+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6fpy | ||||||
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Title | Inter-alpha-inhibitor heavy chain 1, wild type | ||||||
Components | Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H1 | ||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / Extracellular Matrix / Sugar-binding / Adhesion. | ||||||
Function / homology | Function and homology information hyaluronan metabolic process / hyaluronic acid binding / serine-type endopeptidase inhibitor activity / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / calcium ion binding / extracellular exosome / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.339 Å | ||||||
Authors | Briggs, D.C. / Day, A.J. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2020 Title: Inter-alpha-inhibitor heavy chain-1 has an integrin-like 3D structure mediating immune regulatory activities and matrix stabilization during ovulation Authors: Briggs, D.C. / Langford-Smith, A.W.W. / Birchenough, H.L. / Jowitt, T.A. / Kielty, C.M. / Enghild, J.J. / Baldock, C. / Milner, C.M. / Day, A.J. #1: Journal: Biorxiv / Year: 2019 Title: Heavy chain-1 of inter-alpha-inhibitor has an integrin-like structure with immune regulatory activities Authors: Briggs, D.C. / Langford-Smith, A.W.W. / Jowitt, T.A. / Kielty, C.M. / Enghild, J.J. / Baldock, C. / Milner, C.M. / Day, A.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6fpy.cif.gz | 682.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6fpy.ent.gz | 592.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6fpy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/6fpy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/6fpy | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 73939.344 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ITIH1, IGHEP1 / Plasmid: pET-45b+ / Production host: Escherichia coli K-12 (bacteria) / Variant (production host): SHuffle / References: UniProt: P19827 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 100mM HEPES, pH 7.5, 100mM Sodium acetate, 10% PEG8K, 20% Glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.9282 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 27, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9282 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.34→79.38 Å / Num. obs: 69124 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 37.46 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 455822 / Scaling rejects: 437 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: SAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.339→79.383 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 31.2 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 193.48 Å2 / Biso mean: 54.4274 Å2 / Biso min: 21.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.339→79.383 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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