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- PDB-3nwo: Crystal structure of Proline iminopeptidase Mycobacterium smegmatis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nwo
タイトルCrystal structure of Proline iminopeptidase Mycobacterium smegmatis
要素Proline iminopeptidase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / proline iminopeptidase / Mycobacterium smegmatis / Mycobacterium
機能・相同性
機能・相同性情報


prolyl aminopeptidase / peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Proline-specific peptidase / Peptidase S33 / : / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
prolyl aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2010年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proline iminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3635
ポリマ－36,0921
非ポリマー2714
水5,999333
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.930, 69.920, 55.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.180, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Proline iminopeptidase / PIP


分子量: 36092.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_2681 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QVS8, prolyl aminopeptidase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M sodium citrate, 0.1 M Tris propane, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 24228 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 17.989 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 12.87
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.8-1.850.5272.22600104955.8
1.85-1.90.4372.63823141077.6
1.9-1.950.3953.45368173097
1.95-2.010.3354.26335174499.7
2.01-2.080.2875.57230165599.5
2.08-2.150.2466.97954161599.8
2.15-2.230.2337.78425157899.7
2.23-2.320.2139.28454150499.2
2.32-2.430.18610.19094144199.9
2.43-2.550.18211.610094139499.9
2.55-2.680.15912.797671317100
2.68-2.850.14313.791891236100
2.85-3.040.11116.988811182100
3.04-3.290.09220.981381100100
3.29-3.60.0722675991020100
3.6-4.020.05634.36871915100
4.02-4.650.04838615381499.9
4.65-5.690.05631.55107676100
5.69-8.050.07624.24090546100
8.050.03553211130299.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å37.94 Å
Translation2.5 Å37.94 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→37.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.283 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.173 1104 5.1 %RANDOM
Rwork0.136 ---
obs0.138 21658 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.295 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20.17 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2304 0 17 333 2654
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0212443
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021598
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4121.9283353
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95733886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7575312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.80323.417120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.86115345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0891518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212789
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02503
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6681.51518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2081.5601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11222463
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9043925
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.934.5883
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 75 -
Rwork0.199 1478 -
all-1553 -
obs--97.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.09831.42290.5962.87881.77011.28740.0773-0.0478-0.05180.1729-0.1038-0.02320.1099-0.07440.02650.0451-0.0006-0.01310.0059-0.00060.019313.95151.29329.569
20.02170.0185-0.01280.16580.03850.06890.02310.00720.00230.0282-0.00810.00170.003-0.022-0.01490.0308-0.00240.00320.02680.00060.022710.89654.56417.872
30.3396-0.29380.1010.3376-0.22940.36920.011-0.0175-0.015-0.03860.0107-0.0022-0.0051-0.0178-0.02170.04170.0010.02170.01480.0030.029927.61655.367-5.196
43.03260.3711.0820.378-0.06650.5053-0.06240.16320.0638-0.08620.007-0.04670.02690.06720.05550.03960.00920.02660.03290.00670.023618.26145.9415.41
50.4398-0.1061-0.04480.19880.1250.59910.03440.00320.04-0.0224-0.0196-0.0127-0.0435-0.0167-0.01480.02550.00670.01130.0059-0.00050.017413.70367.08412.226
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2A33 - 145
3X-RAY DIFFRACTION3A146 - 198
4X-RAY DIFFRACTION4A199 - 228
5X-RAY DIFFRACTION5A229 - 306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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