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- PDB-3r0u: Crystal structure of NYSGRC enolase target 200555, a putative dip... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3r0u | ||||||
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Title | Crystal structure of NYSGRC enolase target 200555, a putative dipeptide epimerase from Francisella philomiragia : Tartrate and Mg complex | ||||||
![]() | Enzyme of enolase superfamily | ||||||
![]() | LYASE / enolase / structural genomics / putative epimerase / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC | ||||||
Function / homology | ![]() racemase and epimerase activity / racemase and epimerase activity, acting on amino acids and derivatives / Isomerases; Racemases and epimerases; Acting on amino acids and derivatives / peptide metabolic process / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vetting, M.W. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Zencheck, W.D. / Toro, R. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
![]() | ![]() Title: Homology models guide discovery of diverse enzyme specificities among dipeptide epimerases in the enolase superfamily. Authors: Lukk, T. / Sakai, A. / Kalyanaraman, C. / Brown, S.D. / Imker, H.J. / Song, L. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Patskovsky, Y. / Vetting, M.W. / ...Authors: Lukk, T. / Sakai, A. / Kalyanaraman, C. / Brown, S.D. / Imker, H.J. / Song, L. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Patskovsky, Y. / Vetting, M.W. / Nair, S.K. / Babbitt, P.C. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A. / Jacobson, M.P. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Data in CIF | ![]() | 51.1 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3ijiC ![]() 3ijlC ![]() 3ijqC ![]() 3ik4C ![]() 3jvaC ![]() 3jw7C ![]() 3jzuC ![]() 3k1gC ![]() 3kumC ![]() 3q45C ![]() 3q4dC ![]() 3r0kC ![]() 3r10C ![]() 3r11C ![]() 3r1zC ![]() 3ritC ![]() 3ro6C C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 42455.102 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 25017 / Gene: Fphi_1647 / Plasmid: CHS30 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 636 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/TAR.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/TAR.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-TAR / | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.22 Å3/Da / Density % sol: 61.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / pH: 5.6 Details: Protein: 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM Nacl, 10% glycerol, 5 mM DTT; Reservoir: 2M Ammonium Sulfate, 100 mM NaCitrate, 200 mM KNaTartrate; Soak: 2.4 M Ammonium sulfate, 100 mM NaCitrate pH 5.6, ...Details: Protein: 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM Nacl, 10% glycerol, 5 mM DTT; Reservoir: 2M Ammonium Sulfate, 100 mM NaCitrate, 200 mM KNaTartrate; Soak: 2.4 M Ammonium sulfate, 100 mM NaCitrate pH 5.6, KNaTartrate, 20% glycerol, 5mM MgSO4, 10 min, vapor diffusion, sitting drop, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 98 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Details: Undulator Source |
Radiation | Monochromator: diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97905 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. all: 87501 / Num. obs: 87501 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 22.48 Å2 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 13.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Redundancy: 9.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 12592 / Rsym value: 0.557 / % possible all: 99.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.763 Å2 / ksol: 0.381 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.29 Å2 / Biso mean: 28.7856 Å2 / Biso min: 7.64 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→30.614 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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