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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mck | ||||||
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タイトル | Crystal structure of anti-beta-amyloid antibody C705 | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN FOLD / MONOCLONAL ANTIBODY | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Gilliland, G.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Antibody modeling assessment. 著者: Almagro, J.C. / Beavers, M.P. / Hernandez-Guzman, F. / Maier, J. / Shaulsky, J. / Butenhof, K. / Labute, P. / Thorsteinson, N. / Kelly, K. / Teplyakov, A. / Luo, J. / Sweet, R. / Gilliland, G.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 184.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 146.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 467.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 486.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1e4xS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 24117.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 24314.346 Da / 分子数: 2 / Fragment: FD fragment of the heavy chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 25% PEG 8K, 0.2 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5; CRYO CONDITIONS: MOTHER LIQUOR + 15% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月19日 / 詳細: VARIMAX HF |
放射 | モノクロメーター: NONE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 42606 / Num. obs: 42606 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 52.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.429 / % possible all: 79.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1E4X 解像度: 2.3→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 6.765 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.347 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.7 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.347 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
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