PDB-3o2e: Crystal structure of a bol-like protein from babesia bovis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o2e

タイトル

Crystal structure of a bol-like protein from babesia bovis

要素

BolA-like protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / SSGCID / Babesia bovis / iodide / SAD / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / BOL like protein

機能・相同性

機能・相同性情報

protein maturation / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / intracellular iron ion homeostasis / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Babesia bovis (牛バベシア)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2011
タイトル: SAD phasing using iodide ions in a high-throughput structural genomics environment.
著者: Abendroth, J. / Gardberg, A.S. / Robinson, J.I. / Christensen, J.S. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2010年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月20日	Group: Database references
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o2e.cif.gz	49.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o2e.ent.gz	34.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o2e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3o2e_validation.pdf.gz	425.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3o2e_full_validation.pdf.gz	425.2 KB	表示
XML形式データ	3o2e_validation.xml.gz	6.2 KB	表示
CIF形式データ	3o2e_validation.cif.gz	7.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/3o2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/3o2e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k9gC 3km3C 3kw3C 3luzC 3menC 3njbC 3oibC 3p96C 3pfdC 3pm6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4r80-1 6qfs-3 3w62-d 6gmt-d 6h89-d 6h83-d 6h8d-d 4r80-2 6h9q-d 6h8i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BaboA.10365.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BolA-like protein

ヘテロ分子

12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: BolA-like protein

ヘテロ分子

A: BolA-like protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
25.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.300, 66.300, 35.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-94- IOD
2	1	A-96- MG

#1: タンパク質	BolA-like protein 分子量: 11601.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Babesia bovis (牛バベシア) / 株: T2BO / 遺伝子: GeneID:5478071 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7ATL3
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION 分子量: 126.904 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 25 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: EBS JCSG SCREEN E2: 2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM CACODYLATE PH 6.5, 200MM NACL: BABOA.10365.A AT 12.4MG/ML, ENCUA.00735 AT 29.3MG/ML, PH N/A, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月20日 / 詳細: Rigaku/Osmic VariMax HF
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 6133 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.3 % / B_iso Wilson estimate: 25.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 19.39
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 795 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: iodide SAD

解像度: 1.95→19.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 6.861 / SU ML: 0.108 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.241	276	4.6 %	RANDOM
R_work	0.183	-	-	-
all	0.185	6045	-	-
obs	0.185	6045	99.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	634	0	10	50	694

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	652
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	446
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.712	1.96	882
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.965	3	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.958	5	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.366	24	25
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.412	15	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.6	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	734
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	129
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.761	1.5	430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.215	1.5	177
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.41	2	683
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.874	3	222
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.795	4.5	198
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.222	14	-
R_work	0.198	403	-
obs	-	-	98.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 15.521 Å / Origin y: 30.589 Å / Origin z: 2.283 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0506 Å²	-0.0059 Å²	-0.0093 Å²	-	0.0242 Å²	0.0108 Å²	-	-	0.0528 Å²
L	0.8197 °²	0.4883 °²	-0.4298 °²	-	3.7167 °²	-0.4096 °²	-	-	0.4206 °²
S	-0.0492 Å °	0.0416 Å °	0.01 Å °	0.0227 Å °	0.0212 Å °	0.0247 Å °	-0.0686 Å °	-0.0288 Å °	0.0279 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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