PDB-1pg8: Crystal Structure of L-methionine alpha-, gamma-lyase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1pg8

タイトル

Crystal Structure of L-methionine alpha-, gamma-lyase

要素

Methionine gamma-lyase

キーワード

LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

homocysteine desulfhydrase / homocysteine desulfhydrase activity / methionine gamma-lyase / methionine gamma-lyase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.68 Å

データ登録者

Allen, T.W. / Sridhar, V. / Prasad, G.S. / Han, Q. / Xu, M. / Tan, Y. / Hoffman, R.M. / Ramaswamy, S.

引用

ジャーナル: To Be Published

履歴

登録	2003年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1pg8.cif.gz	310.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1pg8.ent.gz	252.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1pg8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/1pg8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/1pg8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1e5fS 1pff S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5x30-d 1i43-2 3vk4-d 5x2w-d 3vk3-d 2o7c-d 1i41-2 1qgn-1 1i48-3 1ukj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methionine gamma-lyase

B: Methionine gamma-lyase

C: Methionine gamma-lyase

D: Methionine gamma-lyase

ヘテロ分子

173 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.830, 154.640, 80.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Methionine gamma-lyase / L-methioninase 分子量: 42673.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas putida (バクテリア) / 参照: UniProt: P13254, methionine gamma-lyase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 %

-
データ収集

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.68→20 Å / Num. all: 281502

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.1	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E5F

1e5f

解像度: 2.68→20 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.236	-	RANDOM
R_work	0.182	-	-
all	0.182	281502	-
obs	0.182	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.68→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11976	0	157	424	12557

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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