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- PDB-3r10: Crystal structure of NYSGRC enolase target 200555, a putative dip... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r10
タイトルCrystal structure of NYSGRC enolase target 200555, a putative dipeptide epimerase from Francisella philomiragia : Mg complex
要素Enzyme of enolase superfamily
キーワードLYASE / enolase / structural genomics / putative epimerase / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
機能・相同性
機能・相同性情報


racemase and epimerase activity / racemase and epimerase activity, acting on amino acids and derivatives / 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; アミノ酸類に作用 / peptide metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Dipeptide epimerase / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal ...Dipeptide epimerase / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-amino acid-D/L-Glu epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella philomiragia subsp. philomiragia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Zencheck, W.D. / Toro, R. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Homology models guide discovery of diverse enzyme specificities among dipeptide epimerases in the enolase superfamily.
著者: Lukk, T. / Sakai, A. / Kalyanaraman, C. / Brown, S.D. / Imker, H.J. / Song, L. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Patskovsky, Y. / Vetting, M.W. / Nair, ...著者: Lukk, T. / Sakai, A. / Kalyanaraman, C. / Brown, S.D. / Imker, H.J. / Song, L. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Patskovsky, Y. / Vetting, M.W. / Nair, S.K. / Babbitt, P.C. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A. / Jacobson, M.P.
履歴
登録2011年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Database references
改定 1.32012年3月21日Group: Database references
改定 1.42012年3月28日Group: Database references
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enzyme of enolase superfamily
B: Enzyme of enolase superfamily
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,25617
ポリマ－84,9102
非ポリマー1,34515
水10,413578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area27710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.680, 120.680, 150.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Enzyme of enolase superfamily


分子量: 42455.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella philomiragia subsp. philomiragia (バクテリア)
株: ATCC 25017 / 遺伝子: Fphi_1647 / プラスミド: CHS30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)T1R-RIL / 参照: UniProt: B0TZW0
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 578 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.76 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Protein: 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM Nacl, 10% glycerol, 5 mM DTT; Reservoir: 2M Ammonium Sulfate, 100 mM NaCitrate, 200 mM KNaTartrate; Soak: 2.2 M Ammonium sulfate, 100 mM MES pH 6.0, 18% ...詳細: Protein: 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM Nacl, 10% glycerol, 5 mM DTT; Reservoir: 2M Ammonium Sulfate, 100 mM NaCitrate, 200 mM KNaTartrate; Soak: 2.2 M Ammonium sulfate, 100 mM MES pH 6.0, 18% glycerol, 50mM MgSO4, 30 min, vapor diffusion, sitting drop, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97905 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 詳細: Undulator Source
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97905 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→94.032 Å / Num. all: 75258 / Num. obs: 75258 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 27.8 % / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2-2.1124.90.4311.8269714108290.431100
2.11-2.2426.10.3162.4267701102560.316100
2.24-2.3927.50.243.126557496740.24100
2.39-2.5828.70.1933.525896190110.193100
2.58-2.8329.40.1554.624500983340.155100
2.83-3.1629.40.135.122280775720.13100
3.16-3.6529.40.1026.419733867180.102100
3.65-4.4729.10.0797.916739157430.079100
4.47-6.3228.70.0718.912936245110.071100
6.32-30.79826.10.06210.26799126100.06299.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16data processing
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2→30.337 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8959 / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1907 3760 5.04 %random
Rwork0.1598 ---
all0.1614 74571 --
obs0.1614 74571 99.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.387 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 96.77 Å2 / Biso mean: 20.2518 Å2 / Biso min: 1.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.5982 Å20 Å20 Å2
2--4.5982 Å20 Å2
3---3.5901 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30.337 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5605 0 77 578 6260
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085747
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1997768
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095916
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006981
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1632102
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.07150.21183440.16676957730199
2.0715-2.15440.2083680.16286967733599
2.1544-2.25240.20613650.15766987735299
2.2524-2.37110.20823690.1557006737599
2.3711-2.51960.19213890.15726966735599
2.5196-2.7140.18323590.16147062742199
2.714-2.9870.19943780.169270847462100
2.987-3.41870.19594010.167871397540100
3.4187-4.30520.1753880.143772077595100
4.3052-30.34090.17963990.16517436783599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0982-0.00630.0350.12350.01640.05420.0171-0.07170.0210.0321-0.0420.00730.0359-0.08490.01450.0842-0.0104-0.0280.08970.0080.074872.766371.49857.616
20.00710.0018-0.00240.0039-0.00030.0086-0.00140.01410.01-0.0036-0.00010.00130.0007-0.00550.00210.0271-0.0156-0.05420.0344-0.0250.036679.724278.190350.4467
30.01870.00940.02490.0040.01240.00470.0714-0.0182-0.1940.01630.0141-0.06060.1481-0.0006-0.01470.0177-0.1081-0.2391-0.0707-0.12290.073983.187753.159147.6498
40.0059-0.00780.01360.0107-0.01940.0361-0.01790.05050.0173-0.00240.00630.00890.0013-0.02490.01030.1123-0.0103-0.06880.14-0.01660.134862.305271.590552.4032
50.02830.03040.02250.04360.02090.02810.0309-0.00180.02530.017-0.0136-0.0070.0335-0.01130.00040.0549-0.02770.01870.05190.01370.024495.647185.261368.0868
60.00130.00130.00030.0058-0.00150.00170.0258-0.0107-0.00910.0181-0.008-0.00660.0193-0.00270.00870.0616-0.0468-0.03350.04190.001-0.02595.534571.742670.1836
70.0654-0.0233-0.04430.02490.02910.07050.12530.06480.0771-0.0390.0026-0.0915-0.06140.02810.0502-0.1028-0.05910.1206-0.00870.0531-0.0366109.906884.143153.0084
80.03250.0250.04280.04450.03150.05710.0221-0.0127-0.00070.01270.0143-0.02510.00330.0153-0.01780.0635-0.0321-0.00690.0956-0.03060.083106.384289.411975.2588
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:45)A2 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 46:115)A46 - 115
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 116:347)A116 - 347
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 348:363)A348 - 363
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 2:39)B2 - 39
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 40:104)B40 - 104
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 105:329)B105 - 329
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 330:365)B330 - 365

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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