PDB-3r0k: Crystal structure of NYSGRC enolase target 200555, a putative dip...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r0k

タイトル

Crystal structure of NYSGRC enolase target 200555, a putative dipeptide epimerase from Francisella philomiragia : Tartrate bound, no Mg

要素

Enzyme of enolase superfamily

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / structural genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC

機能・相同性

機能・相同性情報

racemase and epimerase activity / racemase and epimerase activity, acting on amino acids and derivatives / 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; アミノ酸類に作用 / peptide metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Francisella philomiragia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Zencheck, W.D. / Toro, R. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Homology models guide discovery of diverse enzyme specificities among dipeptide epimerases in the enolase superfamily.
著者: Lukk, T. / Sakai, A. / Kalyanaraman, C. / Brown, S.D. / Imker, H.J. / Song, L. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Patskovsky, Y. / Vetting, M.W. / Nair, ...

履歴

登録	2011年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
置き換え	2011年8月31日	ID: 3PX5
改定 1.2	2011年8月31日	Group: Other
改定 1.3	2012年2月22日	Group: Database references
改定 1.4	2012年3月21日	Group: Database references
改定 1.5	2012年3月28日	Group: Database references
改定 1.6	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r0k.cif.gz	296.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r0k.ent.gz	242.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3r0k_validation.pdf.gz	477.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3r0k_full_validation.pdf.gz	484.9 KB	表示
XML形式データ	3r0k_validation.xml.gz	38.1 KB	表示
CIF形式データ	3r0k_validation.cif.gz	53.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/3r0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/3r0k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ijiC 3ijlC 3ijqC 3ik4C 3jvaC 3jw7C 3jzuC 3k1gC 3kumC 3q45C 3q4dC 3r0uC 3r10C 3r11C 3r1zC 3ritC 3ro6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3r10-d 3r0u-d 3r1z-d 3r11-d 2ps2-1 3dfh-3 3dfh-4 4dye-2 2pmq-d 1xpy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGRC-200555

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Enzyme of enolase superfamily

B: Enzyme of enolase superfamily

ヘテロ分子

85.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.000, 121.000, 148.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Enzyme of enolase superfamily 分子量: 42455.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella philomiragia (バクテリア) 株: subsp. philomiragia / 遺伝子: Fphi_1647 / プラスミド: CHS30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)T1R-RIL / 参照: UniProt: B0TZW0
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 559 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.64 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM Nacl, 10% glycerol, 5 mM DTT; Reservoir (2M Ammonium Sulfate, 100 mM NaCitrate, 200 mM KNaTartrate), Soak (2.4 M Ammonium sulfate, 100 mM NaCitrate pH 5.6, ...詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM Nacl, 10% glycerol, 5 mM DTT; Reservoir (2M Ammonium Sulfate, 100 mM NaCitrate, 200 mM KNaTartrate), Soak (2.4 M Ammonium sulfate, 100 mM NaCitrate pH 5.6, KNaTartrate, 20% glycerol, 10 min, vapor diffusion, sitting drop, temperature 294K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

結晶

マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.64 %

結晶化

温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM Nacl, 10% glycerol, 5 mM DTT; Reservoir (2M Ammonium Sulfate, 100 mM NaCitrate, 200 mM KNaTartrate), Soak (2.4 M Ammonium sulfate, 100 mM NaCitrate pH 5.6, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 98 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97905 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 詳細: Undulator Source
放射	モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97905 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 75038 / Num. obs: 75038 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 28.8 % / B_iso Wilson estimate: 21.61 Å² / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 27.6
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 27.9 % / Mean I/σ(I) obs: 11.9 / Num. unique all: 10818 / R_sym value: 0.312 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2→28.103 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8895 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1969	3740	5.04 %	RANDOM
R_work	0.1653	-	-	-
all	0.1668	74276	-	-
obs	0.1668	74276	99.08 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.201 Å² / k_sol: 0.392 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.56 Å² / B_iso mean: 28.2443 Å² / B_iso min: 6.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.4298 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.4298 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.8595 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→28.103 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5554	0	59	559	6172

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5682
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.176	7679
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.094	908
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	973
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.955	2091

