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- PDB-3ijl: Structure of dipeptide epimerase from Bacteroides thetaiotaomicro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ijl
タイトルStructure of dipeptide epimerase from Bacteroides thetaiotaomicron complexed with L-Pro-D-Glu; nonproductive substrate binding.
要素Muconate cycloisomerase
キーワードISOMERASE / Enolase superfamily / dipeptide epimerase / L-Pro-D-Glu / nonproductive binding
機能・相同性
機能・相同性情報


L-Ala-D/L-Glu epimerase / L-Ala-D/L-Glu epimerase activity / racemase and epimerase activity / peptide metabolic process / cell wall organization / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Dipeptide epimerase / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain ...Dipeptide epimerase / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-GLUTAMIC ACID / PROLINE / L-Ala-D/L-Glu epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Lukk, T. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Homology models guide discovery of diverse enzyme specificities among dipeptide epimerases in the enolase superfamily.
著者: Lukk, T. / Sakai, A. / Kalyanaraman, C. / Brown, S.D. / Imker, H.J. / Song, L. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Patskovsky, Y. / Vetting, M.W. / Nair, ...著者: Lukk, T. / Sakai, A. / Kalyanaraman, C. / Brown, S.D. / Imker, H.J. / Song, L. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Patskovsky, Y. / Vetting, M.W. / Nair, S.K. / Babbitt, P.C. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A. / Jacobson, M.P.
履歴
登録2009年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32012年4月4日Group: Database references
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Muconate cycloisomerase
B: Muconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6408
ポリマ－75,0672
非ポリマー5736
水11,674648
1
A: Muconate cycloisomerase
ヘテロ分子

B: Muconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6408
ポリマ－75,0672
非ポリマー5736
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_546-x+1/2,y-1/2,-z+11
Buried area2140 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area25110 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.897, 100.074, 60.075
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-725-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Muconate cycloisomerase / dipeptide epimerase


分子量: 37533.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: BT_1313 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A861
#2: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#3: 化合物 ChemComp-DGL / D-GLUTAMIC ACID / D-グルタミン酸


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 17% PEG 10000, 0.1M Bis-Tris, 0.1M ammonium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月5日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→25 Å / Num. all: 129985 / Num. obs: 129985 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
BALBES位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3IJI

3iji


解像度: 1.5→24.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1525469.31 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 6545 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.192 129985 97.1 %-
all-129985 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.206 Å2 / ksol: 0.379741 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å20 Å2-0.5 Å2
2---3.77 Å20 Å2
3---2.75 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5224 0 36 648 5908
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.971.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.52
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.712
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.512.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 491 4.7 %
Rwork0.263 9884 -
obs-9884 77.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4PDG_par.txtPDG_top.txt
X-RAY DIFFRACTION5&_1_PARAMETER_INFILE_5&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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