PDB-3fkh: Crystal structure of Putative pyridoxamine 5'-phosphate oxidase (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fkh

タイトル

Crystal structure of Putative pyridoxamine 5'-phosphate oxidase (NP_601736.1) from CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM ATCC 13032 KITASATO at 2.51 A resolution

要素

Putative pyridoxamine 5'-phosphate oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NP_601736.1 / Putative pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / unknown function

機能・相同性

Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / Roll / Mainly Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative pyridoxamine 5'-phosphate oxidase (NP_601736.1) from CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM ATCC 13032 KITASATO at 2.51 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2008年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月27日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fkh.cif.gz	165.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fkh.ent.gz	131.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fkh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/3fkh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/3fkh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5lt3-4 3qcm-2 5hle-d 1y3d-d 1p2o-1 6y8n-d 2o8j-3 4rh5-d 6sgn-d 1y4d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 375029

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative pyridoxamine 5'-phosphate oxidase

B: Putative pyridoxamine 5'-phosphate oxidase

C: Putative pyridoxamine 5'-phosphate oxidase

D: Putative pyridoxamine 5'-phosphate oxidase

E: Putative pyridoxamine 5'-phosphate oxidase

F: Putative pyridoxamine 5'-phosphate oxidase

ヘテロ分子

97.9 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative pyridoxamine 5'-phosphate oxidase

B: Putative pyridoxamine 5'-phosphate oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative pyridoxamine 5'-phosphate oxidase

D: Putative pyridoxamine 5'-phosphate oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Putative pyridoxamine 5'-phosphate oxidase

F: Putative pyridoxamine 5'-phosphate oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.630, 88.310, 138.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
1	2	B
2	2	C
3	2	D
4	2	F

NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	VAL	VAL	ALA	ALA	A	A	5 - 52	6 - 53
2	1	1	VAL	VAL	ALA	ALA	B	B	5 - 52	6 - 53
3	1	1	VAL	VAL	ALA	ALA	C	C	5 - 52	6 - 53
4	1	1	VAL	VAL	ALA	ALA	D	D	5 - 52	6 - 53
5	1	1	VAL	VAL	ALA	ALA	E	E	5 - 52	6 - 53
6	1	1	VAL	VAL	ALA	ALA	F	F	5 - 52	6 - 53
1	2	1	HIS	HIS	LEU	LEU	A	A	64 - 130	65 - 131
2	2	1	HIS	HIS	LEU	LEU	B	B	64 - 130	65 - 131
3	2	1	HIS	HIS	LEU	LEU	C	C	64 - 130	65 - 131
4	2	1	HIS	HIS	LEU	LEU	D	D	64 - 130	65 - 131
5	2	1	HIS	HIS	LEU	LEU	E	E	64 - 130	65 - 131
6	2	1	HIS	HIS	LEU	LEU	F	F	64 - 130	65 - 131
1	1	2	GLU	GLU	SER	SER	B	B	53 - 59	54 - 60
2	1	2	GLU	GLU	SER	SER	C	C	53 - 59	54 - 60
3	1	2	GLU	GLU	SER	SER	D	D	53 - 59	54 - 60
4	1	2	GLU	GLU	SER	SER	F	F	53 - 59	54 - 60

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	Putative pyridoxamine 5'-phosphate oxidase 分子量: 15986.668 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア) 遺伝子: cg2794, NP_601736.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q6M2U2
#2: 化合物	ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル分子量: 326.383 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.17 % 解説: THE STATISTICS REPORTED IN REMARK 200 WERE COMPUTED WITH XSCALE WITH FRIEDEL PAIRS KEPT SEPARATE.
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2000M Ca(OAc)2, 20.0000% PEG-8000, 0.1M MES pH 6.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.94645,0.97962

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月13日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochrometer
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.94645	1
2	0.97962	1

反射

解像度: 2.51→29.54 Å / Num. obs: 31540 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 52.655 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 15.98

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.59	0.296	2	7171	4321	1	69.8
2.59-2.69	0.294	4.1	19457	5882	1	98.7
2.69-2.81	0.217	5.5	20223	5987	1	99.2
2.81-2.96	0.164	7.3	21548	6220	1	98.9
2.96-3.15	0.111	10.6	22075	6248	1	99.1
3.15-3.39	0.083	14.7	21845	6017	1	99.3
3.39-3.73	0.063	20.7	22483	6068	1	99.1
3.73-4.26	0.051	25.9	22585	6035	1	99.2
4.26-5.35	0.043	31.3	23403	6122	1	99.2
5.35-29.54	0.041	33.2	23820	6155	1	97.8

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.51→29.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 11.797 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.681 / ESU R Free: 0.335
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.287	1601	5.1 %	RANDOM
R_work	0.243	-	-	-
obs	0.245	31509	98.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.48 Å² / B_iso mean: 52.455 Å² / B_iso min: 14.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.72 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→29.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6028	0	70	78	6176

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	6200
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	4118
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.647	1.967	8411
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.272	3	10032
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.742	5	769
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.043	24.196	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.856	15	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.827	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	991
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6844
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.148	0.2	961
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.139	0.2	3988
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.149	0.2	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.068	0.2	3459
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.107	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.118	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.161	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.133	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.292	3	4017
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.459	3	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.249	5	6232
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.087	8	2531
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.743	11	2177

LS精密化シェル

解像度: 2.507→2.572 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.368	98	-
R_work	0.325	1981	-
all	-	2079	-
obs	-	-	88.69 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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