complex with a peptide from Hepatitis C Virus E2 epitope I (412-423)
要素
  • MAb24 Variable Heavy Chain,MAb24 Variable Heavy Chain
  • MAb24 Variable Light Chain,MAb24 Variable Light Chain
  • Virus Envelope Protein 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / cysteine-type peptidase activity / channel activity / viral nucleocapsid / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response ...host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / cysteine-type peptidase activity / channel activity / viral nucleocapsid / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / ribonucleoprotein complex / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 ...Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / : / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Light chain kappa / Ighg protein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Hardy, J.M. / Gu, J. / Boo, I. / Drummer, H.E. / Coulibaly, F.J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FT1210893 オーストラリア
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2018
タイトル: Escape of Hepatitis C Virus from Epitope I Neutralization Increases Sensitivity of Other Neutralization Epitopes.
著者: Gu, J. / Hardy, J. / Boo, I. / Vietheer, P. / McCaffrey, K. / Alhammad, Y. / Chopra, A. / Gaudieri, S. / Poumbourios, P. / Coulibaly, F. / Drummer, H.E.
履歴
登録2017年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: MAb24 Variable Heavy Chain,MAb24 Variable Heavy Chain
L: MAb24 Variable Light Chain,MAb24 Variable Light Chain
P: Virus Envelope Protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,46314
ポリマ－48,4503
非ポリマー1,01311
水8,053447
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7150 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area18990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.370, 53.338, 133.903
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-544-

HOH

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要素

#1: 抗体 MAb24 Variable Heavy Chain,MAb24 Variable Heavy Chain


分子量: 23160.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q569X1
#2: 抗体 MAb24 Variable Light Chain,MAb24 Variable Light Chain


分子量: 23906.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A0A125T908
#3: タンパク質・ペプチド Virus Envelope Protein 2


分子量: 1383.489 Da / 分子数: 1 / Fragment: Epitope I (UNP residues 412-423) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Hepatitis C virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q5EG65
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.69 % / 解説: Hexagonal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 12.5% PEG3000, 100 mM sodium chloride, 100 mM sodium phosphate dibasic/citric acid, pH 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月19日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→42.48 Å / Num. obs: 67898 / % possible obs: 64.2 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 18.71 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 32.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.36-1.392.93.0690.5111.9853.6794.2
7.46-42.4870.0360.9980.0140.03995.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.96 Å42.48 Å
Translation6.96 Å42.48 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDS20151015データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4GAG

4gag


解像度: 1.4→14.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.077 / SU Rfree Blow DPI: 0.074 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.072
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 3309 4.92 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.172 67298 69 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5115 Å20 Å21.9391 Å2
2---0.3515 Å20 Å2
3----2.16 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.4→14.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3317 0 66 447 3830
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016830HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1212286HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1865SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes72HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes996HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6830HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.68
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion475SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance3HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle6HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7733SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 -5.73 %
Rwork0.224 921 -
all0.224 977 -
obs--13.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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