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.0253	0.1976	157	0.1605	2549	2706	99
2.0253-2.052	0.2163	120	0.1508	2575	2695	99
2.052-2.0801	0.1651	126	0.1494	2577	2703	99
2.0801-2.1098	0.2096	130	0.1568	2553	2683	99
2.1098-2.1412	0.2033	123	0.1574	2578	2701	98
2.1412-2.1747	0.1886	127	0.1595	2584	2711	99
2.1747-2.2103	0.2001	141	0.1619	2575	2716	99
2.2103-2.2484	0.2146	164	0.1572	2553	2717	99
2.2484-2.2893	0.2008	138	0.1594	2588	2726	99
2.2893-2.3333	0.2093	154	0.1606	2561	2715	99
2.3333-2.3809	0.1956	117	0.165	2576	2693	99
2.3809-2.4327	0.2175	153	0.1616	2572	2725	99
2.4327-2.4892	0.2237	127	0.1676	2610	2737	99
2.4892-2.5514	0.2114	121	0.1726	2608	2729	99
2.5514-2.6204	0.1852	135	0.1663	2574	2709	99
2.6204-2.6974	0.2038	143	0.176	2621	2764	99
2.6974-2.7844	0.2392	143	0.185	2583	2726	99
2.7844-2.8838	0.2244	146	0.1779	2612	2758	99
2.8838-2.9992	0.2153	136	0.181	2619	2755	99
2.9992-3.1355	0.183	152	0.1735	2606	2758	100
3.1355-3.3005	0.2227	147	0.1687	2655	2802	100
3.3005-3.507	0.1784	115	0.1637	2653	2768	100
3.507-3.7772	0.1823	136	0.1562	2679	2815	100
3.7772-4.1562	0.1847	145	0.1494	2671	2816	100
4.1562-4.7551	0.1538	160	0.1402	2677	2837	100
4.7551-5.9814	0.2003	160	0.1624	2723	2883	100
5.9814-28.1059	0.2086	124	0.2036	2804	2928	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1728	0.1098	0.0497	0.1467	0.0618	0.1024	0.035	-0.0555	0.0652	0.0262	-0.0821	0.055	0.0153	-0.0709	0.038	0.1035	-0.0195	-0.032	0.17	-0.0282	0.1555	71.4766	73.8283	55.7565
2	0.1945	-0.0127	0.1873	0.1681	-0.0059	0.2442	-0.01	0.0012	0.061	-0.007	-0.04	0.042	-0.0052	0.0044	0.0343	0.0715	-0.0011	-0.0226	0.1045	-0.0218	0.1069	79.3422	78.5852	49.8535
3	0.2088	0.0599	0.1073	0.0565	0.0557	0.0883	0.1394	0.0019	-0.291	0.0508	0.0036	-0.0988	0.22	0.0011	-0.0073	0.1664	-0.0384	-0.2026	0.0841	-0.1185	0.2236	82.5231	53.6459	47.3422
4	0.0717	-0.0263	-0.0347	0.0241	-0.029	0.1376	0.0273	-0.035	-0.031	0.024	-0.056	0.0684	0.0234	-0.1007	0.0289	0.401	-0.0317	-0.0148	0.4677	-0.0133	0.4356	62.7857	74.3065	57.8443
5	0.3085	-0.0355	0.0933	0.1392	0.0695	0.0858	0.0466	-0.0302	0.0603	0.0566	-0.0234	-0.0033	0.0566	-0.0314	-0.0023	0.1046	-0.0108	0.0262	0.0836	0.0161	0.0682	95.9909	85.4012	67.4159
6	0.2199	0.0323	0.0584	0.1826	0.0062	0.0167	0.0431	-0.0476	-0.0222	0.1061	-0.0464	-0.0028	0.0724	-0.0286	-0.0058	0.1249	-0.0264	-0.0073	0.0912	0.0047	0.0578	97.1482	72.302	70.4974
7	0.1057	-0.0366	0.0122	0.2108	0.0716	0.1315	0.0866	0.1602	0.1665	-0.0397	-0.0361	-0.1371	-0.0449	0.0565	0.0542	0.0852	0.0181	0.0346	0.1628	0.055	0.1531	110.5167	85.4038	52.6525
8	0.2273	0.0425	0.1648	0.1237	0.0633	0.1298	0.0208	-0.0669	0.0071	0.036	-0.0093	-0.0211	0.0408	-0.0355	-0.0064	0.1494	-0.0043	-0.035	0.1631	-0.0118	0.1282	101.5261	85.4711	79.0636

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:44)	A	2 - 44
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 45:116)	A	45 - 116
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 117:353)	A	117 - 353
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 354:363)	A	354 - 363
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 2:39)	B	2 - 39
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 40:115)	B	40 - 115
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 116:347)	B	116 - 347
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 348:365)	B	348 - 365

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)