PDB-3ng3: Crystal structure of deoxyribose phosphate aldolase from mycobact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ng3

タイトル

Crystal structure of deoxyribose phosphate aldolase from mycobacterium avium 104 in a schiff base with an unknown aldehyde

要素

Deoxyribose-phosphate aldolase

キーワード

LYASE / SSGCID / SBRI / UW / ALS DEOXYRIBOSEPHOSPHATE ALDOLASE / MYCOBACTERIUM AVIUM 104 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / 2-deoxyribose 1-phosphate catabolic process / deoxyribonucleotide catabolic process / carbohydrate catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium avium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換,

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2010年6月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ng3.cif.gz	310.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ng3.ent.gz	254.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ng3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/3ng3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/3ng3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC 1j2wS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1j2w-d 2rd3-1 1udd-d 6usq-d 2v1s-d 2gf0-d 5ljw-d 6uso-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MyavA.00289.A

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Deoxyribose-phosphate aldolase

B: Deoxyribose-phosphate aldolase

C: Deoxyribose-phosphate aldolase

D: Deoxyribose-phosphate aldolase

ヘテロ分子

88.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.480, 116.320, 101.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.76, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	-5 - 50
2	1	1	6	B	-5 - 50
3	1	1	6	C	-5 - 50
4	1	1	6	D	-5 - 50
1	2	1	6	A	60 - 301
2	2	1	6	B	60 - 301
3	2	1	6	C	60 - 301
4	2	1	6	D	60 - 301

#1: タンパク質	Deoxyribose-phosphate aldolase / Phosphodeoxyriboaldolase / Deoxyriboaldolase / DERA 分子量: 22043.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium avium (バクテリア) 株: 104 遺伝子: deoC, GeneID 4528214 Gene locus MAV_4672, MAV_4672 プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QLL2, deoxyribose-phosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.71 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: JCSG SCREEN CONDITION H3: 100MM BIS-TRIS PH 5.5, 25% PEG 3350; PROTEIN AT 60 MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月22日
放射	モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→44.78 Å / Num. all: 54848 / Num. obs: 50086 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 27.73 Å² / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 23.03
反射シェル	解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 4.06 % / R_merge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Num. unique all: 4051 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換,

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J2W

1j2w

解像度: 2.15→44.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 9.539 / SU ML: 0.111 / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	2530	5.1 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.188	50052	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.725 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.25 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→44.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5948	0	41	475	6464

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	6083
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3832
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.362	1.973	8271
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.909	3	9399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.271	5	877
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.679	22.737	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.666	15	874
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.37	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	7018
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.619	1.5	4312
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.17	1.5	1825
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.066	2	6759
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.859	3	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.973	4.5	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2279 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	LOOSE POSITIONAL	0.34	5
2	B	LOOSE POSITIONAL	0.32	5
3	C	LOOSE POSITIONAL	0.38	5
4	D	LOOSE POSITIONAL	0.43	5
1	A	LOOSE THERMAL	1.92
2	B	LOOSE THERMAL	1.52
3	C	LOOSE THERMAL	1.66
4	D	LOOSE THERMAL	2.03

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	183	-
R_work	0.234	3686	-
obs	-	-	95.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3696	0.1006	-0.2399	2.9875	-1.3778	0.7594	0.0183	0.0691	-0.2116	-0.2204	-0.0262	0.1422	0.1613	0.0176	0.0079	0.1128	0.0741	-0.0077	0.119	-0.0332	0.1324	28.798	21.058	73.039
2	0.4085	-0.0698	-0.0439	1.4037	-0.1735	0.0294	-0.0625	-0.0876	-0.0484	0.3121	0.0629	0.0445	-0.0247	0.0143	-0.0004	0.1385	0.1	-0.0171	0.1289	-0.0022	0.0597	32.804	30.84	86.658
3	2.9704	1.1495	-0.1391	1.4179	-0.4293	1.4044	0.0342	0.1188	0.1846	0.239	-0.0417	-0.069	-0.2259	0.385	0.0075	0.0844	-0.0144	-0.0538	0.3052	-0.0202	0.1015	49.121	53.647	77.024
4	0.7014	0.1493	-0.3357	0.7771	-0.0723	1.3456	-0.0427	0.0394	0.0524	0.0096	0.012	0.0163	0.1175	0.3138	0.0308	0.0207	0.0581	-0.0131	0.2662	0.0047	0.051	43.173	45.034	62.871
5	2.1031	0.8763	0.6107	1.9385	0.4442	1.7005	0.1112	0.0189	-0.0762	0.1908	-0.0652	0.1171	0.2379	-0.2529	-0.046	0.0475	-0.0148	0.0056	0.1509	0.0149	0.0783	-3.85	42.005	78.896
6	1.0756	0.2723	-0.0043	0.4996	-0.1958	0.6648	-0.0746	0.2834	-0.0338	-0.0344	0.0908	0.0091	0.1011	-0.0856	-0.0162	0.0281	-0.005	-0.0108	0.2489	0.0055	0.0711	1.638	46.747	62.857
7	2.4976	1.2963	-0.3435	5.1462	0.7617	0.364	-0.1082	0.373	0.3053	-0.2342	0.1881	0.0122	-0.1308	-0.0491	-0.0799	0.1136	0.0057	-0.0041	0.2114	0.1138	0.1087	16.85	71.43	65.363
8	1.22	-0.0746	-0.2079	0.4423	0.1223	0.3625	0.0136	0.0985	0.1207	0.017	-0.0072	-0.0179	0.0085	0.0127	-0.0064	0.0149	0.0325	-0.0048	0.0933	0.0319	0.097	12.444	66.235	81.987

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-4 - 59
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	60 - 222
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	-4 - 59
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	60 - 222
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	-4 - 59
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	60 - 222
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	-4 - 59
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	60 - 220

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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