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- PDB-3ga6: Mth0212 in complex with two DNA helices -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ga6
タイトルMth0212 in complex with two DNA helices
要素
  • 5'-D(*GP*CP*CP*CP*TP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*C)-3'
  • Exodeoxyribonuclease
キーワードHYDROLASE/DNA / protein-DNA complex / twin / disorder of DNA / 3'-5' exonuclease / AP endonuclease / 2'-desoxyuridine endonuclease / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease III / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease activity / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA uridine endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.898 Å
データ登録者Lakomek, K. / Dickmanns, A. / Ficner, R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure Analysis of DNA Uridine Endonuclease Mth212 Bound to DNA
著者: Lakomek, K. / Dickmanns, A. / Ciirdaeva, E. / Schomacher, L. / Ficner, R.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: The Methanothermobacter thermautotrophicus ExoIII homologue Mth212 is a DNA uridine endonuclease
著者: Georg, J. / Schomacher, L. / Chong, J.P.J. / Majernik, A.I. / Raabe, M. / Urlaub, H. / Muller, S. / Ciirdaeva, E. / Kramer, W. / Fritz, H.-J.
履歴
登録2009年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Derived calculations
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exodeoxyribonuclease
B: Exodeoxyribonuclease
F: 5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*C)-3'
G: 5'-D(*GP*CP*CP*CP*TP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*C)-3'
H: 5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*CP*CP*CP*TP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,48228
ポリマ－77,5196
非ポリマー1,96322
水6,377354
1
A: Exodeoxyribonuclease
F: 5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*CP*CP*CP*TP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,79515
ポリマ－38,7593
非ポリマー1,03612
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Exodeoxyribonuclease
G: 5'-D(*GP*CP*CP*CP*TP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*C)-3'
H: 5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,68613
ポリマ－38,7593
非ポリマー92710
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.834, 126.655, 54.826
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Exodeoxyribonuclease / Mth0212


分子量: 31429.666 Da / 分子数: 2 / 変異: T1002/2002A, D1151/2151N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
株: Delta H (DSM 1053) / 遺伝子: mth0212, MTH212, MTH_212 / プラスミド: pET_B_001-mth212 (D151N) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O26314, exodeoxyribonuclease III

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 FHGD

#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*C)-3'


分子量: 3704.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*CP*CP*TP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*C)-3'


分子量: 3625.341 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 4種, 376分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: reservoir solution: 5% (w/v) PEG 8000, 200mM KCl, 10 mM MgCl2, 50mM MES pH 5.6, 2mM DTT; complex solution: 245mM NaCl, 8mM HEPES-KOH pH 7.6, 2mM MgCl2, 3mM DTT , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1NaCl11
2HEPES-KOH11
3MgCl211
4DTT11
5H2O11
6PEG 800012
7KCl12
8MgCl212
9MES12
10DTT12
11H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: l,-k,h / Fraction: 0.505
反射解像度: 1.898→50 Å / Num. obs: 56272 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 1.898→1.97 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.607 / % possible all: 72.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FZI

3fzi


解像度: 1.898→33.709 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / FOM work R set: 0.851 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.06 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 3326 6.32 %in (40) thin shells (using DATAMAN), 6.0 %
Rwork0.155 ---
obs0.158 52596 89.39 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.625 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 223.5 Å2 / Biso mean: 36.76 Å2 / Biso min: 11.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.515 Å20 Å2-6.494 Å2
2--5.798 Å20 Å2
3----3.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.898→33.709 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4249 901 125 354 5629
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3597543
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088760
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005813
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.342081
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.898-1.9310.287720.27115401612
1.931-1.9660.2381360.2617761912
1.966-2.0040.2461380.23819342072
2.004-2.0450.2861690.23122842453
2.045-2.0890.2841430.22224292572
2.089-2.1380.2561890.2125212710
2.138-2.1910.2381520.20126002752
2.191-2.2510.2331710.19624472618
2.251-2.3170.241500.19525142664
2.317-2.3920.2091770.1925802757
2.392-2.4770.2351340.1925362670
2.477-2.5760.231390.18225812720
2.576-2.6930.2271570.17526262783
2.693-2.8350.1891590.16726582817
2.835-3.0130.2531650.15926702835
3.013-3.2450.1742010.14126792880
3.245-3.5720.1851400.12427812921
3.572-4.0880.171670.11527592926
4.088-5.1470.1551790.09627482927
5.147-33.7140.2012310.16127642995
精密化 TLS

S33: -0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.429-0.3030.53110.4577-0.33020.7251-0.08280.11580.01380.0563-0.009-0.0084-0.05690.13660.0702-0.01580.00620.08370.00240.071223.11858.0566-3.6572
20.78270.250.53530.4720.21090.43680.0626-0.0665-0.05390.01340.0512-0.01570.0039-0.05990.08560.00910.00590.08350.01970.0733-4.9497-8.228222.8991
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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