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- PDB-3l0f: High resolution structure of C-Phycocyanin from Thermosynechococc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l0f
タイトルHigh resolution structure of C-Phycocyanin from Thermosynechococcus elongatus
要素
  • C-phycocyanin alpha chain
  • C-phycocyanin beta chain
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PHOTOSYSTEM II / LIGHT HARVESTING PROTEINS / THERMOSTABILITY / BILE PIGMENT / CHLOROPLAST / CHROMOPHORE / ELECTRON TRANSPORT / MEMBRANE / PHYCOBILISOME / PLASTID / THYLAKOID / TRANSPORT / METHYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / C-phycocyanin alpha subunit / C-phycocyanin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Fromme, R. / Brune, D. / Fromme, P.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2015
タイトル: Serial femtosecond crystallography of soluble proteins in lipidic cubic phase.
著者: Fromme, R. / Ishchenko, A. / Metz, M. / Chowdhury, S.R. / Basu, S. / Boutet, S. / Fromme, P. / White, T.A. / Barty, A. / Spence, J.C. / Weierstall, U. / Liu, W. / Cherezov, V.
履歴
登録2009年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-phycocyanin alpha chain
B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4395
ポリマ－35,6732
非ポリマー1,7663
水10,323573
1
A: C-phycocyanin alpha chain
B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,63630
ポリマ－214,04012
非ポリマー10,59618
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area60630 Å2
ΔGint-502 kcal/mol
Surface area68180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.100, 187.100, 59.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-295-

HOH

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要素

#1: タンパク質 C-phycocyanin alpha chain


分子量: 17456.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Former name Synechococcus elongatus
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P50032
#2: タンパク質 C-phycocyanin beta chain


分子量: 18216.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 遺伝子: cpcB, tlr1957 / 参照: UniProt: P50033
#3: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 573 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8 % PEG 2000 , 0.05 M MES, 20 mM MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290-291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月26日 / 詳細: Double crystal, Si(111)
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→42.79 Å / Num. all: 87205 / Num. obs: 86993 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.35→1.42 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.849 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 12693 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1KTP and 1JBO

1ktp

1jbo


解像度: 1.35→19.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.926 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.047
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17507 4367 5 %RANDOM
Rwork0.13343 ---
obs0.13553 82594 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.396 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å2-0.15 Å20 Å2
2---0.29 Å20 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→19.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2497 0 129 573 3199
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0222691
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.021721
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6932.0173668
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5834194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7335338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.66224.505111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.33515411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8351517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.020.023071
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0290.02546
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.671.51667
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4141.5683
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.62122648
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.72131024
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.7464.51018
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.45634412
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 296 -
Rwork0.271 6097 -
obs--99.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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