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- PDB-3mnz: Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mnz
タイトルCrystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment with a gp41 MPER-derived peptide bearing Ala substitutions in a helical conformation
要素
  • ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 HEAVY CHAIN
  • ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 LIGHT CHAIN
  • gp41 MPER-derived peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 / HIV gp41 MPER / 13H11 / 2F5 / Z13 / 4E10 / Fab antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / actin filament organization / host cell endosome membrane ...Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / actin filament organization / host cell endosome membrane / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / extracellular region / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain ...: / Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Ig-like domain-containing protein / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nicely, N.I. / Dennison, S.M. / Kelsoe, G. / Liao, H.-X. / Alam, S.M. / Haynes, B.F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Non-Neutralizing HIV-1 gp41 Envelope Antibody Demonstrates Neutralization Mechanism of gp41 Antibodies
著者: Nicely, N.I. / Dennison, S.M. / Kelsoe, G. / Ueda, Y. / Liao, H.-X. / Alam, S.M. / Haynes, B.F.
履歴
登録2010年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月5日Group: Derived calculations
改定 1.32017年6月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_fragment / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._entity.pdbx_fragment / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: gp41 MPER-derived peptide
A: ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 LIGHT CHAIN
B: ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5934
ポリマ－50,5703
非ポリマー231
水10,215567
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.890, 121.692, 58.097
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11P-394-

HOH

21P-447-

HOH

31P-550-

HOH

41B-420-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド gp41 MPER-derived peptide


分子量: 2328.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: chemically synthesized peptide of sequence derived from the membrane proximal external region of gp41
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P04578*PLUS
#2: 抗体 ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 LIGHT CHAIN


分子量: 24719.545 Da / 分子数: 1 / Fragment: mouse Fv,human Fc / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
細胞株 (発現宿主): HEK293T CELL / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCD0
#3: 抗体 ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 HEAVY CHAIN


分子量: 23521.475 Da / 分子数: 1 / Fragment: mouse Fv,human Fc / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
細胞株 (発現宿主): HEK293T CELL / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: S6B291
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2
詳細: Reservoir: Qiagen Classics II, condition with 0.2 M K Na tartrate, 20% PEG 3350. Drop: 0.6 uL protein + 0.4 uL reservoir, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→45 Å / Num. all: 44756 / Num. obs: 44756 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 13.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_271)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MNV

