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- PDB-3evp: crystal structure of circular-permutated EGFP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3evp
タイトルcrystal structure of circular-permutated EGFP
要素Green fluorescent protein,Green fluorescent protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / circular-permutated / EGFP / Chromophore / Luminescence / Photoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.453 Å
データ登録者Wang, Q. / Shui, B. / Kotlikoff, M.I. / Sondermann, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structural Basis for Calcium Sensing by GCaMP2.
著者: Wang, Q. / Shui, B. / Kotlikoff, M.I. / Sondermann, H.
履歴
登録2008年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年7月19日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein,Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3491
ポリマ－27,3491
非ポリマー00
水6,792377
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.060, 62.220, 69.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein,Green fluorescent protein


分子量: 27348.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: protein contains the M13 fragment of myosin light chain kinase, circular permuted EGFP from Aequorea victoria (Jellyfish), calmodulin from Rattus norvegicus (Rat)
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42212
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUE SER65 HAS BEEN MUTATED TO GLY. RESIDUES GLY65, TYR66, AND GLY67 CONSTITUTE THE CHROMOPHORE ...RESIDUE SER65 HAS BEEN MUTATED TO GLY. RESIDUES GLY65, TYR66, AND GLY67 CONSTITUTE THE CHROMOPHORE CRO. AUTHOR WOULD LIKE TO KEEP THE CONFLICTS SINCE THEY REPRESENT WHAT GCAMP2 IS. IT IS A MUTAGENESIS STUDY TO OPTIMIZE THE PERFORMACE AGAINST ITS VERY EARLY VERSION IN DATABASE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.01 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 39659 / Observed criterion σ(I): 9.9 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / Rsym value: 0.042

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.453→41.138 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 0.21 / 位相誤差: 14.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1744 3171 8.1 %
Rwork0.1321 --
obs0.1356 39139 98.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 68.075 Å2 / ksol: 0.396 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.453→41.138 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1854 0 0 377 2231
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111907
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4952587
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.392719
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007337
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.453-1.47480.16481200.07931456X-RAY DIFFRACTION93
1.4748-1.49780.17351200.09141527X-RAY DIFFRACTION96
1.4978-1.52240.19441240.09391526X-RAY DIFFRACTION98
1.5224-1.54860.16661520.09291511X-RAY DIFFRACTION98
1.5486-1.57680.14981360.09181533X-RAY DIFFRACTION98
1.5768-1.60710.17431340.08511544X-RAY DIFFRACTION98
1.6071-1.63990.14961430.08761526X-RAY DIFFRACTION98
1.6399-1.67560.16161470.08251509X-RAY DIFFRACTION98
1.6756-1.71460.16261420.08751565X-RAY DIFFRACTION99
1.7146-1.75740.13991300.08871568X-RAY DIFFRACTION99
1.7574-1.8050.14661230.09191550X-RAY DIFFRACTION99
1.805-1.85810.13781320.09141553X-RAY DIFFRACTION99
1.8581-1.9180.15211240.1011579X-RAY DIFFRACTION99
1.918-1.98660.14771480.09981560X-RAY DIFFRACTION100
1.9866-2.06610.16271510.10511572X-RAY DIFFRACTION100
2.0661-2.16020.18221570.11031563X-RAY DIFFRACTION100
2.1602-2.2740.16691370.11741578X-RAY DIFFRACTION99
2.274-2.41650.19211380.1241592X-RAY DIFFRACTION100
2.4165-2.6030.17051490.13081585X-RAY DIFFRACTION100
2.603-2.86490.19311350.14141611X-RAY DIFFRACTION100
2.8649-3.27940.17071450.13741597X-RAY DIFFRACTION100
3.2794-4.1310.14731380.14071644X-RAY DIFFRACTION100
4.131-41.15480.18981460.18971719X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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