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- PDB-3ndn: Crystal structure of O-succinylhomoserine sulfhydrylase from Myco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ndn
タイトルCrystal structure of O-succinylhomoserine sulfhydrylase from Mycobacterium tuberculosis covalently bound to pyridoxal-5-phosphate
要素O-succinylhomoserine sulfhydrylase
キーワードLYASE / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / mycobacterium / tuberculosis / PLP / Schiff base / transamination
機能・相同性
機能・相同性情報


homocysteine biosynthetic process / carbon-sulfur lyase activity / cystathionine gamma-lyase activity / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / cysteine biosynthetic process via cystathionine / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
O-succinylhomoserine sulfhydrylase / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...O-succinylhomoserine sulfhydrylase / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
O-succinylhomoserine sulfhydrylase / O-succinylhomoserine sulfhydrylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2010年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-succinylhomoserine sulfhydrylase
B: O-succinylhomoserine sulfhydrylase
C: O-succinylhomoserine sulfhydrylase
D: O-succinylhomoserine sulfhydrylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,5894
ポリマ－178,5894
非ポリマー00
水18,8441046
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21910 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area48750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.950, 129.560, 95.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.350, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
O-succinylhomoserine sulfhydrylase


分子量: 44647.332 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: metZ, MT0402, Rv0391 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P95199, UniProt: P9WGB5*PLUS, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1046 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.28 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 26.9 mg/mL protein against JCSG+ condition A2, 25% PEG 3000, 0.1 M citrate pH 5.5, crystal tracking ID 215797a2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 154137 / Num. obs: 153275 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 33.417 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 13.56
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.85-1.94.20.5292.5475631130499.6
1.9-1.950.492.9466441098399.1
1.95-2.010.3564.2451791067599.1
2.01-2.070.2585.2457871043799.8
2.07-2.140.2126.6440561010499.6
2.14-2.210.177.944050981899.8
2.21-2.290.1489.441396939199.2
2.29-2.390.12411.239908903299.1
2.39-2.490.10112.839362871799.8
2.49-2.620.08914.637200833999.8
2.62-2.760.07417.235050797099.7
2.76-2.930.06319.533093753099.7
2.93-3.130.05621.630884706199.7
3.13-3.380.0524.228458656099.8
3.38-3.70.04427.125964607899.6
3.7-4.140.0422923022549299.3
4.14-4.780.03930.620262483699.5
4.78-5.850.03631.418276411199.7
5.85-8.270.03231.814430318999.7
8.270.02733.57359164891.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 55.38 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å19.71 Å
Translation3 Å19.71 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1y4i

1y4i


解像度: 1.85→19.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.219 / WRfactor Rwork: 0.186 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.824 / SU B: 7.846 / SU ML: 0.102 / SU R Cruickshank DPI: 0.133 / SU Rfree: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 7681 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.189 153169 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.07 Å2 / Biso mean: 39.709 Å2 / Biso min: 16.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.02 Å20 Å2-1.07 Å2
2--1.56 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12027 0 0 1046 13073
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02212394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3221.96416901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.27151631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.57222.967509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.037151889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2481597
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21926
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219501
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5251.57984
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.953212774
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.51234410
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5294.54111
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 605 -
Rwork0.285 10673 -
all-11278 -
obs--99.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1209-0.0222-0.09350.41420.12350.18160.05640.04350.0099-0.0097-0.0664-0.0224-0.0267-0.06180.010.10120.0651-0.00030.13350.03630.096718.396515.011422.702
20.3202-0.0526-0.09340.21980.0130.3220.01360.0007-0.00040.072-0.0357-0.0535-0.0055-0.0270.02220.12480.008-0.02410.080.04440.116935.91847.423754.785
30.26160.0266-0.05460.09690.13060.2372-0.00120.0217-0.06970.0368-0.0108-0.04770.08140.02920.01190.09440.0683-0.00390.10260.07950.184155.9775-14.121538.5325
40.2295-0.1496-0.10540.15560.11410.17520.14130.15980.0456-0.0518-0.1328-0.08880.0395-0.0588-0.00850.16190.1140.03120.17090.09280.096934.4387-10.83217.886
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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