3mnv


解像度: 1.8→45 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 20.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2154 1984 4.47 %
Rwork0.1787 --
obs0.1803 44353 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.676 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.8369 Å2-0 Å20 Å2
2---5.0244 Å2-0 Å2
3---0.1875 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3403 0 1 567 3971
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083516
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1034787
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5591245
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075540
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011608
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8450.25281390.19292958X-RAY DIFFRACTION98
1.845-1.89490.26091380.18782948X-RAY DIFFRACTION99
1.8949-1.95070.24841380.19212959X-RAY DIFFRACTION98
1.9507-2.01360.23521420.18083019X-RAY DIFFRACTION99
2.0136-2.08560.23861380.18532951X-RAY DIFFRACTION98
2.0856-2.16910.26311410.17262995X-RAY DIFFRACTION99
2.1691-2.26780.2191400.18562991X-RAY DIFFRACTION99
2.2678-2.38740.22971420.18373036X-RAY DIFFRACTION99
2.3874-2.53690.1961410.18183019X-RAY DIFFRACTION99
2.5369-2.73280.23041420.18053012X-RAY DIFFRACTION99
2.7328-3.00780.2331440.18523055X-RAY DIFFRACTION100
3.0078-3.44290.19381430.16923071X-RAY DIFFRACTION100
3.4429-4.33710.17171450.14333104X-RAY DIFFRACTION100
4.3371-45.02410.17691510.15983251X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.03470.15760.17393.94710.37830.6639-0.03360.01580.171-0.21550.0437-0.8393-0.16920.2269-0.03530.1391-0.01630.01690.2774-0.00020.257325.23999.7854-13.3106
20.1026-0.487-0.30344.42760.81370.99540.06340.02430.0278-0.9849-0.0633-0.0971-0.2910.0792-0.00040.2212-0.0004-0.01680.14570.01840.121619.857110.3428-19.2572
32.8649-2.1519-1.42695.25971.34191.3317-0.19610.3272-0.2883-0.9151-0.1380.1309-0.4987-0.08530.22160.37860.0641-0.0760.2373-0.09490.252213.7997-6.9533-27.314
40.0004-0.0413-0.07452.87240.37990.549-0.0292-0.0243-0.0435-0.3908-0.06830.3344-0.1247-0.00490.07580.16770.0224-0.08140.125-0.01030.149212.6518.4975-13.9862
50.1315-0.4357-0.24381.35150.65410.8641-0.1292-0.09290.05680.18990.2336-0.21290.11240.3334-0.0730.14650.0606-0.01930.22910.00730.165921.18478.2835-9.4553
60.71580.56120.311.74630.59330.2782-0.0819-0.10820.07820.16190.00550.0282-0.4983-0.01830.04230.1349-0.01550.0270.1353-0.00870.115828.219129.456215.056
71.15110.0081.14660.498-0.08241.13550.1241-0.0367-0.1407-0.06160.06850.0093-0.0196-0.0634-0.12860.1086-0.0070.00580.1012-0.01330.087533.409125.141312.8445
81.2045-0.6120.31540.9602-0.22820.41480.2050.0607-0.3548-0.25860.0068-0.06630.07790.0576-0.13950.16760.0126-0.01720.1476-0.04230.176432.741219.1910.4454
91.3238-0.05621.37180.6028-0.1411.33660.24580.002-0.1504-0.0678-0.02970.05650.05060.0167-0.14190.1075-0.0052-0.00340.16310.01390.118528.760423.33713.7605
101.21160.51361.08530.74870.4622.2204-0.13850.1872-0.0693-0.06110.1483-0.1123-0.54250.2807-0.00660.1763-0.06490.04610.1824-0.0110.111538.333131.441614.0196
110.0648-0.17120.33420.9988-1.06053.52080.0965-0.1156-0.057-0.05460.0260.4307-0.1523-0.9076-0.05220.15550.05330.00180.324-0.03330.29254.2553-4.0195-0.9371
120.16980.13750.59811.79661.07962.131-0.1115-0.0781-0.04160.1036-0.05050.31420.0047-0.22480.14430.1024-0.00360.01320.12590.01370.178414.1781-7.92823.6129
134.28282.7854.03991.97813.29846.7585-0.47230.16910.416-0.5793-0.00040.0715-1.37920.56590.42840.3635-0.0974-0.02530.13040.01120.176223.60190.0907-1.9109
144.0669-2.15470.33011.2298-0.60442.53380.14530.0071-0.4308-0.1849-0.0410.30250.4470.1309-0.12720.17650.0265-0.01160.1480.00170.173619.2713-15.6967-5.6044
152.1088-0.47790.751.29090.41340.8203-0.0290.0031-0.2920.33830.0820.15780.2633-0.0045-0.0390.16450.00890.0090.1360.03860.204419.2948-12.71994.0916
160.1795-0.1683-0.18270.5156-0.24630.7077-0.0702-0.0831-0.03910.07080.0480.0703-0.2012-0.1416-0.01310.13520.0124-0.01940.1230.00560.151618.4751-1.27353.8415
171.0375-0.19260.0590.4411-0.00920.70090.0846-0.10690.11770.03620.01850.0677-0.0924-0.0363-0.090.11310.010.03090.12310.00520.151120.870619.963319.8469
182.12-0.1587-2.31290.06250.4544.06990.464-0.16360.78310.08260.14150.293-0.45620.1705-0.54210.4912-0.01550.07810.2342-0.06870.450617.400240.013124.5837
191.556-0.41940.63220.1341-0.12210.34760.1267-0.3013-0.15520.27810.0170.1476-0.1026-0.32790.12610.13570.00130.08330.26780.040.213714.069518.086126.6858
204.8023.99730.40023.64851.42363.7255-0.0397-0.3573-0.0869-0.58070.1879-0.3202-0.50830.1016-0.13140.21220.0110.03750.2031-0.10410.206820.569630.099729.5784
213.7630.5214-3.73671.1341-0.63866.5498-0.14160.6663-0.33890.0554-0.01420.0405-0.2668-0.85980.12130.29280.0438-0.06270.3991-0.12460.33180.9194-5.3512-24.4814
224.7199-1.38154.52851.0294-3.15089.73690.4176-0.2179-0.4247-0.3587-0.11250.6511.0715-0.0729-0.3450.1987-0.0184-0.07550.0916-0.03260.2657.9601-9.3395-17.2953
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 0:13)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 14:30A)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 30B:30F)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 31:92)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 93:107)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 108:124)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 125:153)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 154:165)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 166:187)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 188:213)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 1:6)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 7:39)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 40:48)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 49:61)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 62:82C)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 83:114)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 115:194)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 195:203)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 205:220)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 221:225)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain P and resid 656:662)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain P and resid 663:670)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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